将军新朝之勋臣，旧朝（明朝）之重镇也。世膺爵秩，藩封外疆，烈皇帝（崇祯）之于将军，可谓甚厚。讵意国遭不造，闯贼肆恶，突入我京城，殄灭我社稷，逼死我先帝，杀戮我人民。将军志兴楚国，饮泣秦庭，缟素誓师，提兵问罪，当日之本衷，原未泯也。奈何凭借大国（清），狐假虎威，外施复仇之虚名，阴作新朝之佐命？逆贼授首之后，而南方一带土宇非复先朝有也。南方诸臣不忍宗社之颠覆，迎立南阳（福王）。何图枕席未安，干戈猝至，弘光殄祀，隆武伏诛。仆（永历自称）于此时，几不欲生，犹睱为宗社计乎？诸臣强之再三，谬承先错。
自是以来，一战而楚地失，再战而东粤亡，流离惊窜，不可胜数。幸李定国迎仆于贵州，接仆于南安，自谓与人无患，与世无争矣。而将军忘君父之大德，图开创之丰功，督师入滇，覆我巢穴。仆由是渡沙漠，聊借缅人以固吾圉，山遥水远，言哭谁欢，祗益悲矣！既失世守之河山，苟全微命于蛮服，亦自幸矣！乃将军不避艰险，请命远来，提数十万之众，穷追逆族之身，何视天下之不广哉？岂天覆地载之中，独不容仆一人乎？抑对王锡爵之后，犹欲歼仆以邀功乎？
第思高皇帝（朱元璋）栉风沐雨之天下，犹不能贻留片地，以为将军建功之所，将军既毁我室，又欲取我子，读《鸱鸮》之章，能不惨然心恻乎？将军犹是世禄之裔，即不为仆怜，独不念先帝乎？即不念先帝，独不念二祖列宗乎？即不念二祖列宗，独不念己之祖若父乎？不知大清何恩何德于将军，仆又何愁何怨于将军也！将军自以为智，而适成其愚；自以为厚，而反党其薄。奕而后，史有传，书有载，当以将军为何如人也！仆今者兵丧力弱，茕茕孑立，区区之命，悬于将军之手矣。如必欲仆首领，则虽粉身碎骨，血浅草莱，所不敢辞。若其转祸为福，或以遐方寸土仍存三恪，更非敢望。倘得与太平草木，同霑雨露于圣朝，仆纵有亿万之众，亦付于将军，惟将军是命。将军臣事大清，亦可谓不忘故主之血食，不负先帝之大德也。惟冀裁之！
这封信确实很感人。虽然我们今天知道这对吴三桂并没有起到任何永历想要起到的作用，但至少在写这封信的时候永历还是认为吴三桂可能会被打动其恻隐之心。没有任何共同语言的死敌，永历可能写的如此的真挚、悲怆？甚至当时很多人都仍然对吴三桂抱有希望。即便他领清军入关许多人也认为情有可原。朱舜水即说：吴三桂愚呆竖子，失於较计，欲报家仇，勾引入寇。——《中原阳九述略•虜勢二條》。《中原阳九述略》是朱舜水为回顾和研讨明亡的历史教训时候而写的，时间是南明永历十五年六月十五日，即永历被吴三桂所擒的半年前。而就在同样提到吴三桂的地方，对另一位后来的大英雄袁崇煥却毫不留口德：“賊臣楊鎬、袁崇煥前後賣國，……”南明永历即便在身处绝境时候依然希望打动吴三桂，更不用说当时全国各地大大小小的各种反清复明势力了。他们即使不幻想吴三桂对清廷倒戈至少也将其视为可能的统战对象。这种想法就是到现在也没有多少可指责。人不亲血亲。到底血浓于水，血脉相连。辛亥革命时的床下都督黎元洪，毕竟也还是于民国有功的。这时已经距离南明永历君臣二百五十年了。
汉人对吴三桂寄予的期望越大，清廷对吴三桂的猜忌也就越深。吴三桂的处境也就越是尴尬、微妙。在民族大义和荣华富贵之间，吴三桂没有任何疑问地选择了后者。不用拿什么道德良知来指责他，这里恰好有李治亭著的吴三桂大传，文中对永历的信作了唯物史观的如下评论：
从这封信的内容，可以想见，永历是在极度痛苦与愤怒交织的情绪中写成的。我们且不必分辨其中的是非，仅从全文的气势来看，声情并茂，不禁令人感泣！明朝自朱元璋创立，到现在已历二百六十多年，其结局如同建国时一样，轰轰烈烈，又多了一个悲壮、惨烈！永历为失去祖先创下的江山，心中充满了无限悲愤和无力回天的哀叹。在无可挽回的命运面前，他显得多么渺小，多么怯懦！作为一个末世的亡国之君，总是不敢面对残酷的现实，不愿意承认自己的失败。可是，失败、灭亡是不可避免的。这如同一个人的生命一样，总有完结的一天。任何客观存在的事物，在广漠的天地间，都不过是暂时存在的现象，没有永久存在，也没有久盛不衰。恰恰相反，盛则衰、衰而亡，是宇宙的普遍规律。可惜，封建帝王永历根本不懂得这个道理，只能是怨天尤人。吴三桂从引清兵入关，到穷追永历，从道义上说，有负于明朝，但从理性而论，却是顺应了当时的历史发展趋势。判断历史的是非，道义不是衡量是非的主要标准，还是从历史的发展来考察，才符合历史唯物主义的原则。永历恰恰是从道义上谴责三桂背主求荣，可能会唤起人们的同情，却不能改变历史的发展趋势。南明经弘光、隆武、永历三主，都是腐败的政权，它们的存在，无补于历史的发展，与这个政权同归于尽，殉道而亡，虽气节可嘉，不过成了这些腐败而不可救药的政权的牺牲品而已。永历对三桂的诛心之伐，仅仅是历史的瞬间回声，是以永历为代表的过时的人物对自己行将完结，而表示出的无可挽回的抗争。——吴三桂大传(李治亭)
