1945年
1月，再到重庆谈判。2月，回延安。4至6月，参加中国共产党第七次全国代表大会，在会上作《论统一战线》的发言，当选为中央委员。在七届一中全会上当选为中央政治局委员、书记处书记。仍任中央军委副主席。8月，日本宣布投降后，和毛泽东、王若飞代表中国共产党赴重庆同国民党进行和平谈判。10月10日，和王若飞代表中国共产党在《会谈纪要》上签字。
1946年
1月上旬，作为中国共产党代表同马歇尔、张群组成的三人委员会，通过谈判，达成停止军事冲突的协议。1月10日至31日，率中共代表团参加国民党在重庆召开的政治协商会议。5月3日，率中共代表团由重庆迁至南京。随后与军事三人小组其他两方人员赴湖北宣化店阻止国民党军队向中原解放区进攻，并同中原部队领导人研究、部署了突围方案。这期间，周恩来极力防止内战，争取实现国内和平，但国民党军队终于在6月26日大举进攻中原解放区，全面内战爆发。11月19日，周恩来率中共代表团返延安。12月，兼任中共中央城工部部长。
1947年
3月18日，和毛泽东等撤离延安，之后转战陕北，协助毛泽东指挥全国各战场的人民解放战争，同时领导国民党统治区的第二条战线斗争。8月，代理中央军委总参谋长。
1948年
4月下旬，到河北省建屏县西柏坡（今属平山县），协助毛泽东组织指挥辽沈、淮海、平津三大战役。
1949年
3月25日，和毛泽东等率中共中央机关进入北平。4月，率中共代表团同国民党政府代表团在北平谈判，提出《国内和平协定（最后修正案）》，南京国民党政府拒绝接受。21日，人民解放军强渡长江。6月，在新政治协商会议筹备会常务委员会上当选为新政协筹备会常务委员会副主任、《共同纲领》起草小组组长。9月，出席中国人民政治协商会议第一届全体会议，在会上作《关于〈中国人民政治协商会议共同纲领〉草案的起草经过和特点》的报告；当选为中国人民政治协商会议全国委员会委员、中央人民政府委员。10月，当选为第一届政协全国委员会副主席，被任命为政务院总理兼外交部长、中国人民革命军事委员会副主席。12月，指出中国经济建设要以农业为基础，以工业为领导。
1950年
1至2月，和毛泽东在莫斯科同苏联领导人会谈，签署《中苏友好同盟互助条约》。6月25日，朝鲜战争爆发。9月15日，美军在仁川登陆，准备越过“三八线”。30日，周恩来指出“不能听任帝国主义者对自己的邻人肆行侵略而置之不理”。10月上旬，美军越过“三八线”向朝中边境进犯。周恩来协助毛泽东组织和领导抗美援朝战争。
1951年——1960年
1951年
2月，周恩来、陈云等六人领导小组成立，组织领导第一个五年建设计划的编制工作。7月10日，朝鲜停战谈判开始，直接领导中国方面的谈判工作。12月，兼任中央转业委员会主任。
1952年
4月，作《我们的外交方针和任务》的报告，指出我国坚持和平的外交政策。8月，主持拟出《中国经济状况和五年建设的任务》，提出“全党的领导和工作重心转到经济建设方面”。
1953年
1月，任中华人民共和国宪法起草委员会委员、选举法起草委员会主席。12月，提出和平共处五项原则。
1954 年
2月，主持研究国家体委工作，提出要为保卫祖国、建设社会主义锻炼身体。4月，率中国代表团出席日内瓦会议。6月下旬，访问印度、缅甸，与两国总理分别发表联合声明，共同倡导以和平共处五项原则为处理国家关系的指导原则。7月，日内瓦会议达成印度支那停战协议。回国途中访问德意志民主共和国、波兰、苏联、蒙古。9月，在第一届全国人民代表大会上作《政府工作报告》，提出要在我国“建设起强大的现代化的工业、现代化的农业、现代化的交通运输业和现代化的国防”。在会上被任命为国务院总理，仍兼外交部部长。12月，当选为第二届政协全国委员会主席。
1955年
3月，主持国务院全体会议讨论西藏工作，指出要想方设法减轻西藏人民的负担，由国家给以财政补助。4月，率中国代表团抵印度尼西亚万隆参加亚非会议，在会上提出“求同存异”的方针，促进了会议的成功。会后访问了印度尼西亚，双方签订了《中国和印度尼西亚关于双重国籍问题的条约》。6月，在中国科学院学部成立大会上讲话。
1956年
1月，作《关于知识分子问题的报告》，指出知识分子是工人阶级的一部分。会后，主持制
