共分为三个自治岛（不含马约特），各岛由行政长官领导。岛下设县、乡、村，全国共有15个县、24个乡。三个岛为大科摩罗岛（7个县）、昂儒昂岛（5个县）和莫埃利岛（3个县）。马约特岛目前仍被法国占领。

科摩罗宪法规定，实行联邦制，各岛自治。总统是国家元首和武装部队最高统帅，由直接选举产生，可连选连任两届；任何政党都不能单独组阁，必须组成多党联合政府；总统主持内阁会议，任命全国主要官员，在征得总理、议长同意的情况下，可解散议会；总理是政府首脑，总统在联邦议会占多数席位的党内任命总理，并根据总理的提议任命部长；政府对议会负责。联邦议会是共和国最高立法机构。

是联合国宣布的世界最不发达国家之一。经济以农业为主，工业基础脆弱，严重依赖外援。1991年５月与世界银行、国际货币基金组织签订“结构调整计划”。1995年双方有关“巩固结构调整计划”的谈判陷入僵局，国际金融机构基本冻结对科援助。1997年２月双方签订“财政监督协议”。同年昂儒昂岛闹独立危机使科政局动荡，经济发展受到严重影响。2000年初，世界银行、国际货币基金组织同意解冻以前对科援款，但未见落实。2003年12月科各方签署的《科摩罗过渡措施协议》中规定实行过渡预算制，导致各岛与联邦政府财政纠纷，国际金融机构则表示须待科民族和解进程完成后才能提供财援，致使科国库空虚，拖欠国家公务员工资情况严重。2005年，科主要经济作物香料价格继续走低，国家财政收入续减，经济困难加重。