1989年巴希尔发动政变后禁止党派活动。1999年1月1日苏《政治结社组织法》生效后允许党派注册后活动。苏全国共有24个政党进行了登记，主要有：（1）全国大会党（National Congress）：是巴希尔政府的执政党，简称全国大。前身为苏丹全国伊斯兰阵线，由穆斯林兄弟会演变而成，1989年政变后成为执政党。1998年起用现名。1999年10月召开首次全国代表大会，巴希尔总统任全国大主席，哈桑·图拉比为秘书长。2000年6月，全国大召开协商委员会会议，决定免去图拉比全国大秘书长职务，9月选举易卜拉欣·艾哈迈德·奥马尔（Ibrahim Ahmed Umar）为全国大秘书长。（2）乌玛党（Umma Party）：由苏丹伊斯兰安萨教派第二任教长阿卜杜－拉赫曼·马赫迪于1945年1月创立。1956年7月起开始走上执政舞台。该党领袖萨迪克·马赫迪(Sadig Al Mahdi)曾任苏丹总理（1985－1989年）。1989年现任总统巴希尔发动军事政变，推翻了以乌玛党为主的政府。1996年12月，萨迪克带领部分乌玛党领导人逃亡厄立特里亚，后转至埃及。2000年11月，萨迪克结束流亡返苏，并开始参与苏政治事务。2002年7月，由穆巴拉克·法德鲁·马赫迪（Mubarak Al-Fadil Mahdi）领导的乌玛党“改革革新”派脱离萨迪克领导的“主流派”，与执政的全国大达成协议，开始参政并进入内阁，该派领导人穆巴拉克任总统助理（2004年10月被解职）。（3）民主联盟党（Democratic Unionist Party）：成立于1967年12月，是由民族联合党和人民民主党合并组成的。现在苏注册登记的民联党为民联党“辛迪派”，领导人为谢里夫·宰因·阿比丁·辛迪(Al-sharief Zainal-Abin Al-Hindi)，该党部分成员在联邦政府中担任部长职位。现流亡埃及的穆罕默德·奥斯曼·米尔加尼（Muhammed Uthman Al-Mirghani）领导的国外民联党曾参与组建了包括加朗反政府武装在内的反对党组织联盟－苏丹全国民主联盟。2001年，国外民联党副主席艾哈迈德·米尔加尼结束12年的流亡生涯返回苏丹。2002年，巴希尔总统、塔哈副总统以及外长穆斯塔法等分别与流亡埃及的反政府联盟主席、民联党主席米尔加尼进行接触和对话。(4)苏丹人民解放运动（Sudan People's Liberation Movement）：简称“苏人解”，1983年5月成立，苏丹南方最大的反政府武装，领导人是约翰·加朗。该运动又称“加朗运动”、“人运”，其武装力量称“苏丹人民解放军”（SPLA）。主张建立社会经济平等、公正和政教分离的世俗社会，要求平等分配国家权力和资源,并同政府军展开长期的游击战。1989年巴希尔总统执政后，主张以联邦制和南方不执行伊斯兰法为基础解决南方问题。1993年，“伊加特”开始主持苏丹和平进程。2001年，美国介入苏和谈。2005年1月，“苏人解”与巴希尔政府签署《全面和平协议》。从此，“苏人解”作为苏南方最主要的代表参与苏政治生活。同年7月，加朗出任苏第一副总统。7月30日，加朗坠机身亡后，其副手基尔接替该职位。