如果把这些满脑子“顺应历史潮流”唯物主义先进思想的“现代人”穿越到吴三桂的位置上去，又会做的比吴三桂道德怎样？
就在永历写这封信的同时，吴三桂与缅甸策划的计谋正在加紧进行。缅甸把永历君臣骗入吴三桂军营。事先，吴三桂先派高得捷、官国泰、盛有功、徐伯率兵百人前去，暗中监视；接着，又派出二百人，接应前一批，以防出差错。当永历一行被骗出走，高得捷等都在暗中密切注视。这一切，都进行得相当顺利，没费一兵一卒，神不知鬼不觉，就把永历及其家属一个不漏地全部擒获到手！南明最后一个政权永历朝廷至此灭亡，明朝的历史亦宣告结束。 康熙元年（公元1662年）四月二十五日，吴三桂亲自部署和执行对永历的处决。他派纛章京吴国贵率亲兵前往永历囚禁之所，将永历和他的儿子，还有皇室王维恭之子抬出门首小庙中，吴国贵命人出示弓弦，准备用刑。永历知死期已到，既没有求饶，也没有抗争。他的儿子——太子，才12岁，大骂吴三桂：“黠贼！我朝何负于你？我父子何负于你？乃至此耶！”吴国贵等不由分说，用弓弦把永历父子和王维恭之子逐个勒死。永历时年38岁。永历父子死地，原称篦子坡。后因此地逼死永历，遂改称“逼死坡”。勒死永历三人后，吴三桂命昆明县知县聂联甲亲运薪木至城北门外，将他们的尸体烧化，然后尸灰四扬，彻底消尸灭迹。剩余部分就地埋葬。
南明永历君臣逃亡缅甸，其力量已微不足道，对清朝构不成严重威胁。开始，它本不在意。但是，永历的存在，至少在政治上还象征明朝并没有完全灭亡，那么，清朝对全国的统治就不是完整的，不能视它为天下共主。而永历的被擒获，清朝就形式上成为全国惟一合法政权。清廷因而大加渲染，加以宣传，目的是绝明朝故旧遗老和反清势力复明之念，可收安定人心、巩固统治之效。吴三桂更博得清廷的一片欢心。而吴三桂杀死永历，彻绝人望，也彻底卖身于清廷，并籍此得到了清廷对这条忠实鹰犬的奖赏。早在顺治十六年三月，清廷就命吴三桂留镇云南，总管云南军政一切事务。杀死永历半年后的康熙元年十二月，清廷又把贵州交由吴三桂全权管理。这样，便形成了吴三桂王云贵 、尚可喜王广东、耿继茂王福建的“三藩”并立的局面。“三藩”之中，吴三桂占地最多，兵力最强，势力也最为雄厚。
终满清之世，异姓受封为王的，只有五人，最先受封的是，“恭顺王”孔有德、“怀顺王”耿仲明、“智顺王”尚可喜，合称“三顺王”。他们是在清入关前天聪七年、八年间先后降清，而受封为异姓王。顺治六年，“三顺王”改封号，尚可喜为平南王，平定两广，藩守广东。耿仲明为靖南王，在南下途中死于江南，其子耿继茂袭爵，后病死，其孙（继茂之子）耿精忠嗣继。孔有德为定南王，进军广西，于顺治九年兵败桂林，自焚死。因无子承袭，爵除。吴三桂归降稍晚，迟至顺治元年，清军入关，在山海关前率部投降，即封为平西王，再进封为亲王。原封爵四王，孔有德死后，剩吴、耿、尚三王，各据藩地，并称“三藩”。最后是孙可望，他于顺治十四年降清后，封为“义王”，驻京师，无辖地，亦无政治作用，但孙可望对南明和李定国的出卖值这个价钱！孙可望向洪承畴的献技献策彻底断绝了南明政权存留于中国境内的最后生机！而吴三桂入缅甸擒拿永历，只是孙、洪议定决策的执行和延续罢了！
到这时候吴三桂已经彻底成为了汉奸，何况以他在清廷中的地位也决无任何利益诱使他反清复明。但此时一些尚未绝望的汉人仍对吴三桂抱有期望。这当中典型的是查如龙“上血书”的事件。
查如龙原是南明弘光政权某部的官员，后流落江湖，以反清复明为己志，到处活动。康熙初年，查如龙伪造全国各省总督、巡抚、提督的书信，其官封、印信、花押、图章，非常逼真，令人很难识破。其伪造的信中，都有“联络声气，共图举事，恢复中原”的内容。查如龙把这些伪信汇为一册，携带身上，前往云南。他宿于离昆明不远的一座寺庙中，咬破食指，给吴三桂写了一封血书，大意是：天下督抚提镇及朝中大臣，皆有同心，待王为盟津之会（武王伐纣，会八百诸侯于河南孟津渡口）。大王，您是汉人，当年之事（指吴降清），出于不得已。今天下之机杼把握在王的手里，王如果出兵以临中原，天下响应，此千古一大时机啊！
