授衔以后，在担任作训部副部长和国防部副部长的日子里，萧克又因军事条例正规化的问题和上司彭德怀顶上了，萧克本人曾给国防部彭德怀写了封信，为军事科学院喊冤，又说学习苏联条例坚持正规化是必要的。萧克然后又在作训部开会批判彭总的亲信张宗逊上将，结果萧克的这些举动就被主席点名了，一句话；“萧克这个人在历史上一贯不正派。”这之后就轮到黄克诚代表彭总整萧克了。萧克这人还挺硬气，整他他也不服软，气的黄克诚就说：“要多开几个会，深入讨论下”。批判完毕，萧克下放被迫离开军队到农垦部当副部长，属于有待遇有车有房就是没权的闲差一类。

　　过了一年，彭总也倒了，据说挺后悔整萧克的，叫人递话过去让萧克别放在心上，萧克晚年在回忆录里对整张宗逊也表示了悔意。这不整来整去谁也没捞到好。

　　等到文革开始，本来就靠边站的萧上将又靠的更边了，估计将来萧上将死后悼词里不会有甚么和林彪四人帮一伙进行坚决斗争类的词，因为萧上将这个台下的早，那时候怎么也轮不到他和林彪，四人帮去火线斗争，其实，萧上将在回忆录里也提到自己在1959年后曾觉的林彪的一些提法不妥，可自己没勇气去说，以萧克对毛主席一贯的态度来看，这大约还是可信的。

　　文革后，萧克再次出山，72年做了军政大学校长，之后是一届军事科学院的院长，谁都知道这些地方就是给高干的养老院。算是荣誉退休。回头看看萧克的老政委搭子王震，同是上将，这风光就不能同日而语了，王震文革时都没倒掉，中央委员照做，文革后凭着和小平的关系，不但政治局进去了，还担任了一届国家副主席,后又去人大当了阵副委员长，以后到中顾委做了副主任，这立场可不是一般的正确。比起来，萧上将虽然没有以上的光圈，最后还戴了顶个中央顾问委员会常委的荣誉虚衔，总也算是聊胜于无了。

　　萧克将军退休后喜欢写传记文学，和军史研究。以后还但任了八路军系列从书的编辑工作，萧克的名言：“历史就是历史，不能人为地歪曲事实。真理只有一个，是不能以某种‘政治上的需要’来改变的。有些同志喜欢锦上添花，或落井下石，甚至制造材料，歪曲事实。这不是唯物主义的态度”，研究历史要“不唯上，不唯亲，不唯权势。”

　　当然萧上将还有比别的位都高明的地方那就是能活，这显然是和他乐观霍达的人生态度显然分不开。到现在，能称的上是红军时期我军高级将领的就剩下97岁的萧上将一个了，仅从这点上讲，萧上将已经跨过了所有同时代的人。