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华罗庚、严济慈、周培源）。方毅因中央工作繁忙又兼国家科委主任，要求辞去院长职务，由谁来接任的问题成了焦点。1980年年底的一天中午，卢嘉锡在福建的物构所办公室接到了北京打来的长途电话。电话中李苏副秘书长向卢嘉锡吹了点风。谈到中科院党组决定任命卢嘉锡为化学部代主任，等到5月开全院学部委员会全体大会时另有任命。后来在到北京办事的时候，中科院党组书记李昌也找卢嘉锡谈有关院所的情况。他犹豫了，考虑自己一直工作在结构化学领域里，当中科院化学部的代主任还行，要管理科学院的其他工作，能胜任吗？
于是他密密麻麻地写了两张纸的辞谢信交给了方毅。卢嘉锡和方毅是老相识了，早在少年时代就是小伙伴儿。后来一个参加了革命，一个则继续念书。很快方毅就找卢嘉锡谈，一见面方毅便说：“你成了大科学家了。”卢嘉锡笑着说：“你当了大官了。”最终，卢嘉锡还是被说服了。
1981年5月，第四次学部委员大会在北京召开，邓小平、彭真、邓颖超等党和国家领导人出席了大会开幕式，会后，卢嘉锡当选为中国科学院院长。在充分体会了光荣感和责任感的同时，卢嘉锡更多的体会是紧迫感。因而他加快了步伐。
1982年中国第一个科学基金——中国科学院科学基金诞生了，卢嘉锡出任首届主任。不久，经中央批准卢嘉锡兼任中科院党组书记职务。同年他还兼任了《结构化学》主编，担任中国化学会理事长。
卢嘉锡担任了五年半的院长，基本上是在第六个五年计划期间度过的。
1988年，卢嘉锡在当选为农工民主党第九届中央委员会副主席后的第五年，他当选为全国政协第七届委员会副主席，从此，卢嘉锡走入了国家领导人的行列。他深知，虽然这不是他所热衷的目标，但却体现了党和人民对他的信任。
作为国家领导人，卢嘉锡仍不失科学家教育家的本色。1991年的政协七届四次会议上，他代表农工民主党第一个发言，题目是《大力发展科技和教育，为实现第二步战略目标而奋斗》，其中第一个小标题就是“树立科技兴国”的意识。他强调“兴国先育才的战略”和
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