据说慈禧太后临死前不久，神志仍然十分清醒。曾接受军机大臣张之洞的建议，连发几道上谕。立摄政王载沣之子傅仪著入承大统为嗣皇帝。封醇亲王载沣为摄政王。当天，慈禧太后便开始发病。 第二天，光绪皇帝便于酉刻崩于瀛台之涵元殿。慈禧太后便又下谕：“溥仪承继毅皇帝为嗣，並兼承大行皇帝祧”，由于“嗣皇帝尚在冲龄，正宜专心典学，著摄政王载沣为监国。所有军国政事悉秉予之训示，裁度施行。” 谕旨发出去不久慈禧太后便归天了。由于她和光绪皇帝的死期如此相近，光绪死前后慈禧又作了关于储君的安排。

    所以人们便开始怀疑光绪皇帝先于慈禧太后一天猝死并不是历史的巧合。而是慈禧在临死之前，自知自己将要不行了，害怕光绪帝在她死会重掌朝政。于是，便令下诏安排好嗣君后，派人将光绪帝害死。在恽毓鼎的《崇陵传信录》以及徐珂编写的《清稗类钞》中就是持这种观点。光绪皇帝从小就在慈禧的淫威下长大。据《满清野史记载》：光绪虽然是九五之尊，但整天吃的也是一些“久熟干冷”的馔品，有些食物甚至都“半已腐臭。”有时候光绪皇帝想要御膳房换一些可口的饭菜，慈禧就“辄以俭德责之”。光绪长大之后，也没有什么自由，虽然名义上是个皇帝，但实际上朝政都把持在慈禧太后的手中，自己根本不能做主。甲午战争之后，光绪皇帝在亲信大臣的支持下具有了一定了实力，于是宫廷之中便出现了所谓的“帝党”和“后党”之争。戊戌变法时期，两党之间的矛盾达到了白热化的程度。后来，慈禧太后发动政变，囚禁了光绪皇帝，罢黜了支持光绪皇帝的官员。自己重新独揽起朝廷大权。此后，慈禧太后一度想废掉被囚的光绪皇帝，连继位的人选都选好了，只因为外国人不支持。慈禧太后怕引起外国干涉才将此事作罢。但对被囚禁的光绪皇帝她则是百般凌辱折磨，致使光绪的健康状况极度恶化。

    1908年，慈禧太后病倒，据说光绪皇帝听说了慈禧的病讯之后，还曾面露喜色。这件事情很快传到了慈禧的耳朵中，慈禧害怕自己一死，光绪就会掌权报复自己，于是便想办法害死了他。至于，慈禧到底是如何害死光绪的，历来有两种说法。一种是著名的历史学家启功所说。说慈禧用下了毒的酸奶毒死了光绪。据启功先生说，他的曾祖当时为礼部尚书时。作为主管礼仪、祭祀之事的最高官员，在西太后临终前他要昼夜守候在她下榻的乐寿堂外。西太后得的是痢疾，所以从病危到弥留的时间拉得比较长。就在宣布西太后临死前，启功先生的曾祖父看见一个太监端着一个盖碗从乐寿堂出来。出于职责，他就问这个太监端的是什么，太监回答说：“是老佛爷赏给万岁爷的塌喇。”“塌喇”在满语中的酸奶的意思。光绪在中南海的瀛台，之前也从没听说过他有什么急症大病。但送后不久，隆裕皇后的太监小德张就向太医院宣布光绪皇帝驾崩的讯息。随后，这边就传出慈禧太后去世的消息。由此，后人推测，一定是慈禧太后命人在那碗“塌喇”里下了毒，毒死了光绪。此外据一位名叫屈桂庭的医生说，他过去曾亲自为光绪帝治过病。他说在光绪三十四年十月十八日最后一次进宫为光绪帝诊病时，发现光绪帝本已逐渐好转的病情却突然恶化，在床上乱滚，大叫肚痛。三天之后，光绪帝就去世了。这就更加证明了光绪有可能使被慈禧太后等人毒死的。