然而在山海关之战击败李自成后,多尔衮以顺治皇帝名义封吴三桂为平西王,并令吴三桂以下各将领和吴军全部剃发,这标志着吴三桂已经彻底投降清朝。身为明将多年不接受清朝招降的吴三桂,于是迅速完成了从借兵到降清的复杂过程。
降清的吴三桂最终在对南明政权的追剿中却穷追不舍。清朝官书《清世祖实录》和《清史稿》等诸多文献都记载了吴三桂在顺治十七年四月二十二日上奏顺治皇帝,要求消灭永历皇帝的奏章,并提出所谓不灭永历,有所谓“三患二难”。当年“终身不忍一矢相加遗”的话此时早已被他抛在脑后。征途中,吴三桂收到朱元璋第十三代孙、永历皇帝的亲笔信。永历帝那封信里的话,最终竟成了吴三桂命运的预言:“将军自以为智,而适成其愚;自以为厚,而反觉其薄”,“奕祀而后,史有传,书有载,当以将军为何如人乎?”