总统保障司法独立，最高司法委员会协助总统工作，该委员会主席由总统兼任。设最高法院、最高司法法院、高等宪法法院。最高法院包括终审法院、国务委员会和审计法院。首席院长和总检察长是最高法院的首长。现任首席院长夏尔·拉拉贝图库塔尼（Charles Rabétokotany），总检察长埃德松·贝尔特利埃· 拉维隆萨拉玛（Edson Berthelier Ravelontsalama）。最高司法法院由最高法院首席院长、2名终审法庭庭长、2名上诉法院院长、2名国名议会议员、2名参议员组成。高等宪法法院由9名成员组成，任期7年，不得连任。其中3名成员由总统任命，2名由国民议会任命，2名由参议院任命，2名由最高司法委员会选举产生，高宪院院长由总统任命。本届高等宪法法院于2002年7月23日改组后组成，院长为让·米歇尔·拉乔纳利武尼（Jean Michel Rajaonarivony）。

独立后组建人民军。拉齐拉卡执政后将国防军和国家宪兵合并，重组人民军。总统为军队最高统帅，国防部长佩特拉·贝哈贾纳少将（Général de Division Petera Behajaina）。国防部为军事行政机构。全国设６个军区。实行义务兵役制，服役期约18个月。正规军总兵力2.16万人。其中陆军1.25万人，主要装备有坦克12辆、装甲车100辆以及各种火炮102门；海军500人，其中包括1个海军陆战连，装备有1艘巡逻艇和1艘两栖舰艇；空军500人，装备有各种飞机40余架，其中作战飞机12架、直升机6架；宪兵8100人。