科联盟宪法规定，联盟总统在高级司法委员会协助下保证司法独立。最高法院是联盟和各岛的司法、行政和财政等问题的最高审判机关，法官终身任职。宪法法院审查联盟及各岛法律的合宪性，确认选举结果，审判选举争议，裁决联盟机构之间、联盟与各岛间有关权限问题的争议，共7名成员，联盟总统、副总统、国民议会议长及各岛行政长官各指定一名宪法法院法官。宪法法院院长由宪法法院法官选出，任期6年，可连任。本届宪法法院成立于2004年9月，院长为昂儒昂岛人阿布达拉赫·穆罕默德·苏莱特（Abdallah Mohamed Sourette）。

科武装力量由军队、宪兵、警察和情报机构四部分组成。其中军队于1990年12月由武装部队和原总统卫队合并而成。2000年总兵力约520人，编制为指挥和支援连、两个战斗连和总统安全分队。上述兵力均在大科岛，昂儒昂和莫埃利岛各设一支分队。实行自愿兵役制，军官、士官从高中毕业生中招收，服役年限根据需要而定。士兵不定期招收，无严格的年龄限制，一般服役15年。总统为军队最高统帅，总统府国防国务代表（相当于国防部长）和参谋长负责实际工作。1999年4月，阿扎利上台后将军队更名为科摩罗国家发展军。法国与科签有“防御协定”，负责科海、空防务，其军舰定期在科海域巡逻。法在马约特岛设有海军基地和驻军司令部。