该剧展现了，一代天骄圣主成吉思汗的爱孙忽必烈，在蒙哥汗突然病逝，汗庭混乱、内乱四起，将要分崩离析的万分危急之际，在众汉儒和蒙古族勇士们的相助下，以雄心胆略，于1960年45岁时登基继蒙古大帝国汗位，建立蒙古帝国大元朝，直至1694年， 80高龄与世长辞。他一辈子学新探究，虚心听取名人指导，精心总结研究蒙汉民族及其他少数民族的治国方略，汲取历史诸国的成败经验教训，不分民族、不分地域、不分国界，任人唯贤，随时举贤起能，随时清理内患，创新治理，平息内乱，惩处贪官，灭亡腐败的南宋王朝，一统江山，以革新思想创建历史上，民族众多、地域辽阔、内外相通、商贸流通的空前统一的蒙古帝国大元朝，为中国多民族的统一和社会的发展做出不可磨灭的历史功勋。
剧情梗概：忽必烈（是成吉思汗的四子——拖雷的次子）从小受到汉文化教育，汲取汉文化先进思想，结合蒙古族的优秀文化、传统美德及其发展性的战略思想，胸怀大志，展望未来。但他一直到三十五岁，跟随母亲在老营哈剌和林养心学习，未得到征战展示才华机会。可他却为人和善，广交能人志士和汉儒，扩充自己的影响和势力；得到名人点化，默默地虚心学习，汲取蒙汉文化营养充实各种知识和能量，潜心研究治国方略，练就成蒙汉兼通、文武兼并、胸怀大志、力挽狂澜的一代英才。
蒙哥（是成吉思汗的四子——拖雷的长子）继汗位后，派忽必烈率军征服大理。忽必烈第一次出战，在汉儒帮助下，率领蒙古兵运用自如，很快占领大理，取得胜利，显示出他非凡的才略。为此，得到蒙哥汗的特别赏识。蒙哥汗欣然把治理漠南地区——汉地的重任——特权交给汗弟忽必烈。忽必烈一心一意，在赵璧、姚枢、刘秉忠等汉儒的协助下，广络人才，把漠南汉地管理的井井有条，商贸流通，经济繁荣，民生兴旺。在此基础上，忽必烈，在上都兴建开平府，势力日剧增升。忽必烈为汗库年增税比任何一个汗国、东道诸王和蒙古万户都多。可是，天长日久，蒙哥汗多次听奸人谗言，对忽必烈产生疑心。为了以防万一，蒙哥汗免去忽必烈的漠南军政大权，并委托阿里不哥（是成吉思汗的四子——拖雷的幼子）派钩考官到漠南各府衙核查“犯罪”事例。然而，阿里不哥心怀叵测，派心腹到漠南各府衙，以莫须有的罪名撤换、逮捕、杀害忽必烈手下的多名官员，削弱了忽必烈的势力，给予致命的打击。忽必烈忍无可忍，为表明忠诚和力争正义，带着王妃、王子和宫室家丁百余人，跋山涉水，历尽艰险，赶奔六盘山找正在征南的汗兄蒙哥。忽必烈经过几经周折，见到蒙哥汗哭诉真情，以理据争，最后得到蒙哥汗的同情和宽恕，阻止一场浩劫，保存了势力。
忽必烈终于得到蒙哥汗的准允率大军征南，横跨长江，围困鄂州，威震江南，吓的南宋丞相贾似道求饶说和，忽必烈不肯。这时噩耗传来，蒙哥汗突然病逝。汗庭当时黑云密布，各方势力对汗位垂涎三尺，蠢蠢欲动。监国王阿里不哥利用手中之权，到处派兵控制，梦想趁此机会篡权继汗位，情况万分危急。忽必烈在姚枢等众臣的开导及察必王妃的劝导下，终于下决心，同意南宋的求和，率大军回返。在燕京巧妙的歼灭阿里不哥派来的心腹使官，清理障碍，返回开平府，稳定了漠南局势。
在1260年，45岁的忽必烈迫于形势巨变，在上都召集各汗国、东道诸王、蒙古万户等，在开平府登继汗位，创立了蒙古帝国大元朝，使蒙古的苏鲁德旗帜在上都蓝天高高飘扬。建立蒙古帝国大元朝，吸取蒙汉治国方略的先进思想，设立了中书省、枢密院、吏部和司礼监等；确立皇后和太子，诏委右丞相、左丞相、平章政事、各府衙宣抚使等等官衔。实施成吉思汗的《大札萨》令，以宽宏大度，雄才伟烈，不拘一格选用人才，重用人才，不分民族，不分地位，不分地区，不分国界，发现一个任用一个，尤其特别偏爱和重用理财能手。法度严明，不伦是谁，只要害国害民，严惩不贷。先后重用了赵璧、姚枢、刘秉忠、安童、伯颜、蒙汉、霸都鲁、也先哥、克达、兀良哈太、阿术、廉希宪、史天泽、董文炳、商挺、、王文统、李璮、张文谦、张易、阿世格、马可?波罗、真金太子等等各族贤达辅佐朝廷。
