1931～1934年间,毛泽东提出的关于中国革命的策略思想和中国革命战争的战略战术，受到执行“左”倾冒险主义的中央领导人的反对。1932年3月，中共苏区中央局之江口圩会议，拒绝了他提出的向敌统治力量薄弱，党的力量较强，群众基础较好和地形条件有利的赣东北方向发展的正确的战略方针。10月上旬的宁都会议，又对他在红军中实行的战略方针和战术原则，进行了错误的批评和指责，并免去他在红军中的领导职务，仅保留苏维埃政府主席一职。1933年1月，中共临时中央被迫由上海迁入中央苏区。3月间,蒋介石对中央苏区的第四次“围剿”被粉碎之后,9月,又集中50万兵力发动第五次“围剿”。由于中共临时中央继续实行军事冒险主义，要求红一方面军执行“不放弃苏区一寸土地”的阵地战方针,致使红军连续遭到严重挫败并陷入日益缩小的包围圈。国民党军推进至中央苏区腹地，红军主力被迫实行战略转移。他随同中共中央和红一方面军主力于1934年10月撤出中央苏区，进行长征。红军长征冲破重重阻拦，渡过湘江后，在遭到严重损失和国民党军队重兵围堵的紧急关头，他说服一些中央领导人，放弃原定向湘西转移的计划，改向战斗力比较薄弱的地方军阀统治的贵州进军，使红军摆脱了险境。1935年1月，在贵州遵义召开的中共中央政治局扩大会议(即遵义会议)上，他批判了“左”倾冒险主义在军事上的严重错误，阐明红军在长期作战中形成的战略战术基本原则，受到参加会议的大多数人包括张闻天、王稼祥、周恩来、朱德的支持，并被增选为中央政治局常务委员。这次会议在事实上确立了他在红军和中共中央的领导地位，在极其危急的情况下，挽救了中国共产党、中国红军和中国革命，是中共历史上一个生死攸关的转捩点。会后组成了毛泽东、周恩来、王稼祥三人小组,负责指挥红军的行动。从1月至5月，红军在川黔滇边界地区，实行高度灵活的运动战，声东击西，迷惑敌人，迂回穿插于国民党重兵集团之间,四渡赤水。随后又南渡乌江，威逼贵阳，乘虚疾进云南，巧渡金沙江，从而摆脱了数十万国民党军队的围追堵截，取得了中央红军主力战略转移中具有决定意义的胜利。6月，指挥部队翻越夹金山，与红四方面军会师后，坚持中共中央关于北上创建川陕甘根据地的方针，拒绝张国焘企图要挟中共中央南下四川、西康(今分属四川、西藏)边界地区的冒险主张，果断地率领红1军、红3军(即红1、红3军团,后整编为陕甘支队)继续北上。10月到达陕甘苏区的吴起镇(今吴旗县城)，与红15军团会师。11月，成立西北革命军事委员会，任主席。同时恢复红一方面军番号，任政治委员。继而指挥直罗镇战役，歼敌1个师又1个团，彻底粉碎国民党军对陕甘苏区的第三次“围剿”,为把全国革命大本营放在西北奠定了基础。
1935年日本帝国主义发动“华北事变”，日益加紧扩大对中国的侵略。国民党政府继续推行妥协政策,民族危机空前严重。同年