查如龙写好血书，托付一个侍童送到吴三桂王府。他企图让人们都知道这封信，给吴三桂施加压力，造成迫使他不得不从之势。侍童到了昆明，却没有办法进王府，他徘徊了一阵。返回到寺庙，把信退给了查如龙。投书不成，他到了曲靖府，不慎犯了事，被知府李率祖拿获，所有伪造的信札和写给吴三桂的血书等都被查出。李率祖与吴三桂不和，得此物证甚是高兴。但见其书札稿中牵连各省官员，无一遗漏，就都给烧掉了，只留下血书，申报督抚，上达朝廷。李率祖不能不报告吴三桂，并把查如龙交给他处置。吴三桂命千总董三纲把查如龙押解进京。临行，查如龙大叫：“我死，你灭九族之日也不远了！”至京，朝廷以叛逆十恶不赦之罪判凌迟处死。
这样的事件还有很多，甚至官方文献也未必完全记录。毕竟吴三桂的汉人身份令满清殖民政权不能不多加提防，而随着他日益位高权重，清廷亦更加深深猜忌。 从表面看，清在入关前，就实行“满汉一体”的政策，对满汉文臣武将一视同仁，其实不然。凡属征伐，满族贵族掌兵权，政府六部首脑，皆以满官为头。处于一般地位的汉官，清廷还可放心，但身处显位又掌握军队的汉将就不同了。既要用他们，还给予必要的监视和控制，体现了清廷对汉官汉将政策的两重性。采取留子（或亲属）于京师的办法，就是对他们最好的控制。汉官中权重位宠的，莫过于吴三桂及尚可喜、耿仲明、孔有德等人。当他们长驱南下后，吴三桂把长子吴应熊、尚可喜把三子尚之隆、耿继茂（其父耿仲明已去世）先后把二子昭忠、三子聚忠送京师，入侍世祖。康熙七年六月，尚可喜又主动把长子尚之信送来“入侍”康熙，受到清廷的嘉许。清廷明里给这些入侍的子弟以优厚的地位，都招为额驸，极示笼络之意；实则暗里将他们当作人质。吴三桂等人的儿子掌握在朝廷手中，不敢心存叛逆之念，只能小心谨慎地尽忠于大清了。
清廷与三藩各怀心事，是不言自明的。既然他们的儿子留在京师，他们正好利用这个条件，时刻探听朝廷的动向。吴三桂有此考虑，特把他的一个亲属胡心水安排在应熊身边，嘱咐他说：“吾子年少，不懂事，烦你代为照料一切事。”胡心水心领神会，悉心掌管应熊额驸府中日常庶务。他“挥金如土，上下左右无不相得”。凡有关吴三桂的事，都靠买通的朝臣替他说话。他专刺探“密事”，及时向吴三桂报告。吴应熊也留心朝廷举动，“多聚奸人，散金钱，交通四方”，凡大小事，他都“飞骑报闻”。 吴三桂虽身在数千里之外，朝中一举一动，无不了如指掌。清廷廷与吴三桂的相互疑心，彼此心照不宣。但随着大规模战事的结束，平衡很快被打破。早在顺治十八年，四川川北道杨素蕴最先发难，首次揭发吴三桂擅自用权，随便选任云南官吏，“有碍国体”，第一次敲响了警钟。继杨素蕴之后，康熙七年，又有甘肃庆阳府知府傅弘烈参劾吴三桂，直言其“必有异志，宜早为防备”。在清廷未完全掌握主动权而只有表面上的优势时，是不敢轻易触动吴三桂的，只能制裁傅弘烈。经部议，认定他“越职言事，劾奏亲王”，犯有诬告罪，将他逮捕，判处斩刑。康熙九年予以减刑，发充广西梧州军中效力。接着，中城御史李棠，也因参劾三桂受到革职的处分。
清廷处分杨素蕴等人，是在安抚吴三桂。同时，却不动声色地采取实际步骤，逐步削弱吴三桂的势力。执掌朝中大权的鳌拜开始调散吴三桂党羽，先后把云南、贵州总督赵廷臣调任浙江总督、调张勇为宁夏提督、王辅臣为固原提督、马宁为山东提督、李本琛为贵州提督、吴得功为湖广提督、严自明为广东提督、刘进忠为潮州总兵、王进功为福建提督。这些人原都是吴三桂的心腹将领，朝廷把他们逐一地调离云南。吴三桂曾精心建置“忠勇营”、“义勇营”，安插自己的亲信。康熙四年五月清廷把这两营部分将官调离云南，以便分散三桂的势力。康熙五年二月，清廷又进一步采取组织措施，再次削弱吴三桂的“忠勇”、“义勇”的军事实力。以增设云南开化镇总兵官为名，裁去“忠勇”中营总兵官缺，所属官兵，归并到开化镇统辖，其总兵官由原“忠勇”左营总兵官高启隆出任，并调“忠勇”中营总兵官马宝任曲寻、武霑总兵官。几经清廷调动，吴三桂所建的“忠勇”与“义勇”两营已属有名无实。
