虽然孔子自称“述而不作”，但事实上却开创性地建立了一个包括世界观、天命观、认识论、方法论在内的哲学思想体系。其哲学思想范畴的逻辑构架为“道＜仁礼＞知一中庸”，而其哲学思想的形成过程则正沿着相反递进的时序展开：就历史过程看，始于远古、讫于殷周之际的原始人本主义哲学是孔子哲学思想的源头。儒学史上著名的“十六字心传”并非空穴来风，撇开其神秘色彩，从思想精髓意义上追溯，则可看得更清楚些：《论语》中有记载：“尧曰：‘咨，尔舜！天之历数在尔躬，允执其中。四海困穷，天禄永终。’舜亦以命禹。”朱熹则把问题点得更透，在《中庸章句序》中，他写道：“盖自上古圣神继天立极，而道统之传有自来矣。其见于经，则‘允执厥中’者，尧之所以授舜也；‘人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中’者，舜之所以授禹也。尧之一言，至矣，尽矣！而舜复益之以三言者，则所以明夫尧之一言，必如是而可庶几也。”（见《四书章句集注》）文王重八卦为六十四卦，作卦辞爻辞，周公制礼作乐，则标志着中国哲学思想的自立。马王堆帛书载：孔子称《周易》“见文王之德”。春秋末年，孔子经历艰苦求学、思索和坎坷的人生磨难，基本上沿着传统的道路，将哲学思想爬梳推演到新的高度。就孔子思想学说的形成史看，孔学经历了“礼学――仁学――易学”三个阶段。最新的研究成果表明，黑格尔所讲的孔子的哲学是一种道德哲学，“在他那里思辨的哲学是一点也没有的”（见黑格尔《哲学史讲演录》第1卷，商务印书馆1981年版，第119页），是因为史料和考古学的证据不足产生的片面的理解。

世界观

孔子晚年作自我思想总结时说：“吾十有五而志于学，三十而立，四十而不惑，五十而知天命，六十而耳顺，七十而从心所欲，不逾矩。”（《为政》）又说：“假我数年，五十以学易，可以无大过矣。”（《述而》）“志于道，据于德，依于仁，游于艺。”（见《述而》）他一生以弘道为自觉的己任，把闻道视为超越一己之生死的大事，指出：“朝闻道，夕死可也。”（《里仁》）孔子晚年整理了《诗》、《书》、《礼》、《易》、《乐》、《春秋》等古代文献，被后世称为《六经》，成为儒家学派的经典，除《乐经》佚失外，其余《五经》都在。北宋理学家程颢、程颐提出“经所以载道”（《程氏遗书》卷六），认为圣人作经的目的是为了明道、传道。
在先秦哲学中，“道”是一个重要的范畴。其含义，一是指事物之间固有的本质的、必然的、稳定的联系，类指规律；二是天地万物的本原，形而上者谓之道；三是运动变化的过程。“道”一字，在《易经》中4见，在《论语》中60见，《老子》中74见，《孟子》中140见。“道”之初义，是指具体道路。《说文》：“道，所行道也……一达谓之道。”孔子在其晚年，将“道”提升到世界观的境界。
孔子的形上学经历了一个由性与天道的一般探讨到易理研究的过程，其转折点是孔子晚年学《易》。今人郭沂据《论语》、《史记》、《汉书》、帛书《要》等文献认定，孔子学《易》的时间在他五十六、七岁前后。（见郭沂《郭店竹简与先秦学术思想》，上海教育出版社2001年出版）通过对伏羲、文王遗教的再发现，孔子以《易》之道为统领建立了一套完整的、成熟的、精致的形上学体系。
《系辞》云：“《易》之为书也，广大悉备。有天道焉，有人道焉，有地道焉。”因文王拘于羑里， 危亡不安，“是故其辞危，危者使平，易者使倾。其道甚大，百物不废。惧以终始，其要无咎。此之谓《易》之道也。”在哲学上，孔子的贡献在于将以往的阴阳二元论提升为易一元论。在《系辞》中，“易”字为最高概念。“易有太极，是生两仪。两仪生四象，四象生八卦，八卦定吉凶，吉凶生大业。”在这里，“易”是最高形上实体，而“太极”是“易”中具备创生功能的部分或因素。“天地设位，而易行乎其中矣。”“易无思也，无为也，寂然不动，感而遂通天下之故。”天地万物都是由易之太极创生，易道也便运行于天地万物之中。
从宇宙自然到社会人事伦理，在孔子哲学范畴中便是由“道”而“仁”，构成孔子哲学中的两个基本范畴。“仁”是讲人和人之间的关系的。作为中国文化的特异价值之一，仁学精神是由孔子加以系统阐述和论证的。孔子的“仁者爱人”，在自我肯定的同时，也肯定了对象，这就是“己欲立而立人，己欲达而达人”，在这种彼此肯定、彼此相爱中，体现了对人作为人或人格的尊重，也尊重他人的自立、自达。同时，孔子要求每一个人都从自我做起，主张“为仁由己，而由人乎哉？”（《颜渊》）自我主体，要有一种道德的自觉，强化主体自律和自我内省。这就为此后的修身养性的学说打开了大门。同时，孔子把孝悌作为“仁”的根本，强调个体生命在群体、族类中实现自己，由此延伸为“自强不息、厚德载物”的心理结构。孟子在孔子“仁学”精神的基础上又迈进一步，明确提出“仁，人心也”（见《孟子?告子上》），形成了仁学的天人合一思想，完成了由“人与人之间的关系”到“人的本质”问题的飞跃，这使孔子仁学进入了一个新的境界。
天命观

在孔子以前的夏商周传统思想中，“天”是自然和社会的最高主宰，“命”是自己无法控制的、盲目的异己力量。孔子也把“天命”看作一种神秘的主宰力量。“子罕言利，与命与仁。”（《子罕》）他说：“君子有三畏，畏天命，畏大人，畏圣人之言。”（《季氏》）孔子对天命的认识是矛盾的：一方面，他继承了传统的天命观念，把“天”看作有意志、能赏罚的人格神；一方面，又吸纳了进步的思想，强调尽力于人事的作用，甚至达到了“知其不可为而为之”的地步。
在孔子那里，天是感情的寄托和心灵的慰藉，在他最困难、最痛苦、最需要依靠的情况下，是“天”给了他精神的力量，鼓舞着他与困难斗争。他说：“天之未丧斯文也，匡人其如予何！”（《子罕》）“不怨天，不尤人，下学而上述，知我者其天乎！”（《宪问》）“获罪于天，无所祷也。”（《八佾》）但是，在无可奈何的境地，孔子也发出了命中注定的感慨。“命”，在孔子那里是一种不可知的必然性，是一种不可抗拒的超自然的力量，是一种不可把握的偶然

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