由最高法院、宪法法院、高级法院、行政法院、上诉法院、重罪法庭、一审法院等机构组成。最高法院系终审法院，下设司法院和行政财务院。高级法院由国民议会议员组成，负责审理涉及国家元首和国家高级官员的诉讼案。一审法院为初审法院，同级的还有巴马科地区法院、商业法院、治安法院和劳动法院等。最高法院院长巴拉库·阿拉法·阿斯基亚·杜尔（Barakou Arafa Askia Touré），1999年10月就职。总检察长阿卜杜拉·马哈曼·海德拉（Abdallah Mahamane Hadara）。

独立后，马里政府召回在法国外籍军团中的本国青年，并以此为基础组建了马里武装部队。1961年１月20日马要求法撤走驻军，后将这一天定为建军节。实行义务兵、志愿兵和合同兵相结合的兵役制度，义务兵役期为２年。武装力量由陆军、空军、宪兵、警察、共和国卫队和民兵组成，总兵力约１.５万余人。其中陆军6900人，空军400人，海军50人，宪兵1800人，警察1000人，共和国卫队2000人，民兵3000人。总统是全国武装力量最高统帅。总参谋长特拉奥雷·赛义杜上校（TRAORE Seydou）。2004年军费预算为1.05亿美元。