1812年，英国人入侵焚烧了国会图书馆。杰弗逊将自己价值5万美元的藏书，以23500美元的低价卖给国会，偿还了将近一半的债务。尽管手头拮据，他却从1816年起，以全部身心投入筹建弗吉尼亚大学的运作之中。在他的积极游说之下，州议会批准每年支付15000美元以资办学。杰弗逊到处募捐用于建校。1825年3月7日，大学开学，尽管只有30名学生。杰弗逊终于因为贫困兼之过度劳累而病倒，当杰弗逊经济极其困难的消息传开之后，美国各地为之捐款16000美元，但这并不足以偿还他的债务并解决他的医疗费用。6月24日，他写下生平最后一封亲笔信，抱歉地推辞掉华盛顿纪念《独立宣言》五十周年纪念活动，他终于满足了活到7月4日的最后愿望，中午12时50分，离开人世，享年73岁。几个小时之后，另一位《独立宣言》起草人、杰弗逊的前任总统亚当斯也撒手人寰。
