康熙亲政之后，便不断为撤藩做人事安排，以准备有朝一日撤藩能顺利进行。多年来，由于年老或引退，因病或休或故去，吴三桂的部将失去不少，加之朝廷频繁调动，已打乱了吴三桂的原先部署，但对他周围的至关重要人物如夏国相、方光琛以及他的吴氏亲属还没有触动，以免惊动他。但吴三桂已经察觉清廷正在逐步削弱他的实力，便伺机夺回某些权益。此时决裂，决无好处。清廷以退让换妥协，康熙十二年（1673年）二月，清廷又向吴三桂大举示好：康熙亲派一等侍卫吴丹、二等侍卫塞扈立前往云南，慰问吴三桂，并携带他御用的貂帽、团龙貂裘、青蟒狐腋袍各一袭，束带一条，赏给吴三桂。另派两名侍卫前往广东，向尚可喜颁赏，其赐物略比吴三桂要低些。
　　
　　就在康熙赏赐和慰问吴、尚两藩后的一个月，即三月十二日，尚可喜突然提出申请撤藩，“归老辽东”的奏疏。尚可喜申请撤藩不单单是因年老多病，实质问题是，深虑位高权重引起朝廷怀疑，终将招来不测之祸。他只有求退，才能保全自己声誉，得一善终结果。
　　
　　正当康熙处心积虑选择适当时机，解决三藩问题时，尚可喜不待朝廷下令，也不管吴、耿两藩如何打算，先自提出撤藩，既明智，又争取了政治上的主动，在客观上为康熙处理三藩问题铺平了道路。于是，康熙抓住这一难得时机，顺水推舟，准备立即采取行动，实施撤藩。
　　
　　尚可喜在申请撤藩时，提出一个条件，即留镇长子尚之信于广州，由他承袭平南王爵。尚可喜的本意，并非是全撤，他自己要携带部分家口和兵丁撤回关外故乡，而想把王爵传给长子尚之信，让他继续留镇广东。可喜厌恶他，不愿和他在一起生活。可喜有子32人（其中过继一子），之信为长，按封建继承法，又不能不让他承袭。所以，可喜自请回辽东，既可保留王爵传之子孙，而自己急流勇退，获晚年安宁。但清廷以父亲健在无移爵的先例，予以拒绝：“子无移袭之例”，无须再议。并以不忍其父子分离、藩下家口分离为由，下令全撤。尚可喜看得很明白，朝廷的意图是彻底撤藩，从根本上解除它的心腹之忧。既然这样，尚可喜自然无话可说。朝廷锐意全撤，虽非可喜本愿，事已至此，他只有俯首听命，服从朝廷的决定了。圣祖派遣钦差持诏书，于同年五月三日送到广州。可喜“拜命之后，即缮书称谢，遂陆续题报启程日期、家口马匹数目”。。着手准备迁移事宜。
　　
　　清廷批准尚可喜撤藩的决定，迅速向朝廷内外包括各省军政官员作了通报。吴三桂、耿精忠两藩得知这个消息，心中惶惶不安。他们根本就没有撤藩的思想准备，一次也不曾提过或表示有撤藩之意，如今清廷同意尚可喜撤藩，实则也强烈地暗示他们，是考虑自己应否撤藩的时候了。朝廷的举动，又暗示他们，是自请撤好，还是等朝廷下令撤你们好，由你们做出选择。
　　　　
　　在清廷阁臣正讨论尚可喜撤藩时，吴应熊探得清廷意图，迅速秘密派人驰往昆明，向吴三桂传话：“朝廷素来就怀疑王，尚藩、耿藩都已提出辞职疏奏（耿藩辞职，是指康熙十年春耿继茂以病辞职事），而惟独王从没有提出辞职，朝廷对王的疑忌更深了。要赶快写奏疏，派遣使者送来，还来得及。”吴应熊要他父亲也效法尚、耿的做法，然后从中谋划，在“弥缝”中可以把自己留下来。
　　
　　

　　到这个时候，吴三桂还是无意撤藩。在这个问题上，他没有尚可喜那样心向清廷。虽然同样是卖身于清廷，但吴三桂毕竟还没有尚可喜那样卖的彻底，连棺材钱都不要。吴三桂更力图保住自己的利禄名位，幻想世守云南。他召来一班亲信，反复商酌，意见不尽一致。有一部分人主张，不妨先提出申请，看朝廷到底是什么态度再说。最后，他觉得这个主意可取，跟儿子的建议基本一致，决定提出撤藩的申请。
