第十三集
　　危急之际，吴六一率军赶到，与班布尔善展开血刃。康熙方才走出大殿，上朝。康熙令遏必隆审理鳌拜案件，并令在魏东亭身边的卧底现身，称赞魏东亭是位忠臣。康熙在荒郊野外巧遇行痴大师，行痴请康熙查看他在北方种水稻的试验，并说秋日即可收获，对康熙谆谆教诲。分别之后，苏麻喇姑说行痴重病染身，将不久于人世。康熙欲重用伍次友 ，伍次友却请辞离去，苏麻喇姑追上，问他为何舍她而去，伍次友述说原委。 　　

第十四集
　　苏麻喇姑开门之后，却不从，孝庄皇太后也无奈，下旨给她新建一座尼姑庵，让她永久居住，带发修行。朝政之上，康熙让念朱国治上奏弹劾吴三桂之折，群臣沉默谨慎。后又让念吴三桂上奏弹劾朱国治之折，诬陷朱国治拥兵自重，割据一方。在京郊小店，朱国治与周培公相遇，相谈甚畅，后周培公见朱国治将要披枷进京，询问原委。 　　

第十五集
　　康熙来到狱中，欲杀朱国治，但说杀他并非因他诬陷吴三桂，而是为给国家争取两年稳定，以后定当给他昭雪，子孙受封，朱国治慨然赴死，康熙却下令释枷，说杀忠臣自己岂非昏君，并下旨命朱国治为云南巡抚，以牵制和监视吴三桂。朱国治提出想启用周培公。周培公流落街头，卖字为生，并用自己老师伍次友写给康熙的推荐信的背面，给一位冤女写了诉状。吴应熊行贿索额图，请他疏通皇太后，吴应熊向孝庄表忠。孝庄皇太后提醒康熙平“三藩”不要操之过急。 　　

第十六集
　　三藩正商议撤藩之事时，假称朱三太子的杨起隆来访，鼓励“反清复明”，被吴三桂抓下，后又被吴三桂故意放走，以便利用杨起隆对付朝廷。黄敬密报杨起隆，康熙要出京。吴三桂向朝廷修书一封请辞，背后又大动军事。康熙南巡，驻扎户部尚书陈廷敬老家山西阳城皇城村。为体察民情，康熙分三路进行，在皇城村汇集。康熙召集当地文武百官训话，纵谈天下大事。魏东亭一路探得知府周云龙私通吴三桂，剥夺百姓，却被封为廉吏。康熙不知底细，也称赞周云龙为三晋楷模，并封他的夫人为一品诰命夫人。康熙询问百官，如果有人谋反，你们将会如何？康熙恩威有加，声明誓死维护疆土统一。 　　

第十七集
　　康熙将错就错，令魏东亭查实情况，处死周云龙，然后再给他哀荣。王辅臣晋见康熙，康熙对他晓之以礼，并封他为山峡大将军，统领军队，他的儿子留京陪侍。康熙下旨给明珠，索额图准备庭议撤藩之事。康熙在朝廷上痛斥“三藩”之弊，“三藩”开支已占国库支出一半，“三藩”之力足可敌国，群臣纷议。赫舍里怀上龙胎，孝庄皇太后满心欢喜，吴应熊又来表忠。众臣各怀心事。索额图说应安抚吴三桂，不应撤藩，明珠、陈廷敬则力主削藩。康熙痛下决心，朝廷只准议论如何撤藩。吴应熊向孝庄皇太后陈述今天朝政就是商议如何撤藩之事，孝庄大惊，怒斥康熙。康熙痛斥南巡所见，表明“三藩”已成清朝大患。 　　

第十八集
　　吴应熊修书吴三桂，说明康熙已定撤藩，但内部仍有歧议。新任云南巡抚朱国治拜见吴三桂，宣读康熙同意吴三桂请辞的圣旨，吴三桂表面表示尊旨，并处斩拒不同意撤藩之下属，还向朱国治家中送礼。周培公露宿寺庙，来到冤女卖豆腐处巧遇康熙。康熙看了冤女诉状，见背面却是伍次友对周培公的推荐信，便邀周培公到茶馆一叙。周培公向康熙跪地叩拜，表明知道康熙身份。康熙令北京府衙护送被错抓的冤女回乡申冤。明珠来报，称云南巡抚朱国治奏折已到。 　　