在清廷有所动作之时，特别是傅弘烈等人直书吴三桂有“异志”时，已引起吴三桂的严重不安。其手下有人叫吕黍子的就献策说：“亲王权尊势重，致使傅（弘烈）、李（棠）敢于参劾。何不营造园亭，多买歌童舞女，日夜欢娱，使朝廷勿疑。”让吴三桂追欢逐乐，既符合他的愿望，又避去朝廷的怀疑，何乐而不为！吴三桂感到此策甚好，欣然接受。但他明白，光是追欢逐乐还不足以释去清廷之疑，还必须采取实际行动来。至关重要的莫过于军队，清廷对此疑心最大，已屡次讨论要裁减他的部队。于是，他适时地提出裁减军队，力图变被动为主动。康熙四年五月，吴三桂请求将云南省的额兵进行裁汰，自请裁去了5 000余名士兵，但这只是做出了一个姿态，对其实力还构不成根本损害。因而，尽管吴三桂让出了一部分权力，清廷对他的防范却日益加剧。过去，凡吴三桂荐官，兵部、吏部直至清帝无不应允，大约从康熙五、六年之交开始，吴三桂荐任各官，多不批准。此时，吴三桂安插在京师的心腹胡心水刚刚死去，“内外不相炤应”，使吴三桂失去了一个耳目，与京师的关系也陷入停顿状态。吴三桂的女婿、胡心水的侄儿胡国柱和重要谋臣、参赞机务的方光琛向三桂进言：“朝廷已怀疑王，王应当想个自全之计。”吴三桂以退为进，于康熙六年（1667年）五月上疏清廷，自感“两目昏瞀，精力日减”，请求辞去总管云贵 两省事务。刚亲政的康熙毫无挽留之意，马上批示同意。
吴三桂辞总管云贵事，交回用人权，所剩权力无几，仅剩个高贵的亲王名号。他失去了大权，就成了食君禄无所事事的“闲王”了。他的部属却沉不住气了。到九月底，云贵总督卞三元、云南提督张国柱、贵州提督李本琛忽然联合上奏，力陈三桂功劳，要求朝廷仍命三桂总管云贵事务。本来，朝廷把三桂所掌管的权力归还云贵总督、巡抚、提督等文武将官，照理，他们应高兴，可是，他们却一反常理，居然不肯接受应得的权利，宁愿给吴三桂。吴三桂对此如何想，没有材料予以证明。但从他们跟三桂的密切关系，可以肯定，卞三元等人的举动是得到三桂的默认和鼓励的。朝廷既然把三桂总管权收回，怎么可能又还给他！出乎意料的是，康熙很服软地说：“该藩以精力日为销减奏请，故照所请允行……，恐其过劳，以致精力大损。如边疆地方，遇有军机，王自应料理。”如遇有军事，仍由吴三桂“料理”，这等于授予三桂临时用兵的权力。清廷很明智，因为没有必要，至少在此刻无须激化和加剧矛盾，使吴三桂怀二。
吴三桂自请辞总管等权，朝廷迅速照准，实际是削去他在云贵的军政大权，清廷也担心吴三桂怀二，马上对其安抚。康熙七年（1668年）正月，提升吴三桂的儿子和硕额驸吴应熊为少傅兼太子太傅。为显示皇恩浩荡，一视同仁，同时还提升已故靖南王耿仲明的孙子耿聚忠、耿昭忠及平南王尚可喜三子尚之隆为太子少师。相比之下，吴应熊的爵位仍高于耿聚忠等三人，这向三桂明确暗示，朝廷对他们父子恩遇独厚。朝廷在提升应熊爵位后，约于康熙八、九年之交，命他赴云南探望其父，又一次表示出清廷对吴三桂关怀备至。吴三桂也知趣，于康熙九年八月初给朝廷奏报：八月二十六日，“仍遣吴应熊自滇赴京” 吴应熊探病后，吴三桂不敢多留儿子，很痛快地打发他回北京，表示出他对朝廷的不变的忠心。
康熙十一年（1672年），吴三桂满60岁，举行大寿庆典。吴应熊同他的满洲妻及其子世璠一同来昆明祝寿。吴三桂非常高兴，悄悄对方光琛等人说：“可见朝廷不疑我，你们都要谨慎些。”曾经有一个姓黄的人赴昆明祝寿，吴应熊怕他游说父亲蓄逆谋，特派人前去阻拦。行至镇远，遇到了他，告诉他不要去昆明。吴三桂闻听此事，也不让他来，这位姓黄的人只好回去了。
清廷与吴三桂互相猜疑，理所当然。朝清廷虑吴三桂势大，与它分庭抗礼，威胁满洲政权；吴三桂一心世守云南，疑朝廷不履行诺言，惟恐撤其藩地。自云南安定后，彼此猜忌日益加深， 但双方都很谨慎，尽量消除对方对自己的怀疑。从朝廷方面说，鉴于三藩势大，它不会贸然行动，挑起纷争，激化矛盾，因为清廷并无完全必胜的绝对把握。从三藩三桂方面说，他也不愿意同清廷决裂，而决裂就意味着战争，三藩吴三桂已经彻底卖身于清廷了！双方都想避免矛盾加深，也各自做出一定努力，企图缓和气氛。但是，三藩吴三桂以及尚可喜、耿精忠三藩的“独立王国”与清廷之间有着无法克服的矛盾。清廷乃殖民政权，而三个汉人异姓王却占地如此广大，兵力如此厚实，资财如此雄厚，满洲统治者无论如何都不能高枕无忧，一旦时机成熟，必定还是要撤藩，以求一劳永逸地从根本上消除隐患。因此，吴三桂等三藩跟清廷廷的矛盾是不能消除的，双方的破裂，仅是时间问题！
康熙亲政之后，便不断为撤藩做人事安排，以准备有朝一日撤藩能顺利进行。多年来，由于年老或引退，因病或休或故去，吴三桂的部将失去不少，加之朝廷频繁调动，已打乱了吴三桂的原先部署，但对他周围的至关重要人物如夏国相、方光琛以及他的吴氏亲属还没有触动，以免惊动他。但吴三桂已经察觉清廷正在逐步削弱他的实力，便伺机夺回某些权益。此时决裂，决无好处。清廷以退让换妥协，康熙十二年（1673年）二月，清廷又向吴三桂大举示好：康熙亲派一等侍卫吴丹、二等侍卫塞扈立前往云南，慰问吴三桂，并携带他御用的貂帽、团龙貂裘、青蟒狐腋袍各一袭，束带一条，赏给吴三桂。另派两名侍卫前往广东，向尚可喜颁赏，其赐物略比吴三桂要低些。