　　
　　于是，吴三桂命幕僚刘玄初起草辞职疏。玄初是四川人，原先在蜀王刘文秀府中，充任幕客，颇善谋划。刘文秀失败，吴三桂将他收留，放在自己身边，不时顾问咨询，很得信任。吴三桂让他写奏疏，他却持与众不同的看法。他对吴三桂说：“皇上很久就想把王调离云南，但特难开口。王上疏，一定会朝上而夕调。尚、耿两王愿辞就让他们辞去，王可永镇云南，为什么非要效法他们呢？王不可上疏！”
　　
　　吴三桂一听此言，大伤他的尊严和自信心，很恼怒，气冲冲地说：“我马上就上疏，皇上一定不敢调我。我上疏，是消释朝廷对我的怀疑。”
　　
　　康熙十二年七月三日，吴三桂给圣祖上了一道自请撤藩的奏疏，他写道：臣驻镇滇省，臣下官兵家口于康熙元年迁移（指从汉中迁云南），至康熙三年迁完。虽家口到滇九载，而臣身在疆已十六年，念臣世受天恩，捐糜难报，惟期尽瘁藩篱，安敢遽请息肩！今闻平南王尚可喜有陈情之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩。仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插。
　　
　　比吴三桂的奏疏稍晚几天，七月九日，靖南王耿精忠也给朝廷写了一份撤藩的奏疏。耿精忠撤藩，也是被迫的。清廷也很明白，吴、耿撤藩不是出于自觉自愿，是被形势逼到这个地步的。康熙决意撤藩，而尚、吴、耿先后自请要撤，是他求之不得之事。他认为，撤藩由他们先提出来，总比朝廷先提为好。这样，朝廷可以光明正大地表态，问题就会顺利解决。所以，当廷臣分别送上吴三桂与精忠撤藩的报告时，他毫不迟疑地准奏。
　　
　　就耿精忠搬迁的问题，清廷内部很快达成了一致意见：既然靖南王自请撤离福建，应将他本人并下属十五佐领官兵均行迁移。康熙同意。但是，在讨论吴三桂撤藩时，出现了两种根本不同的意见：户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人主撤，兵部尚书明珠赞成。他们认为，应将吴三桂本人和所属官兵家口全部迁移。但多数廷臣持相反意见，其中内弘文院大学士图海、索额图等，主张最力。他们认为：应令吴三桂继续镇守云南。继续讨论还是两种意见对立，这样就由康熙独断，正式做出撤吴藩的决定。
　　　　
　　在撤藩这个问题上，尽管康熙做出了全撤的决定，然而，事实上，却存在着严重的分歧。面对三藩同时要求撤藩，圣祖和阁臣们也明知他们中有自愿有被迫的复杂情况，应当慎重地估量当时的客观形势和撤藩可能产生的后果，多设想几种方案以供选择，防患于未然，是完全必要的。归纳起来，可有五种方案选择：
　　
　　其一，恪守皇太极以来，多尔衮、顺治和康熙继位后多次许下的诺言，如“世世子孙，长享福贵，如山河之永也”。三藩“大功茂著，宜膺延世之赏，永坚带砺之盟”。“王其巩固封疆，殚抒筹策……功名永重山河。”《八旗通志•耿继茂传》要三藩镇守南疆，“屏藩王室”。这就是说，永不撤藩，子子孙孙世袭王爵，与清朝相始终。这些诺言和盟誓，都写入赐封的金册之中。当然，这在实际中是很难办到的。一千年田八百主，为普通一份家业都会争的你死我活，何况如此大的利益！
　　
