在经济方面，李宗仁接过来的也是一个完全崩溃的乱摊子。原国库里的全部银元、黄金、美钞，蒋介石早已密令运往台湾。为了维持军政开支，李宗仁曾命行政院饬财政部从台湾运回一部分银元、金钞备用，但负保存责任的陈诚，奉蒋暗示，竟充耳不闻，无言抗命。这样，李宗仁主持的国民政府便大量印发原已一文不值的“金元卷”，致使币价贬值一日千里，金融市场完全崩溃。

    面对这种情况，李宗仁在南京与黄绍竑、黄旭初等会晤。他说当前的处境，主要是溪口操纵，广州背弃，府院分裂，一筹莫展。2月8日，他派黄旭初携函前往广州，访问孙科、吴铁城。孙表示：初到此地，布置未妥，一时不能即返南京。12日，他又请监察院院长于右任、立法院院长童冠贤飞往广州，劝行政院返京办公。次日，于、童返京复命，未能完成任务。14日，他命令内阁回京，孙科称病不应。20日，李宗仁突飞广州，向孙科伸出合作之手。次日，由吴铁城主持，举行联席会议，就“和谈”问题交换了意见。孙科在报告国民党中央委员会对这个问题的意见时说，此事已经研究多次，大家一致认为：一、应在平等地位上进行和谈，中共不能以战胜者自居。二、依照国际准则，内战不存在著「战犯问题”。三、对政治体制的谈判，不外下列范围：(一)联合政府形式；(二)邦联或联邦政府形式；(三)隔江分治形式。并说，后两个方案“如果能够尽善尽美，都可以招致长治久安之局”。李宗仁原来就是主张“隔江分治”的，因此对孙科提出的观点，“有了深刻的印象”。这样，孙科于28日就回到了南京。

    这时，李宗仁又打算“致力促蒋出国”。在这之前，张治中与司徒雷登在南京有过多次接触。他们都感到“蒋在溪口操纵一切，实为南京政府进行和谈的障碍”，主张“劝蒋出国一行，以便李宗仁得以集中政府权力，推行其企求和平的政策”。后来，张治中和李宗仁商讨过此事，都表示同意。因此，3月3口，张治中和吴忠信乘飞机抵奉化，来到溪口。蒋介石同他们寒喧几句后，就气急败坏地说：“你们是来劝我出国的，报纸已经登出来了。他们迫我下野是可以的，要迫我亡命就不可以。下野后，我是个普通国民，哪里都可以自由居住，何况这里是我的家乡!”几句话就把张、吴的口封住了。

    李宗仁看到促蒋出国不成，便著手改组内阁。正好这时，孙科因“敝誊”蓝妮的颜料案问题提出辞职。李宗仁与白崇禧等商讨后，推举何应钦为行政院长组阁。何于23日就职，第二天，召集行政院政务会议，重新指定张治中、邵力子、黄绍竑等为和谈代表，并推张治中为首席代表，成立代表团。4月1日，代表团飞抵北平，住在六国饭店。当晚，中共中央副主席、和谈代表团首席代表周恩来设宴招待。随后，张治中等一面与李济深等接触，一面与林伯渠、叶剑英、聂荣臻、李维汉等联系及访谈，主要就战犯问题和渡江问题，一再交换意见。但是，李宗仁的主观愿望，还是坚持解放军不渡江，让南京政府盘踞半壁江山，徐图后计。这样，不得不将正式和淡时间推延。直到13日晚9时，才在中南海勤政殿正式举行了第一次和谈会议。中共首席代表周恩来提出了《国内和平协定》。黄绍竑将《协定》最后修改案带回南京后，李宗仁在备战和谈的第二次会议上作了悲愤激昂的讲话。他告诉黄绍竑说：“你回北平告诉张文白，叫他向中共代表团力争，取消逮捕战犯这一条，我愿意以国民政府代总统的身份到北平去负荆请罪；内战罪责，由我一人承担，但不要再追究国民政府所属的军政人员过去的罪过。其他各条款，我们都愿承认，并认真执行……”但当时白崇禧已作出“只要中共坚持渡江便不能接纳和议”的决定。这对李宗仁又是一个制约，他不可能批准代表团在《协定》上签字。