就在康熙赏赐和慰问吴、尚两藩后的一个月，即三月十二日，尚可喜突然提出申请撤藩，“归老辽东”的奏疏。尚可喜申请撤藩不单单是因年老多病，实质问题是，深虑位高权重引起朝廷怀疑，终将招来不测之祸。他只有求退，才能保全自己声誉，得一善终结果。
正当康熙处心积虑选择适当时机，解决三藩问题时，尚可喜不待朝廷下令，也不管吴、耿两藩如何打算，先自提出撤藩，既明智，又争取了政治上的主动，在客观上为康熙处理三藩问题铺平了道路。于是，康熙抓住这一难得时机，顺水推舟，准备立即采取行动，实施撤藩。
尚可喜在申请撤藩时，提出一个条件，即留镇长子尚之信于广州，由他承袭平南王爵。尚可喜的本意，并非是全撤，他自己要携带部分家口和兵丁撤回关外故乡，而想把王爵传给长子尚之信，让他继续留镇广东。可喜厌恶他，不愿和他在一起生活。可喜有子32人（其中过继一子），之信为长，按封建继承法，又不能不让他承袭。所以，可喜自请回辽东，既可保留王爵传之子孙，而自己急流勇退，获晚年安宁。但清廷以父亲健在无移爵的先例，予以拒绝：“子无移袭之例”，无须再议。并以不忍其父子分离、藩下家口分离为由，下令全撤。尚可喜看得很明白，朝廷的意图是彻底撤藩，从根本上解除它的心腹之忧。既然这样，尚可喜自然无话可说。朝廷锐意全撤，虽非可喜本愿，事已至此，他只有俯首听命，服从朝廷的决定了。圣祖派遣钦差持诏书，于同年五月三日送到广州。可喜“拜命之后，即缮书称谢，遂陆续题报启程日期、家口马匹数目”。。着手准备迁移事宜。
清廷批准尚可喜撤藩的决定，迅速向朝廷内外包括各省军政官员作了通报。吴三桂、耿精忠两藩得知这个消息，心中惶惶不安。他们根本就没有撤藩的思想准备，一次也不曾提过或表示有撤藩之意，如今清廷同意尚可喜撤藩，实则也强烈地暗示他们，是考虑自己应否撤藩的时候了。朝廷的举动，又暗示他们，是自请撤好，还是等朝廷下令撤你们好，由你们做出选择。
在清廷阁臣正讨论尚可喜撤藩时，吴应熊探得清廷意图，迅速秘密派人驰往昆明，向吴三桂传话：“朝廷素来就怀疑王，尚藩、耿藩都已提出辞职疏奏（耿藩辞职，是指康熙十年春耿继茂以病辞职事），而惟独王从没有提出辞职，朝廷对王的疑忌更深了。要赶快写奏疏，派遣使者送来，还来得及。”吴应熊要他父亲也效法尚、耿的做法，然后从中谋划，在“弥缝”中可以把自己留下来。
就在康熙赏赐和慰问吴、尚两藩后的一个月，即三月十二日，尚可喜突然提出申请撤藩，“归老辽东”的奏疏。尚可喜申请撤藩不单单是因年老多病，实质问题是，深虑位高权重引起朝廷怀疑，终将招来不测之祸。他只有求退，才能保全自己声誉，得一善终结果。
正当康熙处心积虑选择适当时机，解决三藩问题时，尚可喜不待朝廷下令，也不管吴、耿两藩如何打算，先自提出撤藩，既明智，又争取了政治上的主动，在客观上为康熙处理三藩问题铺平了道路。于是，康熙抓住这一难得时机，顺水推舟，准备立即采取行动，实施撤藩。
尚可喜在申请撤藩时，提出一个条件，即留镇长子尚之信于广州，由他承袭平南王爵。尚可喜的本意，并非是全撤，他自己要携带部分家口和兵丁撤回关外故乡，而想把王爵传给长子尚之信，让他继续留镇广东。可喜厌恶他，不愿和他在一起生活。可喜有子32人（其中过继一子），之信为长，按封建继承法，又不能不让他承袭。所以，可喜自请回辽东，既可保留王爵传之子孙，而自己急流勇退，获晚年安宁。但清廷以父亲健在无移爵的先例，予以拒绝：“子无移袭之例”，无须再议。并以不忍其父子分离、藩下家口分离为由，下令全撤。尚可喜看得很明白，朝廷的意图是彻底撤藩，从根本上解除它的心腹之忧。既然这样，尚可喜自然无话可说。朝廷锐意全撤，虽非可喜本愿，事已至此，他只有俯首听命，服从朝廷的决定了。圣祖派遣钦差持诏书，于同年五月三日送到广州。可喜“拜命之后，即缮书称谢，遂陆续题报启程日期、家口马匹数目”。。着手准备迁移事宜。
清廷批准尚可喜撤藩的决定，迅速向朝廷内外包括各省军政官员作了通报。吴三桂、耿精忠两藩得知这个消息，心中惶惶不安。他们根本就没有撤藩的思想准备，一次也不曾提过或表示有撤藩之意，如今清廷同意尚可喜撤藩，实则也强烈地暗示他们，是考虑自己应否撤藩的时候了。朝廷的举动，又暗示他们，是自请撤好，还是等朝廷下令撤你们好，由你们做出选择。
在清廷阁臣正讨论尚可喜撤藩时，吴应熊探得清廷意图，迅速秘密派人驰往昆明，向吴三桂传话：“朝廷素来就怀疑王，尚藩、耿藩都已提出辞职疏奏（耿藩辞职，是指康熙十年春耿继茂以病辞职事），而惟独王从没有提出辞职，朝廷对王的疑忌更深了。要赶快写奏疏，派遣使者送来，还来得及。”吴应熊要他父亲也效法尚、耿的做法，然后从中谋划，在“弥缝”中可以把自己留下来。
