设有宪法特别法院、上诉法院、高级法院、地方法院以及检察院、司法人员委员会和常设调查委员会。桑给巴尔岛和奔巴岛各设一伊斯兰教法庭，处理违反伊斯兰教义案件。大法官伯纳巴斯·萨马塔（Barnabas Samatta），总检察长约翰逊·波罗·姆万尼卡（Johnson Paulo Mwanyika）。桑给巴尔独立行使司法权，但上诉案件由联合共和国上诉法院审理。桑大法官哈米德·马哈姆德·哈米德（Hamid Mahamoud Hamid），总检察长伊迪·潘杜·哈桑（Iddi Pandu Hassan）。

武装力量由人民国防军、警察部队、国民服务队和民兵组成。总统兼任武装力量总司令，最高军事决策机构和指挥机构分别为国防与安全委员会和国防军总部。国防军建于1964年，2005年总兵力2.7万，其中陆军2.3万，海军1000人，空军3000人。国防军司令瓦伊塔拉(Gen.George M. Waitara)上将。警察部队隶属内政部，共3万人。国民服务队建于1963年，受国防部和国防军总部双重领导，共4000人。民兵部队建于1966年，隶属国防军总部，共8万人。2003年度国防开支预算1.31亿美元。