1982年中国第一个科学基金——中国科学院科学基金诞生了，卢嘉锡出任首届主任。不久，经中央批准卢嘉锡兼任中科院党组书记职务。同年他还兼任了《结构化学》主编，担任中国化学会理事长。
卢嘉锡担任了五年半的院长，基本上是在第六个五年计划期间度过的。
1988年，卢嘉锡在当选为农工民主党第九届中央委员会副主席后的第五年，他当选为全国政协第七届委员会副主席，从此，卢嘉锡走入了国家领导人的行列。他深知，虽然这不是他所热衷的目标，但却体现了党和人民对他的信任。
作为国家领导人，卢嘉锡仍不失科学家教育家的本色。1991年的政协七届四次会议上，他代表农工民主党第一个发言，题目是《大力发展科技和教育，为实现第二步战略目标而奋斗》，其中第一个小标题就是“树立科技兴国”的意识。他强调“兴国先育才的战略”和“兴国大计教育为本”，必须把教育放在优先发展的战略地位。卢嘉锡的发言博得全场四次热烈的掌声和强烈的反响。
1991年10月初，卢嘉锡收到了第二届“中国十大杰出青年”评委会邀请他参加颁奖仪式的请柬。这是一项在全国青年中很有影响的活动，他激励青年刻苦学习，艰苦奋斗，建功成才。但卢嘉锡注意到，第一届评选中没有科技界的人物，那么第二届呢？依然是没有，为此，在参加了活动之后，便致函中共中央江泽民总书记。他恳切地写到：
我们科技界也面临着一些严重的问题，其中最突出的就是人才断层，特别是缺乏中青年学术带头人。有些有突出成就的中青年科学家也因我们的宣传面不够广泛而知名度太低，如这次全国十大杰出青年的评选……
总书记很重视这件事——此后不久，中央领导率先垂范，几次接见青年科技人员。中科院制订了宣传科学家的计划上报，国务院特批专款50万元执行此计划。中央电视台从1992年4月开始，在每晚新闻联播之后的神州风采节目中连续介绍中科院学部委员。
1993年，卢嘉锡当选为第八届全国人大副委员长。这对于卢嘉锡来说是更大的鞭策和鼓励。虽说是担任了全国人大副委员长的职务，但他却始终把自己当作科技战线上的普通一兵。国家民政部从1991年进行社团登记，欧美同学会的基金会在重新登记时遇到了问题，一直到1994年11月还解决不了。作为欧美同学会的一员，卢嘉锡得知后决定亲自去找民政部商谈。有人觉得身为副委员长，可以请民政部的同志来谈就行了，而卢嘉锡却说：“我并不是以副委员长的身份去找的，而是以欧美同学会一员的身份去找的。基金会归民政部管，我是会长当然应该主动去找人家才对嘛！”
消息传到了多吉才让部长那里，部长正准备去拜访卢嘉锡，不想卢嘉锡已顶着寒风来到了民政部：“我是代表欧美同学会7000会员来反映问题的，基金会关系到同学会的生存与发展，希望民政部妥善解决。”不久阎明复副部长受民政部的委托负责此事，经过一番调查之后，问题有了初步的解决。
卢嘉锡曾专为自己题写过一幅座右铭：
吾日三省吾身：为“四化”大局谋而不忠乎？与国内外同行交流学术而乏创新乎？奖掖后进不落实乎？
言为心声，也正因如此，对于卢嘉锡这样的一个科学家教育家出身的国家领导人，人民怎么会信不过呢！
