1937年至1946年，是冯友兰学术生涯的关键十年，其新理学体系即在此间创制而成。
1937年芦沟桥事变爆发后，抗日战争全面展开，清华大学被迫南迁。先迁往湖南长沙岳麓山下，后又迁往云南昆明，并与北京大学、南开大学合并，组成西南联合大学。冯友兰任联大哲学系教授，兼文学院院长。同当时大多数学者一样，冯友兰虽身处后方，却心系国事，常为中华民族之存亡而忧心如焚，感慨凄凉。在暂避长沙时，他曾写过这样一首诗：“二贤祠里拜朱张，一会千秋嘉会堂。公所可游南岳耳，江山半壁太凄凉。”其忧国忧民之情溢于言表！到昆明后不久，他又为刚创立的西南联大写了校歌的歌词，调寄《满江红》：“万里长征，辞却了五朝宫阙。暂驻足，衡山湘水，又成离别。绝檄移栽祯干质，九洲遍洒黎元血。尽笳吹，弦诵在山城，情弥切，千秋耻，终当雪。中兴业，需人杰。便一成三户，壮怀难折。多难殷忧新国运，动心忍性希前哲。待驱除仇寇复神京，还燕碣。”歌词充分表现出作者鲜明的爱国主义立场和终将战胜日寇、收复祖国失地的信心。他始终有一种不可动摇的信念在一直支撑着他，他坚信：有着五千年文明之深厚基础的中华民族绝不会灭亡，困厄只是暂时的，很快就会过去，抗日战争胜利之日，就是中华民族及其文化复兴之时！正是凭此坚定信念，冯氏更加勤奋地钻研学问，埋首著述，潜心整理中国传统文化。从1939年起，他先后出版了《新理学》、《新事论》（1940年）、《新事训》（1940年）、《新原人》（1943年）、《新原道》（1944年）、《新知言》（1946年）。这六部书，构成了一个完整的“新理学”哲学思想体系，冯先生将这些著作总称为“贞元之际所著书”或“贞元六书”，表示其中华民族一定要复兴的坚定信念。关于冯友兰著此六书的深意，他在《新原人》自序中曾有明确的表述：“‘为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万事开太平’，此哲学家所应自期许者也。况我国家民族，值贞元之会，当绝续之交，通天人之际，达古今之变，明内圣外王之道者，岂可不尽所欲言，以为我国家致水平，我亿兆安身立命之用乎？虽不能至，心向往之。非日能之，愿学焉。此《新理学》、《新事论》、《新世训》，及此书所由作也。”这充分展现了冯氏的宏大抱负和深切愿望。
1946年，西南联大因抗战胜利而解散，清华大学亦迁回北京。同年，冯友兰应美国宾夕法尼亚大学邀请，赴美作为期一年的讲学，讲授中国哲学史，并将讲稿整理成《中国哲学简史》一书由纽约麦克米伦公司出版。在美讲学期间，冯友兰深深感到：“我在国外讲些中国的旧东西，自己也成了博物馆里的陈列品了，心里很不是滋味。当时我想，还是得把自己的国家搞好。我常想王粲《登楼赋》里的两句话：‘虽信美而非吾土兮，夫胡可以久留？’”1947年，解放战争节节胜利，冯友兰生怕新中国成立后中美断交，于是，婉言谢绝了至亲好友的挽留，毅然决然地返回了祖国。
1948年秋天，冯友兰回国后，当选为南京中央研究院院士，并被选为院士会议评议会委员。1949年初，冯友兰辞去本兼各职，专任教授。1952年全国高校院系调整，他调至北京大学哲学系任教授，并兼任中国科学院哲学研究所中国哲学史组组长，还被选为中国科学院哲学社会科学部常务委员，还先后被选为第二、三、四、五、六届全国政协委员和四届全国人大代表。然而，在学术上，冯友兰却很不顺利。在刚刚解放的1950年，哲学界即展开了对他的批判。在解放初的思想改造运动中，以及后来的历次反右运动中，冯友兰都首当其冲。不但其思想被当作唯心主义的代表而屡遭批判，其人也被打成反动学术权威而成为批斗的重点对象，倍受折磨。直到1968年秋，毛泽东在一次讲话中提到：北大有个冯友兰，搞唯心主义，我们若要懂点唯心主义，还要找他；还有个翦伯赞，搞帝王将相，我们
