李光耀本人的两个儿子都在政府中担任重要职务，大儿子李显龙为新加坡现任总理，小儿子李显扬曾任最大国营企业新加坡电信（淡马锡控股旗下）的总裁兼CEO（2007年4月1日卸任）。女儿李玮玲在陈笃生医院全国脑神经学院担任副主管；李显龙的妻子何晶在2002年出任政府财政部的资金管理公司淡马锡控股的董事后，著名的财经媒体Bloomberg发表文章影射该项任命是“为满足李氏家族利益或某种与嘉惠李氏家族利益有关的腐败动机”，遭到李光耀的驳斥并予以控告。可预期地，李光耀获得最终的胜诉，但是此类批评依然存在。2004年9月，李光耀之子李显龙接任总理后，英国《经济学家》杂志再度发表文章，指责新加坡政治中存在的裙带关系。李光耀威胁要诉诸法律，但后来该杂志刊登了公开的道歉信与赔偿。但是新加坡反对党指《经济学家》因在新加坡设有地区总部，因此新加坡的法律对此有司法管辖权，所以才迫使《经济学家》道歉。
　　  在打击政敌方面李光耀毫不手软，自独立后就一直维持有效的《国内安全法》授予政府在必要时“不经审判”即得以“无限期拘禁”危害国家安全的人士。一些早年曾与李光耀合作的新共领导人即因该法被拘禁20多年，其中最有名的政治犯是新共领袖林清祥。此外他透过司法手段打压反对的声音，许多反对派因此被迫退出政坛或移民他国。在新加坡国内，虽然反对派的声音一直存在，却始终不能成为主流。
　　此外，还有很多国际媒体指责李光耀是个不折不扣的精英主义者，曾倡导大学毕业的女性应该与受同一教育水平的男子结婚，以确保他们的下一代也拥有“高智商”。这项政治宣传终因国内过大的反对声音（主要是来自这群选择独身的高学历女性）而作罢，李光耀本人却依然坚持其立场正确，并在其自传中引用剑桥大学教授的研究为佐证来支持自己的看法。
　　绝大多数新加坡人却还是尊重他对国家，尤其是在经济上的贡献。

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