康有为及其孔教会综合传统的制度化儒家的形式和西方教会制度的一些特点，将儒家转换成“孔教”，而将孔子塑造成教主。康有为特别不满有些人将孔子视为教育家、政治家或哲学家，他认为这样就会将孔子从一个无所不包的教主下降为一个“一业之名家”，实际上“此真谤圣之蜚言，毁教之诡术，不可不疾呼而明辨也。孔子为中国改制之教主，为创教之神明圣王，孔子以前之道术，则孔子集其大成，孔子以后之教化，则吾中国人饮食男女坐作行持，政治教化，矫首顿足，无一不在孔子范围中也。”[12]因此要改变共和政体确以来的政治、道德混乱，当然不能仅仅依靠法律和刑罚。“夫人有耳目心思之用，则有情欲好恶之感，若无道教以范之，幽无天鬼之畏、明无礼纪之防，则暴乱恣雎，何所不至？专以法律为治，则民作奸于法律之中；专以政治为治，则民腐败于政治之内。率苟免无耻暴乱恣雎之民以为国，则犹雕朽木以抗大厦、泛胶舟以渡远海。岂待风雨波浪之浩汹涌者，若能以立国也，则世可无圣人、可无教主矣。”[13]因此康有为宁愿人们将孔子看作是教主而不是圣人。

与戊戌变法时的看法一样，康有为忧虑制度的变革造成儒家的“失传”，对于儒家而言，科举的废除已经使其行之有效的传播体系和与权力之间的结盟关系消失于无形之中，而民国初年的教育改革措施，主要是新式学堂的建立和西方知识为基础的学科体制的建立，儒家知识的传播无论从内容和形式上均难以为继。所以有人认为孔教会的主张是针对新的教育主张的。“原国教之说之所由起，实种因于（民国）二年以前，民国第一任临时内阁教育总长蔡元培，逞其一偏之心思，欲为惊人之创举，昌言曰废孔。废孔于是丁祭不准举行，学校不许拜孔，学田学产，没收入官。举中国数千年来尊无二上之至圣先师，例诸淫祀妖庙，禁绝无余，于是絃歌绝响，舞灭影者，几二年。当时之士，莫不痛心疾首，然怵于政府之威严，大都敢怒而不敢言。蔡氏去位，此案全翻，未几而孔教出焉。”[14]康有为及孔教会积极提倡读经，认为在现代教育体系中设立读经课程是十分必要的。康有为对教育部废止读经和将学田充公作为小学经费这两项对于儒家存在极为不利的新政策表示极大的愤慨。他在1913年给教育部的一封信说:“闻自共和以来，百神废祀，乃至上帝不报本，孔子停丁祭，……呜呼！中国数千年以来，未闻有兹大变也。顷乃闻部令行饬各直省州县，令将孔庙学田充公，以充小学经费，有斯异政，举国惶骇，既已废孔，小学童子，未知所教，俟其长成，未知犹得为中国人否也，抑将为洪水猛兽也。”[15]1913年《孔教会杂志》第一卷五号在发表康有为严厉抨击教育部将孔庙学田充作小学教育经费一文中，附有陈焕章的一段话:“教育部既废孔教，于是全国文庙多被破坏，以孔子为二千四百余年之教主，乃既被摈斥于学校，复不得自保其庙堂，谁不尊亲，睹孔教之废坏，至于此极，殆无不痛恨教育部之为祸首也。近因收没文庙学田之事，尤犯天下之公愤。”同年六月二十二日，袁世凯颁布“复学校祀孔”命令，接着教育部又将“旧历八月二十七日为孔子生日，应定是日为圣诞节，令各学校放假一日，在该校行礼，以维世道，以正人心，以固邦本，而立民极。”[16]因此他虽然对袁世凯本人没什么好感，他十分支持袁世凯政府恢复读经的政策。康有为1916年7月在浙江的一次演说中说:“孔教之精华在经，故小学读经，尤为当务之急。往昔士大夫劳精疲神。致其力于八股之中，吾人辄厌弃之，乃倡议兴学堂，废科举，及今思之，已十九年矣。回国之后，考查所得中学，已日就苶敝，西学则仍多故步，数年之后，读书者日益少，离经叛道者日益多。欲祛其弊，惟有昌明经训，使之敦品励行，以维持于不敝而已。” [17]