正是怀着这样一份赤子之心，在中国从计划经济向市场经济转型的这个特殊而复杂的时期里，吴敬琏不畏艰辛、挫折、争论、强权、打击，追求真理。回首改革20年里学术界的各种争论，诸如：计划与市场；整体改革论与企业主线论；通货膨胀有害与有益论；泡沫经济有害与有益；腐败问题；现代企业制度等等，我们可以看到非常难能可贵的是，吴敬琏的思想主张一以贯之，逐渐进步。在很多重要的改革和经济形势关头，他的思想和主张不被人们接受和理解，但事实证明他往往是正确的。这个正确来自于他高度的责任心、使命感和艰苦的学习和工作。他从不沾沾自喜于自己的“英明”，而是为改革丧失了一次机会，为经济多走弯路而无限挽惜。无论经历怎样的挫折，他始终如一地、热情地、尽职尽责地参与各个时期中国改革的理论讨论和方案设计工作，对中国政府确立市场经济改革目标和有关方针政策给予了重要影响：

     ——1984年7月参加由马洪领衔的《关于社会主义商品经济的再思考》[1]的意见书的写作。这份意见书为商品经济平反，为十二届三中全会确定商品经济改革目标作了舆论准备。

     ——1986年4-6月在担任国务院经济改革方案办公室副主任期间，领导起草了我国经济体制配套改革的第一个框架性方案。这个方案经修改补充后在1986年8月得到中共中央财经领导小组的批准。虽然它因故未能执行，但开了改革设计的先河，并为1994年的改革作了准备。

     ——1992年4月向中共中央提出将建立社会主义市场经济确立为我国经济改革的目标。这一建议为当年10月召开的中共十四大所采纳[2]。

     ——1992-93年期间，以吴敬琏为首的“中国经济改革的整体设计”课题组经过深入研究提出的《对近中期经济体制改革的一个整体性设计》，以及财政税收、金融、外汇管理、国有企业、社会保障和市场体系等方面改革的方案，为中共十四届三中全会制定《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》提供了重要参考[3]。

     ——1997年5月，领导国务院发展研究中心的课题组向党中央提出的“实现国有经济的战略性改组”研究报告和由他自己署名的“把社会主义理论创新提高到一个新水平—关于社会主义的再定义问题”研究报告，为十五大的理论创新和政策突破作了准备[4]。

     ——面对大量国有企业职工下岗的严峻形势，他在1998年4月提出，应当把帮助和支持中小企业的发展确定为中国的大战略。他的这个倡议得到朝野有识之士的响应，使中小企业大发展的热潮逐渐兴起。[5]

     ——1999年负责国务院发展中心国有企业改革与发展课题，为十五届四中全会提供了一系列重要建议，关于如何执行“有进有退”的方针、现代公司必须建立有效的公司治理结构等重要思想被写入四中全会《决定》。[6]

除了在体制模式上提出重要意见，在一些关系全局的重大政策问题上，他也采取了对人民负责的态度，坦率地提出自己的意见。例如：

 ----1995年10月，吴敬琏去香港参加学术会议期间，得知香港和内地都有一些人主张中央政府采取支持性政策，帮助香港房地产市场和股票市场价格回升。回到北京以后，他上书党和国家领导人，指出虽然1995年初以来香港房地产市场和股票市场价格下降，但泡沫成份并未完全消除，如果在大陆的参与下将它重新“托”起来，97年香港回归后中央政府很可能处于泡沫破灭、处置帷艰的处境。虽然吴敬琏的意见没有引起有关部门的足够重视,但他自认为总算尽到了经济学家的一份责任。

 ----关于农产品购销体制是近年来争论不少、也颇为敏感的问题。吴敬琏深以现状为忧，并且在1998和1999年期间向政府有关领导人和领导部门坦率地陈述过自己的意见。他主张农产品购销体制改革的基本方向是要发挥市场调节的基础作用。一方面建立国家粮食专储体系，负责对战略性储备进行吞吐调节；另一方面，放开其余部分的粮食购销，国有粮食企业不再承担政策性任务，也不再具有垄断地位。可以在市场化的目标下，逐步过渡[7]。

除了以学者的身份发表学术观点和政策建议，吴敬琏和荣敬本、赵人伟等人一道，在1985年创办了《经济社会体制比较》杂志。他从一开始就担任执行主编，直到1992年，接受蒋一苇先生临终嘱托担任《改革》杂志主编后，才从《比较》杂志的日常编务工作中退出。认真是吴敬琏最突出的品格。作为杂志主编，他总是亲自组稿、审稿，甚至和作者一同进行采访和作文字推敲。既把握杂志的总体取向，又保证稿件质量。在吴敬琏和他的同伴们的辛勤耕耘下，这二本杂志都办出了自己的风格。它们由于所具有的前瞻性、大信息量和敏锐的问题意识而成为享誉国内外的杂志。

此外，作为中国社会科学院研究生院教授，吴敬琏精心培养了一批又一批硕士、博士。对每一届新生，他都帮助他们选择所修课程。如果觉得自己在哪个领域力不从心或是有比自己高明的人，便力荐学生去求教，想方设法为学生们打好扎实的理论基础。他告诫他们不要为当前社会上的浮躁所染，为名利所惑，不要急于求成，而要踏踏实实地学习，掌握真本事，来报效国家。他时常为学生们提

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