11世纪十字军东征，城市发展，商业旅行等扩大了欧洲人的眼界，也刺激了科学知识的发展，11～13世纪，欧洲许多城市建立了大学。其中最有名的医学院属萨列诺和帕多瓦两所大学，它们受经院哲学影响最小，在欧洲中世纪起了进步作用。

    在中世纪，大学的主要学科为经院哲学，它的基本内容为解释或论证《圣经》的真实性。当时学医主要学习希波克拉底、加伦和阿维森纳的著作，死记权威著作上的教条而轻视实践，故步自封，医学上的进步很小。

    此外，欧洲中世纪流行病传播猖撅，其中以鼠疫、麻风、和后来的梅毒为最盛。麻风在13世纪最为猖撅，在欧洲平均每400人就有一患者，后经严格隔离才停止蔓延，这也促进了欧洲医院的设立。

    7～8世纪，许多国家和地区，如叙利亚、埃及、小亚细亚、北非，和比利牛斯半岛都归属于封建的伊斯兰教强国，即所谓“阿拉伯哈利发王国”。阿拉伯继承了古希腊罗马的文化，同时与东方商业交通频繁，又吸收了印度和中国的文化。因此，它起到沟通欧亚各民族文化的作用。希腊文和拉丁文的哲学、科学及医药学方面的主要著作，都被译成阿拉伯文。阿拉伯在天文、数学、化学、农业、建筑、医学各方面都有很大的成就。

    阿拉伯医学指使用阿拉伯语言区域的传统医学。公元8～12世纪这个地区的医学很发达。阿拉伯在化学、药物学和制备药物的技艺方面很有成就。当时的化学即所谓“炼金术”。炼金术的目的有两个：一为变贱金属为贵金属；二为炼制长生不老之药。

    炼金术的目的虽然荒诞无稽，但无数次的试验，建立了一些化学的基本原则，发现了许多对人类有用的物质和医疗上有用的化合物，还设计并改进了很多实验操作方法，如蒸馏、升华、结晶、过滤等。这些都大大丰富了药物制剂的方法，并促进了药房事业的发展。

    阿维森纳是中世纪伟大的医生，在世界医史上也是杰出的医生之一，他同时也是著名的百科全书编纂家和思想家。他最著名的医学著作是《医典》，曾多次译成拉丁文，在很长一段时间内《医典》是研读医学的必读指南书。

    在治疗方面，阿维森纳很重视药物治疗，在《医典》内他用很大的篇幅讨论了药物治疗问题。他不但采用了希腊、印度的药物，还收载了中国产的药物。他还采用了泥疗、水疗、日光疗法和空气疗法。在诊断方面，他很注意切脉，他将脉搏区别为48种。通过阿拉伯，中国的医学也传入了西方。