陈焕章进一步从教义、经典、庙堂等具体的方面证明儒家是一种宗教。

首先，他说儒教本来是一个教派的名字，所以中国历史上也是“儒释道”三教并称，然而“自汉武帝以儒为国教，举国皆儒，后人乃缩小其字义而狭用之。只称士大夫为儒，其实，凡奉孔子教者，皆当名之曰儒也。”[37]

就像和尚和神父一样，孔教徒有自己的装束——儒服，他说“孔子衣逢掖之衣，冠章甫之冠，此所谓儒服也”。孔教也有自己的经典系统，也就是六经。而且他援引纬书的解释，将六经看作是天意的呈现。与别的宗教一样，孔教也有自己的戒律，他称之为“孔教之信条”。“既服儒之服而诵儒之言矣，则行儒之行尚焉。《儒行》者，孔教之信条也。”[38]同样孔教也有一套独特的仪式，最详备的记述在《礼经》中。而且儒家也有自己的神谱，虽然许多人都引用子不语怪力乱神来说明孔子是“敬鬼神而远之”的，但陈焕章的解释认为这并非表明孔教之不信鬼神，孔教认为人鬼一源，所以只要知道如何处理人的事务，自然也就了解了事鬼的原则。他还认为上帝和创世纪并非是基督教所专有，孔教也尊奉上帝，他说儒家经典中的“元”字就是上帝的代名词，“天”则不是指上帝，而是指有形之天。“惟上帝故能统天御天而造起天。此孔教中之创世纪也。”[39]但孔子教与别的宗教的最大区别是“上帝与祖宗并重”。

除了与基督教寻找相似之处之外，陈焕章还着力发掘孔教和佛教之间的共同点，毕竟佛教的教义为大多数的中国人所熟悉。所以他提出“孔教之魂学”和“孔教之报应”。他认为孔教有许多词来指称灵魂，如“明德”、“天命之性”等等，而且同样主张灵魂不灭。灵魂不灭是报应的重要基础。就此他将儒家的孝道观念和报应思想结合起来。[40]

陈焕章还将儒家的博士制度看作是选择传教者的重要途径，其统系分为大同小康两大派。分别由不同的弟子传播。他还将孔庙视为“孔教之庙堂”。曲阜视为“孔教之圣地”。他说:“凡宗教必有教堂。孔教之教堂则学校是矣。或曰文庙，或曰圣庙，或曰学宫。要而言之，则孔教之教堂而已。不能谓惟佛寺道院清真寺福音堂等始可谓之教堂，而夫子之庙堂独不可谓之教堂也。”“耶教之耶路撒冷、回教之麦加、孔教之孔林，皆教主之圣地。”[41]

针对一些人认为儒家虽然已经宗教化，但是孔子并非是宗教家的说法。陈焕章进一步提出孔子是一个教主。他说首先孔子活着的时候，就一直以教主自待。“孔子以前，中国政教合一，凡为开创之君主，即为教主。包牺、神农、黄帝、尧、舜、禹、汤、文王是也。自孔子以匹夫创教，继衰周而为素王，政教分离，实自此始。盖至是而宗教始能独立，为教主者不必兼为君主，教统乃立于政统之外矣。”[42]虽然孔子并非像别的宗教教主一样有神异的表现，这恰好是孔教优于其它宗教的地方，表明中国进化更早地从迷信走向理性，所以孔子可以被称为“文明教主”，而孔教则是“文明之宗教。”我们更不能因为孔子身兼为教育家、哲学家、政治家而剥夺其作为宗教家的资格。

其次，孔子之所以成为孔教的教主还因为他的弟子和后学，同时代的人和后世都视孔子为教主。除此而外，陈焕章还举出一对当时而言或许是十分重要的证据，就是“外国人以孔子为教主。”“凡西人所著之书，一言及中国之教主，必首举孔子；一言及中国之宗教，必首举孔教。一比较世界各教及其教主，必举孔教及孔子。盖孔子之为教主，久成事实。”[43]

显而易见，陈焕章虽然是从对于“宗教”一词的理解入手来讨论儒家是一个宗教的，同时也充分注意到了孔教和别的宗教的区别，但是矛盾也在于此，在论证孔教的特殊性的时候，他的基本立场不自觉地回到了以别的宗教的范式来套儒家的倾向，所以其基本的证明方式都是在力图证明孔教和别的宗教之间的相似性，进而展开对否认孔教之宗教性的反击。