白崇禧此举使蒋介石愤怒，蒋急电责问：“共匪势骞力竭，行将就歼，贵部违令开放通黔川要道，无异纵虎归山，数年努力，功败垂成。设竟因此而死灰复燃，永为党国祸害，甚至遗毒子孙，千秋万世，公论之谓何?中正之外，其谁信兄等与匪无私交耶?”白复电反驳：“职部仅兵十八九个团，而指定担任之防线达千余公里，实已超过职等负荷能力，孙子日：‘备左则右寡，备右则左寡，备前则后寡，无所不备则无所不寡。’竭十八九个团全力，不足挡彭匪德怀狼奔豕突之势也。钧座手握百万之众，保持重点于新宁、东安，不趁其疲惫未及喘息之际，一举而围歼于宁远、道县之间，反迟迟不前，抑又何意?得毋以桂为壑耶?虽然职部龙虎、永安一战，俘获七千余人(伪造的数字)，以较钧座竭全国赋税资源，带甲百万，旷时数年，又曾歼敌几许?但此不是与中央社同争短长也，据中央社露布，某日歼匪数千，某次押匪盈万。试加统计：朱毛应无孑遗，何以通过湘桂边境尚不下二十万众，岂朱毛诸妖术，所谓撒豆成兵乎?职实惶惑难解。”蒋介石置之不复，只严饬向贵州尾追勿得稍纵。白崇禧遂派廖磊的第七军在红军后卫董振堂五军团的后方，保持两日行程，徐徐跟进，沿途玩笑般地接受红军的“有劳桂军远送”的标语表扬，而且到独山都匀后，不再前进。蒋介石坐镇贵阳，急电廖磊星夜兼程前进。廖则复称：“容请示白副总司令允许，才能前进。”蒋叹气说：“这真是外国的军队了。”

    1936年6月1日，白崇禧和广东陈济棠打著「抗日救国军”的旗号联合出兵湖南，企图争夺南京政权。白、李任抗日救国军第一军团副总司令，陈任总司令。此举因广东空军投蒋而于7日失败。25日，国民政府任命白崇禧为浙江省主席，白了解其目的在将他调离广西而拒未接受。盾经黄绍竑、程潜的调解，消除了白、蒋分歧，桂军改编为第五路军，以李、白为正副总指挥。

    1937年8月2日，蒋介石电告白崇禧入南京共商抗战大计。白与李宗仁、黄旭初、李品仙等人商量，众人皆反对其入京，唯恐莫测。他回家与妻马佩璋商量，马要他自己决定，遂决定应召入京。4日下午，他乘蒋派辨接的座机直飞南京。当晚蒋在军官学校召见并设宴招待他。不久，被任命为副参谋总长(何应钦为总长)兼任军训部长，参与制订抗战计划，提出了对日作战指导原则：第一，战争指导方针。以维护国家独立、主权完整，争取民族自由、生存，建立三民主义富强康乐之国家为目的。对日之凌辱一再忍让，原望争取时间，俾积极建设国防，充实军备，增进国力。待和平绝望之时，举全国力量对敌进行持久消耗战。口号是：奋斗到底，以求最后胜利。第二，备战现期之指导大纲。对日战事必须有充分之准备而行之。对日之挑衅，一本委员长之指示“和平未至绝望，绝不放弃和平，牺牲未至最后关头，绝不轻言牺牲”作为基本国策，委曲求全，以求宕延战争爆发之时间，以便于备战时期增进国力，整编国军，整理交通通讯，开发资源发展军需工业，实行征兵制度，策定整军五年计划。第三，军事。整顿军事教育，举办庐山训练班，提高军队素质，促进精诚团结，增进国军战力。备战未完成以前，对敌之挑衅，务求限于地方性，以免爆发全面战事。第四，政治。全力贯彻攘外必先安内之主张，先肃清国内之动乱，绥靖地方，安抚边疆，然后一致攘外。第五，外交。向世界各国揭发日本征服世界必先征服中国之阻谋，提醒英美之警觉，使全世界皆知日本是破坏集体安全之祸首，期借此获得国际对我之同情与支援。第六，财政。稳定金融以利我战事之进行，宣布法币政策，对战时所需之财力、物力、粮食、日用品，以及军需等物品，谋求自给自足。

    淞沪抗战时，白以副总参谋长身份到前线视察战况。因冯玉祥不亲临前线指挥，他向蒋建议，把冯调离负责淞沪作战的第三战区司令长官职，任其为黄河以北、山东北部、河北等地新辟的第六战区司令长官，被蒋采纳。