　　其二，将吴、耿、尚三王调到北京，以觐见为名，叙君臣之乐，借机把兵权收回。此法颇类“杯酒释兵权”。宋朝开国皇帝太祖赵匡胤，有鉴于前代（唐）藩镇之祸，采取释其兵权之法，于宴会上将握重兵的将帅之兵权收归己有，和平地解决了问题，逐除前代之祸，君臣相安无事。此即“杯酒释兵权”，成为千古美谈。但这是个技术活，从康熙要撤藩就急吼吼的态度看，这个，很难；
　　
　　其三，区别对待，分期撤藩，以分其势，逐个解决，如兵法上说的，各个击破，这也是清廷内部缓撤派的主张；
　　
　　其四，不急于撤藩，即使尚可喜主动要求，亦可缓机图之，例如，等待尚可喜、吴三桂及其属下老一辈去世，留至第二代掌权时，可趁他们年轻，威望不重，再解决也不迟。但别人或许能等，康熙决不能等；
　　
　　其五，三藩同撤，一次性解决，这也是康熙最终确定的，而整个清廷也不得不为他背书，哪怕多数服从少数。
　　
　　康熙采取了三藩同撤，一次性解决。而多数阁臣主张区别对待，即第三方案，分期撤藩。比较而言，实行这一方案较为得策。因为尚可喜主动提出撤藩，确是出于诚意（他卖身卖的最彻底，完全的无私奉献），吴、耿要求撤藩实非己愿。康熙急于撤藩，欲毕其功于一役，根本没考虑到吴、耿在被迫的情况下撤藩将会产生什么后果，而大多数廷臣对撤吴藩却表示顾虑重重。要说吴三桂图谋不轨，还没有抓到谋反的证据，清廷无法说出口，且以他对清朝的特殊功绩，贸然撤藩，未必令人心服。吴三桂早已交通朝中诸臣，关系密切，他们是会为吴三桂说话的。在他们心中还有一层隐忧：“三桂专制滇中十有四年，位尊权重”，处理不当，后果不堪设想。
　　
　　清廷也很清楚，提出吴藩留镇的意见是必须值得重视的。第一，它把吴藩同耿、尚相区别，分期撤藩，有利大局稳定。从三藩的情况看，尚、耿本身力量不足，威望都在吴三桂之下，尚可喜降清早，与朝廷的关系密切，一向恭谨，忠心耿耿。而耿精忠已属耿藩的第三代，他本人是皇室的额驸，年轻功少，没有号召力，即使他被迫撤藩，他也没有胆量敢首先发难。因此，先撤尚、耿二藩，不大可能引起骚动。第二，三藩中最主要的危险是吴三桂，他的实力、威望与权势并重，他的动向具有举足轻重的影响，要设法稳住他，使他不敢轻举妄动。第三，撤去尚、耿两藩，等于剪去吴藩羽翼，并及时向福建、广东速派满洲八旗精锐镇守，吴氏便被孤立，即使他发动叛乱，亦失两藩之助，平叛也易。但恰恰在这个命运攸关的重要问题上，康熙却很武断，坚持说：“吴、尚等蓄彼凶谋已久，今若不早除之，使其养疤成患，何以善后？况其势已成，撤亦反，不撤亦反，不若先发制之可也。”不加区分地把吴、尚（当然也包括耿）都看成是敌人，都施之以“先发制人”，不明智。说尚可喜也蓄“凶谋”，是毫无根据的。后来，当叛乱发生，尚可喜至死未叛，矢志忠于清廷。再说吴三桂，说他早有异志，也缺乏充分的根据。康熙的迫不及待的态度，只表明满清殖民者内心深处对拥有实力的汉族异姓王的忧虑和畏惧！他用“撤亦反，不撤亦反”的三藩“必反论”来吓唬反对撤藩的廷臣，并为自己的撤藩主张制造根据。因此，他最终采取了三藩同撤的政策。
　　
　　吴三桂估计朝廷一定会挽留他，同尚、耿两藩有所区别。这个估计没有大错，因为事实上正如吴三桂所预料的那样，多数廷臣是不同意撤吴藩的，他们的意见能够影响康熙，使之对吴三桂有利。但是，吴三桂却低估了康熙年少狂妄的特殊性格。他以假意求撤，而康熙真撤，结果弄假成真，无法挽回！