1960年起，卢嘉锡开始了长达22年的福州创业生涯。7月的一天，卢嘉锡乘火车北上前往福州大学任福州大学副校长。为了支持丈夫的事业，逊玉携子女也搬到了福州。建校之初，卢嘉锡便肩负起了建校中教学和科研的规划与安排等一系列重任。
卢嘉锡无论在工作上还是学习中，都是一个善于动脑、善用巧劲儿的人。福大初建时期，师资力量匮乏，他便采取了“请进来”和“走出去”的措施，在极短的时间里既网罗来了不少的人才，又为学校培养了许多年轻教师。同时卢嘉锡还着手主抓了福大的第一批青年科研工作。使福大真正地做到了教学科研两不误。
在接任福大副校长之职不久，卢嘉锡又接到了一个全新的任务——筹建中国科学院福建分院。并于1959年9月被任命为副院长。作为福建省唯一的一位中科院自然科学的学部委员，卢嘉锡深知自己在业务和学术上的担子有多重。随着福大的教学与科研步入正轨，卢嘉锡便逐渐将精力转向了后者，很快便初见成效并为创建福建物质结构研究所打下了基础。
1962年物构所的筹建工作已基本结束。年底，当郭沫若偕夫人于立群视察物构所的时候，看到物构所发扬艰苦创业精神的成果后十分高兴，将途中所作《登鼓山》一诗，书赠卢嘉锡：
关上耸群峰，闽江一揽中。人来挝石鼓，我欲抚苍穹。
万岭波涛涌，千帆烟雨朦。车随山路转，如看万花筒。
郭老的这首诗，意在鼓励卢嘉锡在攀登科学技术的高峰途中要不断地前进。这卷手书直到今天还悬挂在卢嘉锡的书房中。
“文革”期间，卢嘉锡当然在劫难逃。他被罢免了一切职务，被派到实验室洗烧杯搞卫生，甚至刷厕所。在那个颠倒是非的年代里，卢嘉锡的正直品格和实事求是的态度得以充分的体现。为此，由于他的正直，免除了强加在一些人身上的“罪名”。
1969年的一天，“革委会”突然宣布解除对卢嘉锡的批判，并准许他做些科研工作，这的确出乎他的预料。后来才知到，原来是周恩来在获悉卢嘉锡的近况后，嘱咐有关同志打电话给当时的福州军区司令员皮定均，要他把卢嘉锡保护起来。
“文革”结束多年之后，当有人提及此事的时候，卢嘉锡深情地引用并稍加改动了李白的两句诗：“桃花潭水深千尺，不及周公对我情！”以此表达他对周恩来的感激与怀念之情。
1976年到1981年是卢嘉锡在物构所干得最顺心最顺手的阶段。因此捷报频传。在近十年的奋斗中，物构所累计取得了140项科研成果，其中重大成果40项，物构所已成为我国原子簇化学研究的中心以及国内外新技术晶体材料的研究中心之一，蜚声海内外。
1981年是卢嘉锡科教生涯中发生重大变化的一年，当了21年物构所所长的卢嘉锡在这一年开始了他新的生活旅程。
1980年，科学院党组就开始考虑增补科学家担任副院长的职务。当时在五位科学家副院长中，童第周已经逝世，三位已近古稀之年（华罗庚、严济慈、周培源）。方毅因中央工作繁忙又兼国家科委主任，要求辞去院长职务，由谁来接任的问题成了焦点。1980年年底的一天中午，卢嘉锡在福建的物构所办公室接到了北京打来的长途电话。电话中李苏副秘书长向卢嘉锡吹了点风。谈到中科院党组决定任命卢嘉锡为化学部代主任，等到5月开全院学部委员会全体大会时另有任命。后来在到北京办事的时候，中科院党组书记李昌也找卢嘉锡谈有关院所的情况。他犹豫了，考虑自己一直工作在结构化学领域里，当中科院化学部的代主任还行，要管理科学院的其他工作，能胜任吗？
于是他密密麻麻地写了两张纸的辞谢信交给了方毅。卢嘉锡和方毅是老相识了，早在少年时代就是小伙伴儿。后来一个参加了革命，一个则继续念书。很快方毅就找卢嘉锡谈，一见面方毅便说：“你成了大科学家了。”卢嘉锡笑着说：“你当了大官了。”最终，卢嘉锡还是被说服了。
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