到这个时候，吴三桂还是无意撤藩。在这个问题上，他没有尚可喜那样心向清廷。虽然同样是卖身于清廷，但吴三桂毕竟还没有尚可喜那样卖的彻底，连棺材钱都不要。吴三桂更力图保住自己的利禄名位，幻想世守云南。他召来一班亲信，反复商酌，意见不尽一致。有一部分人主张，不妨先提出申请，看朝廷到底是什么态度再说。最后，他觉得这个主意可取，跟儿子的建议基本一致，决定提出撤藩的申请。
于是，吴三桂命幕僚刘玄初起草辞职疏。玄初是四川人，原先在蜀王刘文秀府中，充任幕客，颇善谋划。刘文秀失败，吴三桂将他收留，放在自己身边，不时顾问咨询，很得信任。吴三桂让他写奏疏，他却持与众不同的看法。他对吴三桂说：“皇上很久就想把王调离云南，但特难开口。王上疏，一定会朝上而夕调。尚、耿两王愿辞就让他们辞去，王可永镇云南，为什么非要效法他们呢？王不可上疏！”
吴三桂一听此言，大伤他的尊严和自信心，很恼怒，气冲冲地说：“我马上就上疏，皇上一定不敢调我。我上疏，是消释朝廷对我的怀疑。”
康熙十二年七月三日，吴三桂给圣祖上了一道自请撤藩的奏疏，他写道：臣驻镇滇省，臣下官兵家口于康熙元年迁移（指从汉中迁云南），至康熙三年迁完。虽家口到滇九载，而臣身在疆已十六年，念臣世受天恩，捐糜难报，惟期尽瘁藩篱，安敢遽请息肩！今闻平南王尚可喜有陈情之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩。仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插。
比吴三桂的奏疏稍晚几天，七月九日，靖南王耿精忠也给朝廷写了一份撤藩的奏疏。耿精忠撤藩，也是被迫的。清廷也很明白，吴、耿撤藩不是出于自觉自愿，是被形势逼到这个地步的。康熙决意撤藩，而尚、吴、耿先后自请要撤，是他求之不得之事。他认为，撤藩由他们先提出来，总比朝廷先提为好。这样，朝廷可以光明正大地表态，问题就会顺利解决。所以，当廷臣分别送上吴三桂与精忠撤藩的报告时，他毫不迟疑地准奏。
就耿精忠搬迁的问题，清廷内部很快达成了一致意见：既然靖南王自请撤离福建，应将他本人并下属十五佐领官兵均行迁移。康熙同意。但是，在讨论吴三桂撤藩时，出现了两种根本不同的意见：户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人主撤，兵部尚书明珠赞成。他们认为，应将吴三桂本人和所属官兵家口全部迁移。但多数廷臣持相反意见，其中内弘文院大学士图海、索额图等，主张最力。他们认为：应令吴三桂继续镇守云南。继续讨论还是两种意见对立，这样就由康熙独断，正式做出撤吴藩的决定。
在撤藩这个问题上，尽管康熙做出了全撤的决定，然而，事实上，却存在着严重的分歧。面对三藩同时要求撤藩，圣祖和阁臣们也明知他们中有自愿有被迫的复杂情况，应当慎重地估量当时的客观形势和撤藩可能产生的后果，多设想几种方案以供选择，防患于未然，是完全必要的。归纳起来，可有五种方案选择：
其一，恪守皇太极以来，多尔衮、顺治和康熙继位后多次许下的诺言，如“世世子孙，长享福贵，如山河之永也”。三藩“大功茂著，宜膺延世之赏，永坚带砺之盟”。“王其巩固封疆，殚抒筹策……功名永重山河。”《八旗通志•耿继茂传》要三藩镇守南疆，“屏藩王室”。这就是说，永不撤藩，子子孙孙世袭王爵，与清朝相始终。这些诺言和盟誓，都写入赐封的金册之中。当然，这在实际中是很难办到的。一千年田八百主，为普通一份家业都会争的你死我活，何况如此大的利益！
其二，将吴、耿、尚三王调到北京，以觐见为名，叙君臣之乐，借机把兵权收回。此法颇类“杯酒释兵权”。宋朝开国皇帝太祖赵匡胤，有鉴于前代（唐）藩镇之祸，采取释其兵权之法，于宴会上将握重兵的将帅之兵权收归己有，和平地解决了问题，逐除前代之祸，君臣相安无事。此即“杯酒释兵权”，成为千古美谈。但这是个技术活，从康熙要撤藩就急吼吼的态度看，这个，很难；
其三，区别对待，分期撤藩，以分其势，逐个解决，如兵法上说的，各个击破，这也是清廷内部缓撤派的主张；
其四，不急于撤藩，即使尚可喜主动要求，亦可缓机图之，例如，等待尚可喜、吴三桂及其属下老一辈去世，留至第二代掌权时，可趁他们年轻，威望不重，再解决也不迟。但别人或许能等，康熙决不能等；
