到了19世纪的下半叶，法国人巴斯德和德国人柯赫终于奠立了细菌学和免疫学的基础。特别是柯赫利用固体培养基可以分离出一个菌的纯培养。他将纯培养再注射于实验动物身上复制出同一疾病，最后由动物身上再分离出纯培养，这样就明确肯定了细菌的致病作用。

    在这些进展的基础上接着又研制出一系列特异性血清，用于诊断和防治疾病。到20世纪30～40年代又研制出磺胺药和抗生素。这些特异性血清和药物的惊人效果，也反过来更加证实了细菌致病的学说。

    在临床上，原发病因的消除并不意味着疾病的必然痊愈。继发的功能素乱和结构的病态改变可持续存在，甚至导致死亡。而且慢性疾病常是多因素作用的结果。近年来随着病理生理学的进展，许多病理生理状态引起了普遍重视，例如器官系统的功能衰竭，内环境的素乱，内分泌及代谢素乱和免疫系统障碍等。

    同一病况可来源于多种疾病，如肾功能衰竭就是多种肾脏病的共同结局。另一方面，同一疾病可并发多种病况，如革兰氏阴性杆苗败血症可同时并发休克、呼吸衰竭、肾功能衰竭和弥漫性血管内凝血。针对这些病理生理状态，目前已研究出种种特异性的对策和疗法。作为临床诊断单元，这些病理生理状态的重要性决不弱于上述的疾病，这说明我们对疾病的认识还有待于不断地深入。

    英语中，edicine一词，作医学解，也作药物解，特别是指植物药。几千年来，植物药一直是主要的治疗手段。许多植物药可能是古人在寻食的过程中偶然发现的。时至今日，植物仍是新药的重要来源，不过现在是结合成分提取和动物实验来定向筛选。

    与动物不同，植物在长期进化过程中，演化出数以万计的次生代谢产物，包括生物碱、黄酮和萜类。植物利用这些对自身生命活动无直接关系的产物的毒理作用来驱避食草的昆虫鸟兽，人们则利用它们的药理作用来医治人类疾病。

    采用药物作为治疗手段的这一部分医务工作一直被视为是医学的“正宗”，从业者在社会上地位较高，但也最受传统束缚，进步缓慢。采用手法操作作为治疗手段的医疗工作则长期被轻视，从业者社会地位低下，以至由理发、搓澡、修脚的手艺人兼事。

    手法操作治疗业务包括由放血、拔罐、导泻等简单操作，直到助产、拔牙、正骨、拔障(白内障)、取石(膀胱结石)等专业。这部分人的文化不高，为了谋生，技术不轻易传人，但一些有价值的医疗手段(如产钳)，也是他们创造出来的。

    18世纪时，防治疾病的有效方法还很缺乏。当时用的药物大都来自民间，有效的不多，而且大都是对症的，如吗啡镇痛、毛地黄缓解心力衰竭等。真正针对病因的药极少，如喹宁最初还只是当作一般退热药，后来才发现它能杀灭疟原虫。