1990年改行多党制。1991年“政党法”正式生效。“政党法”规定，各党派必须遵循维护国家统一、发扬爱国主义精神和巩固莫桑比克民主三项原则，强调各政党必须具有全国性质，不得以个别地区、部落、宗教为基础；必须有利于国家的和平与稳定，不得谋求通过暴力改变国家的政治与社会秩序；不得搞分裂主义；每省至少有100名党员方能登记，其总部必须设在首都。全国有20多个合法政党。(1)莫桑比克解放阵线党（Partido Frelimo），简称解阵党。执政党，1962年6月25日成立。原名莫桑比克解放阵线，1977年2月改为现名。党员110多万人（1995年），1977年解阵党“三大”确定为“马列主义先锋党”。1989年“五大”改为“全民党”。该党主张“尊重人权，维护和平与进步，缩小国内社会和地区差别，更加公平地分配财富”，目标是“建立以民主社会主义、平等、自由和团结为基础的莫桑比克社会”。2002年解阵党举行“八大”，审议并通过新党章、党纲，选出了新一届中央领导机构，希萨诺蝉联党主席，格布扎当选总书记。2004年12月解阵党赢得莫第三次议会和总统选举，格布扎当选总统。2005年3月，解阵党第八届中央委员会第四次会议接受希萨诺辞去党主席职务，选举格布扎为新主席，格仍兼任总书记。(2)莫桑比克全国抵抗运动（Renamo），简称抵运。系莫第二大党，主要反对党。1976年初成立，其后长期从事反政府武装活动，曾拥有部队一万余人。其主要目标是“建立一个以自由选举为基础的由全体莫桑比克人民参加的民主政权”。1994年，抵运正式宣布由军事组织转变为政党。同年被批准为合法政党。在1994年10月举行的首次多党大选中，该党获得37.78%的选票，在议会中占112席，成为莫第二大党。在1999年12月举行的第二次多党大选中，由该党联合其他10个较小的反对党组成的“抵运―选举联盟”获得38.81%的选票，在议会中占117席。2001年10月，抵运“四大”通过了新的党章和党纲。主席阿丰索·德拉卡马（Afonso Dhlakama）。总书记维亚纳·马加良埃斯（Viana Magalhaes）。较有影响的政党还有和平、民主与发展党（PDD）、民主联盟(UD)和工党（PT）。

设有最高法院及省、县、区级法院及共和国检察院。最高法院院长马里奥·曼加泽（Mario Mangaze）。总检察长若阿金·马德拉(Joaquim Madeira)。