其五，三藩同撤，一次性解决，这也是康熙最终确定的，而整个清廷也不得不为他背书，哪怕多数服从少数。
康熙采取了三藩同撤，一次性解决。而多数阁臣主张区别对待，即第三方案，分期撤藩。比较而言，实行这一方案较为得策。因为尚可喜主动提出撤藩，确是出于诚意（他卖身卖的最彻底，完全的无私奉献），吴、耿要求撤藩实非己愿。康熙急于撤藩，欲毕其功于一役，根本没考虑到吴、耿在被迫的情况下撤藩将会产生什么后果，而大多数廷臣对撤吴藩却表示顾虑重重。要说吴三桂图谋不轨，还没有抓到谋反的证据，清廷无法说出口，且以他对清朝的特殊功绩，贸然撤藩，未必令人心服。吴三桂早已交通朝中诸臣，关系密切，他们是会为吴三桂说话的。在他们心中还有一层隐忧：“三桂专制滇中十有四年，位尊权重”，处理不当，后果不堪设想。
清廷也很清楚，提出吴藩留镇的意见是必须值得重视的。第一，它把吴藩同耿、尚相区别，分期撤藩，有利大局稳定。从三藩的情况看，尚、耿本身力量不足，威望都在吴三桂之下，尚可喜降清早，与朝廷的关系密切，一向恭谨，忠心耿耿。而耿精忠已属耿藩的第三代，他本人是皇室的额驸，年轻功少，没有号召力，即使他被迫撤藩，他也没有胆量敢首先发难。因此，先撤尚、耿二藩，不大可能引起骚动。第二，三藩中最主要的危险是吴三桂，他的实力、威望与权势并重，他的动向具有举足轻重的影响，要设法稳住他，使他不敢轻举妄动。第三，撤去尚、耿两藩，等于剪去吴藩羽翼，并及时向福建、广东速派满洲八旗精锐镇守，吴氏便被孤立，即使他发动叛乱，亦失两藩之助，平叛也易。但恰恰在这个命运攸关的重要问题上，康熙却很武断，坚持说：“吴、尚等蓄彼凶谋已久，今若不早除之，使其养疤成患，何以善后？况其势已成，撤亦反，不撤亦反，不若先发制之可也。”不加区分地把吴、尚（当然也包括耿）都看成是敌人，都施之以“先发制人”，不明智。说尚可喜也蓄“凶谋”，是毫无根据的。后来，当叛乱发生，尚可喜至死未叛，矢志忠于清廷。再说吴三桂，说他早有异志，也缺乏充分的根据。康熙的迫不及待的态度，只表明满清殖民者内心深处对拥有实力的汉族异姓王的忧虑和畏惧！他用“撤亦反，不撤亦反”的三藩“必反论”来吓唬反对撤藩的廷臣，并为自己的撤藩主张制造根据。因此，他最终采取了三藩同撤的政策。
吴三桂估计朝廷一定会挽留他，同尚、耿两藩有所区别。这个估计没有大错，因为事实上正如吴三桂所预料的那样，多数廷臣是不同意撤吴藩的，他们的意见能够影响康熙，使之对吴三桂有利。但是，吴三桂却低估了康熙年少狂妄的特殊性格。他以假意求撤，而康熙真撤，结果弄假成真，无法挽回！
于是，吴三桂命幕僚刘玄初起草辞职疏。玄初是四川人，原先在蜀王刘文秀府中，充任幕客，颇善谋划。刘文秀失败，吴三桂将他收留，放在自己身边，不时顾问咨询，很得信任。吴三桂让他写奏疏，他却持与众不同的看法。他对吴三桂说：“皇上很久就想把王调离云南，但特难开口。王上疏，一定会朝上而夕调。尚、耿两王愿辞就让他们辞去，王可永镇云南，为什么非要效法他们呢？王不可上疏！”
吴三桂一听此言，大伤他的尊严和自信心，很恼怒，气冲冲地说：“我马上就上疏，皇上一定不敢调我。我上疏，是消释朝廷对我的怀疑。”
康熙十二年七月三日，吴三桂给圣祖上了一道自请撤藩的奏疏，他写道：臣驻镇滇省，臣下官兵家口于康熙元年迁移（指从汉中迁云南），至康熙三年迁完。虽家口到滇九载，而臣身在疆已十六年，念臣世受天恩，捐糜难报，惟期尽瘁藩篱，安敢遽请息肩！今闻平南王尚可喜有陈情之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩。仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插。
比吴三桂的奏疏稍晚几天，七月九日，靖南王耿精忠也给朝廷写了一份撤藩的奏疏。耿精忠撤藩，也是被迫的。清廷也很明白，吴、耿撤藩不是出于自觉自愿，是被形势逼到这个地步的。康熙决意撤藩，而尚、吴、耿先后自请要撤，是他求之不得之事。他认为，撤藩由他们先提出来，总比朝廷先提为好。这样，朝廷可以光明正大地表态，问题就会顺利解决。所以，当廷臣分别送上吴三桂与精忠撤藩的报告时，他毫不迟疑地准奏。
就耿精忠搬迁的问题，清廷内部很快达成了一致意见：既然靖南王自请撤离福建，应将他本人并下属十五佐领官兵均行迁移。康熙同意。但是，在讨论吴三桂撤藩时，出现了两种根本不同的意见：户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人主撤，兵部尚书明珠赞成。他们认为，应将吴三桂本人和所属官兵家口全部迁移。但多数廷臣持相反意见，其中内弘文院大学士图海、索额图等，主张最力。他们认为：应令吴三桂继续镇守云南。继续讨论还是两种意见对立，这样就由康熙独断，正式做出撤吴藩的决定。
