原“宪法”中规定“总统”为“国家元首”，又规定“行政院”为最高行政机关，“行政院长”对“立法院”负责等，实行的是“双重行政首长制”或“总统内阁混合制”。在蒋氏父子时代，大权独揽，显不出“府、院”矛盾，李登辉就任“总统”后，不论是俞国华、李焕还是军人出身的郝柏村任“行政院长”，因各自代表的利益不同，在对大陆政策、民进党和“统”、“独”问题等重大问题上都出现“府”“院”意见相左的现象，互相掣时肘，时有冲突。“李郝体制”时矛盾尤显得突出。李登辉“总统”深感他在党、政、军各层面推行政策时党遇到阻力。于是，在他担任“总统”不久，于1990年6月开始推行由他主导的“宪政改革”。而“宪政改革”中一重要内容就是：改“总统”由“国民大会”间接选举为“由自由地区全体选民选举”的直选。在他看来，只有透过“公民直选”产生的“总统”，才是具有实权的“总统”，而这样的实权“总统”才能对党、政、军各层面的政治问题进行各种改革。他的目的是要改“内阁制”为“总统制”。“宪政改革”正是沿着这一想法进行的。但国民党“非主流派”担心通过“公民直选”产生的“强势总统”，会削弱“行政院长”的权力，故极力反对改变“总统”选举方式。民进党则企图把改变“总统”选举方式作为实现其政治目的的一种手段，极力主张“总统”直选。因此，“总统”选举方式，以及“总统制”还是“内阁制”就成为“宪政”中“两党三方”争论最激烈的焦点。

　　1990年6月底，李登辉召开“国是会议”。会上，民进党事选通过秘密管道，同李登辉多次沟通，了解到李赞成“总统直选”，达成了“总统”应由全体公民选举的共识。此事一公开，引起哗然，国民党大多数代表，包括一些“主流派”核心人物也不知内情，有被捉弄之感。经过争论和妥协，最后“总统民选”还是被列入会议共识，具体选举方式另议。

　　随着二届“国大”进行“实质修宪”的临近，国民党内两派围绕“总统”选举方式的斗争愈演愈烈。1992年3月7日，李登辉以国民党主席身份邀集党内高层人士召开“宪改”讨论会。经过长达6个小时的激烈竞争，针对“总统”选举方式问题，与会人士中有7人主张“公民直选”，他们中有国民党中央秘书长宋楚瑜、“总统府秘书长”蒋彦士、“监察院长”黄尊秋和“司法院长”林洋港等人。李焕、邱创焕、沈昌焕、谢东闵、李国鼎和蒋纬国等人则坚持“委任直选”，郝柏村持保留态度。3月9日，国民党召开临时中常会，针对“总统”选举方式议题，又经过长达7小时半的激烈争论，结果是14人主张“公民直选”，10人主张“委任直选”。因两种意见僵持不下，由李登辉裁示将两案并列提报国民党“三中全会”讨论。3月14日至16日，国民党举行“十三届三中会全”，中心议题是“宪政改革”。会上出现了“国民党迁台以来最激烈的斗争”，当由李元簇为召集人的“宪改策划小组”即将就“总统”选举方式定为“委任直选”之际，一直保持“超然”的李登辉，忽然根据他对“民意”的“体认”，透露出支持“公民直选”的讯息，但因不便直接介入，而转采迂回由外围进入党的核心的做法，不料此招引起轩然大波，反弹与质疑声浪的强烈是李登辉所始终未及的。在必须作出“二者择其一”时，李登辉只好一再“指示”寻求新的折衷方案，最后以“总统选举应以民意趋向审慎研究”避免了“国民党迁台40多年来最严重的一次分裂危机”。3月18日，国民党籍支持“总统直选”的“国代”与民进党、无党籍“国代”共组“全民总统直选联盟”，以期在“国大”临时会上推动“公民直选案”。3月20日，二届“国大”第一次临时会召开，进行第二阶段“实质修宪”。会上“总统”选举方式和“国大”定位是争论最多、最激烈的问题。由于国民党内两派对立，互不相让，最后大会通过“总统”不再由“国代”选举，改由“台湾全体人民选举”产生的妥协原则，究竟采取“公民直选”，还是“委任直选”待本届“总统”任期满前，再召开“国大”临时会决定。

　　但是，形势发展到1992年底起了很大的变化。李登辉为了巩固自己的权力，利用第二届“立法院”开议前，从党内外打击“行政院长”郝柏村，迫使他于1993年2月辞去“行政院长”职务。同年8月“十四全”，李登辉采取各级党籍“民意代表”为当然“党代表”；420名中央委员选举有一半由主席提名候选人，31名中常委选举时，有15名由主席以职务功能硬性指派决定等措施，李在党代表中已掌握了2/3以上的多数，在党籍“民意代表”中也垄断了近三分之二的票源；而“非主流派”则处于绝对的少数地位。这样，在1994年5月至8月召开的二届“国大”第四次临时会上，进行了第三阶段的“修宪”，“总统”的地位和职权发生如下的变动；一是确定“总统”、“副总统”由“中华民国”自由地区全体人民“直接选举”的“总统直选”的原则，自1996年起实行；其次是“总统发布依宪法经国民大会或立法院同意任命人员之任免令，无须行政院院长副署”，剥夺了“行政院长”的副署权。根据“国大”二届三次会议于1997年7月18日通过的“宪法增修条文”规定，“总统”有权解散“立法院”。自此，李登辉通过“宪政改革”，在“总统选举方式”和“总统权限”等方面对原“宪法”作了较大的调整，建立起以“总统”为轴心的政治体制，使其由“内阁制”实质上向“总统制”转变。