忽必烈登基后不久阿里不哥在哈剌和林匆匆登基汗位另立山头，并率领军队开始进犯漠南地区，向建立未稳的忽必烈王朝疯狂进攻，企图消灭忽必烈汗朝。忽必烈毫不畏惧，一边调集兵力，一边御驾亲征应敌。经过浴血奋战，阿里不哥终于不堪一击，仓皇而逃。然而，阿里不哥贼心不死屡屡组建军队进犯忽必烈。忽必烈派大将霸都鲁痛击阿里不哥。阿里不哥屡遭惨败，最后孤立无援，以惨败告终，降服于忽必烈。忽必烈遵照母母临终前遗言，把阿里不哥终身监禁，以诚善待。
正当忽必烈平息阿里不哥叛乱之时，江淮统领李璮率部分汉军叛乱，残害百姓，威胁江淮一带安宁。忽必烈听信谋士姚枢进言，一边迎战阿里不哥一边派史天泽将军率领汉军，剿灭李璮叛军，经过殊战平息了李璮叛乱。李璮想投河自杀未成，被活捉，史天泽为了安抚山东百姓，当地处决李璮，以平民心。然而史天泽被恶人诬陷，可是忽必烈相信史天泽，使奸人未得逞。
忽必烈称帝后，更加爱护老至交藏僧八思巴，先后派真金太子和安童，协助八思巴平定了吐蕃内讧。大力扶持八思巴治理安抚吐蕃地区，并诏委他为国师统领佛教。八思巴不仅在内地传播了佛教，遵照忽必烈的旨意，使蒙古的萨满教和藏佛教在元朝同时并存，而且在忽必烈的御旨下编写蒙古新字——四方字。忽必烈很欣赏汉儒，所以在元朝境内大力兴建了孔庙，设立了学堂。
忽必烈在燕京诏委刘秉忠，在中都创建了具有汉化特色的新都——大都（现在的北京）。这样忽必烈具有了蒙古特色的上都，也有了汉化特色的大都两个朝都，两个皇宫，两种方式的统治方略。
忽必烈派额勒赤要求南宋履行签订的求和约定，然而，贾似道为掩盖自己的丑陋奸相，竟然软禁忽必烈的额勒赤。忽必烈大怒，并派蒙古族大将伯颜和汉族大将刘整率领蒙汉各路军征讨南宋。南宋朝腐败无能，奸臣贾似道丞相专权无道，民不聊生，怨声载道，汉儒纷纷降蒙古归顺忽必烈。伯颜大军经过征战几年终于灭亡了南宋，元朝江山更加大统。
色目人阿世格利用忽必烈重用理财能手的机会，爬到中书省平章政事的高位上。然而，他心术不正，欺上瞒下，阳奉阴违，贪赃枉法；利用手中之权，在各衙府安插亲信，尤其重用其子忽辛，盘剥钱财，贪污腐败。结党营私，用卑劣手段陷害忠良。
忽必烈年迈后，为了锻炼真金太子，让他兼管中书省和枢密院两个要地。真金为人和善，对父皇忠心耿耿，学识很高，善于动脑，十分厌烦阿世格。
阿世格在真金太子和众忠臣的弹劾下，虽然闪失几次得到痛斥和罢免，但他以能理财的特能被忽必烈十分赏识，几次下而复出。他贪心愈加强烈，手段更加恶劣，然而众叛亲离，得到真金太子和众忠臣们的反对，最后得到可悲的下场。被忽必烈痛骂为：死不悔改的癞皮狗！
窝阔台汗的子孙海都联络察合台汗国等势力举事叛乱，刮起西北风，忽必烈先派幼子那木罕和安童丞相讨伐，不料那木罕和安童中计被困在伊利汗国中。但忽必烈为了考虑灭亡南宋，未及时增派军队解救那木罕和安童，为此察必皇后邻闭目时也未见到幼子那木罕王，遗憾而去。灭亡南宋后，忽必烈派征南大将伯颜，讨伐海都叛乱，最终平息了海都叛乱，解救了那木罕王子和安童丞相，得胜回返。
忽必烈相继派那木罕王子平息了奈颜叛乱，派史枢平息了高丽国内乱，开创了太平盛世，一统天下，创建了史无前列的地域辽阔，民族众多团结和睦，商贸流通国内外的大元蒙古帝国，为多民族统一大中华奠定了良好的基础，开辟新纪元。