在撤藩这个问题上，尽管康熙做出了全撤的决定，然而，事实上，却存在着严重的分歧。面对三藩同时要求撤藩，圣祖和阁臣们也明知他们中有自愿有被迫的复杂情况，应当慎重地估量当时的客观形势和撤藩可能产生的后果，多设想几种方案以供选择，防患于未然，是完全必要的。归纳起来，可有五种方案选择：
其一，恪守皇太极以来，多尔衮、顺治和康熙继位后多次许下的诺言，如“世世子孙，长享福贵，如山河之永也”。三藩“大功茂著，宜膺延世之赏，永坚带砺之盟”。“王其巩固封疆，殚抒筹策……功名永重山河。”《八旗通志•耿继茂传》要三藩镇守南疆，“屏藩王室”。这就是说，永不撤藩，子子孙孙世袭王爵，与清朝相始终。这些诺言和盟誓，都写入赐封的金册之中。当然，这在实际中是很难办到的。一千年田八百主，为普通一份家业都会争的你死我活，何况如此大的利益！
其二，将吴、耿、尚三王调到北京，以觐见为名，叙君臣之乐，借机把兵权收回。此法颇类“杯酒释兵权”。宋朝开国皇帝太祖赵匡胤，有鉴于前代（唐）藩镇之祸，采取释其兵权之法，于宴会上将握重兵的将帅之兵权收归己有，和平地解决了问题，逐除前代之祸，君臣相安无事。此即“杯酒释兵权”，成为千古美谈。但这是个技术活，从康熙要撤藩就急吼吼的态度看，这个，很难；
其三，区别对待，分期撤藩，以分其势，逐个解决，如兵法上说的，各个击破，这也是清廷内部缓撤派的主张；
其四，不急于撤藩，即使尚可喜主动要求，亦可缓机图之，例如，等待尚可喜、吴三桂及其属下老一辈去世，留至第二代掌权时，可趁他们年轻，威望不重，再解决也不迟。但别人或许能等，康熙决不能等；
其五，三藩同撤，一次性解决，这也是康熙最终确定的，而整个清廷也不得不为他背书，哪怕多数服从少数。
康熙采取了三藩同撤，一次性解决。而多数阁臣主张区别对待，即第三方案，分期撤藩。比较而言，实行这一方案较为得策。因为尚可喜主动提出撤藩，确是出于诚意（他卖身卖的最彻底，完全的无私奉献），吴、耿要求撤藩实非己愿。康熙急于撤藩，欲毕其功于一役，根本没考虑到吴、耿在被迫的情况下撤藩将会产生什么后果，而大多数廷臣对撤吴藩却表示顾虑重重。要说吴三桂图谋不轨，还没有抓到谋反的证据，清廷无法说出口，且以他对清朝的特殊功绩，贸然撤藩，未必令人心服。吴三桂早已交通朝中诸臣，关系密切，他们是会为吴三桂说话的。在他们心中还有一层隐忧：“三桂专制滇中十有四年，位尊权重”，处理不当，后果不堪设想。
清廷也很清楚，提出吴藩留镇的意见是必须值得重视的。第一，它把吴藩同耿、尚相区别，分期撤藩，有利大局稳定。从三藩的情况看，尚、耿本身力量不足，威望都在吴三桂之下，尚可喜降清早，与朝廷的关系密切，一向恭谨，忠心耿耿。而耿精忠已属耿藩的第三代，他本人是皇室的额驸，年轻功少，没有号召力，即使他被迫撤藩，他也没有胆量敢首先发难。因此，先撤尚、耿二藩，不大可能引起骚动。第二，三藩中最主要的危险是吴三桂，他的实力、威望与权势并重，他的动向具有举足轻重的影响，要设法稳住他，使他不敢轻举妄动。第三，撤去尚、耿两藩，等于剪去吴藩羽翼，并及时向福建、广东速派满洲八旗精锐镇守，吴氏便被孤立，即使他发动叛乱，亦失两藩之助，平叛也易。但恰恰在这个命运攸关的重要问题上，康熙却很武断，坚持说：“吴、尚等蓄彼凶谋已久，今若不早除之，使其养疤成患，何以善后？况其势已成，撤亦反，不撤亦反，不若先发制之可也。”不加区分地把吴、尚（当然也包括耿）都看成是敌人，都施之以“先发制人”，不明智。说尚可喜也蓄“凶谋”，是毫无根据的。后来，当叛乱发生，尚可喜至死未叛，矢志忠于清廷。再说吴三桂，说他早有异志，也缺乏充分的根据。康熙的迫不及待的态度，只表明满清殖民者内心深处对拥有实力的汉族异姓王的忧虑和畏惧！他用“撤亦反，不撤亦反”的三藩“必反论”来吓唬反对撤藩的廷臣，并为自己的撤藩主张制造根据。因此，他最终采取了三藩同撤的政策。
吴三桂估计朝廷一定会挽留他，同尚、耿两藩有所区别。这个估计没有大错，因为事实上正如吴三桂所预料的那样，多数廷臣是不同意撤吴藩的，他们的意见能够影响康熙，使之对吴三桂有利。但是，吴三桂却低估了康熙年少狂妄的特殊性格。他以假意求撤，而康熙真撤，结果弄假成真，无法挽回！
