但是，形势发展到1992年底起了很大的变化。李登辉为了巩固自己的权力，利用第二届“立法院”开议前，从党内外打击“行政院长”郝柏村，迫使他于1993年2月辞去“行政院长”职务。同年8月“十四全”，李登辉采取各级党籍“民意代表”为当然“党代表”；420名中央委员选举有一半由主席提名候选人，31名中常委选举时，有15名由主席以职务功能硬性指派决定等措施，李在党代表中已掌握了2/3以上的多数，在党籍“民意代表”中也垄断了近三分之二的票源；而“非主流派”则处于绝对的少数地位。这样，在1994年5月至8月召开的二届“国大”第四次临时会上，进行了第三阶段的“修宪”，“总统”的地位和职权发生如下的变动；一是确定“总统”、“副总统”由“中华民国”自由地区全体人民“直接选举”的“总统直选”的原则，自1996年起实行；其次是“总统发布依宪法经国民大会或立法院同意任命人员之任免令，无须行政院院长副署”，剥夺了“行政院长”的副署权。根据“国大”二届三次会议于1997年7月18日通过的“宪法增修条文”规定，“总统”有权解散“立法院”。自此，李登辉通过“宪政改革”，在“总统选举方式”和“总统权限”等方面对原“宪法”作了较大的调整，建立起以“总统”为轴心的政治体制，使其由“内阁制”实质上向“总统制”转变。