第十九集
　　朱国治向吴三桂传达朝廷同意撤藩所用钱粮额度奏折，吴三桂交出平西大印，并称履约撤藩日期。吴三桂去信吴应熊，叫他离京回滇。吴应熊决定暂不离京，以麻痹康熙，并与杨起隆相见，捐钱资助杨起隆起事。云南奏折到京，称撤藩日期已定，康熙大悦，向孝庄皇太后报喜。黄敬向康熙吹说烟花之处明月楼如何香艳，康熙微服前往，魏东亭在近处侍卫。鸨母叫来头牌名妓紫云给康熙翩翩起舞，颇吸引康熙。周培公宫廷内遍寻康熙不着，万分着急，率兵来到街上，碰到太监小毛子，得知康熙在明月楼。康熙对紫云颇有好感。吴应熊向杨起隆点明应谋杀康熙，杨起隆称在康熙身边安插了许多密探太监，并说可以利用自己的妹妹紫云谋杀康熙。 　　

第二十集
　　康熙怀疑宫内有杨起隆乱党卧底，因此故意鞭责太监小毛子，让他混入乱党卧底。吴三桂兵力对准朱国治，封锁关隘，准备起事。朱国治请钦差大臣速赴京城向康熙报告吴三桂起兵一事，自己拒绝逃逸离滇。钦差大臣装成跑马帮的，潜出云南。朱国治在家中与夫人商谈后事，表明为国慨然赴死决心。朱国治夫人自缢殉节，朱国治又杀死一对儿女，直闯吴三桂兵营，怒斥吴三桂，被血刃祭旗。吴三桂正式起兵反清，杨起隆在北方遥相策应。康熙又与被另外安置的紫云相会。在杨起隆处卧底成功的太监小毛子火速回报，说紫云要毒害康熙。 　　

第二十一集
　　魏东亭紧急来到明月楼，紫云已在康熙怀里死了。小毛子报吴三桂已经反叛，康熙不信，并令其拿着他的信物去告诉杨起隆，说康熙已被毒死。赴滇钦差大臣来报，吴三桂已反，康熙大惊失色。周培公提议京城紧急戒严，以防杨起隆攻打朝廷。康熙给王辅臣下旨，令他领兵反叛，王辅臣却按兵不动，静待时局变化。周培公给康熙具体分析三藩详情，并认为王辅臣违旨，乃是观望战局发展，若吴三桂胜，则攻打朝廷，反之则挥戈南击吴三桂。朝廷将士目前战势不顺，屡被吴三桂击败。康熙自觉削藩操之过急。索额图前来进献平叛之策，说要用明珠、周培公的人头去安抚吴三桂，康熙怒斥。赫舍里难产，生下了一个龙子，康熙立他为太子，赫舍里含笑而死。 　　

第二十二集
　　小毛子从牢狱逃脱。孝庄皇太后厉责康熙，要他振作起来，杨起隆乱党闯入宫内，宫内太监造反，与朝廷将士激战，威胁康熙与孝庄皇太后的安全。索额图请求康熙与孝庄皇太后暂避，孝庄皇太后临危不乱，声称平三藩是她的旨意，康熙只是遵旨行事，只要君臣同心，清廷必将永远不败。朝廷官兵与杨起隆乱党展开激战，乱党不敌，杨起隆欲自尽，被下属劝阻逃走。吴应熊被押到孝庄皇太后处，孝庄说他有罪但没有错。索额图收留一孤女，给她取名红玉，藏匿家中。 　　

第二十三集
　　周培公与副将图海率军势如破竹，很快灭了察哈尔王叛军。解除朝廷危机后，又挥师西南直逼吴三桂叛军。羁留京中的王辅臣儿子王吉贞，带着康熙亲笔御信，火速面见王辅臣。康熙在信中恩威并施，并表明必胜吴三桂的信心，但王辅臣仍持观望态度。原先以为王吉贞被朝廷大炮轰死的王辅臣，见儿子平安归来，终于投向朝廷阵营。康熙见王辅臣归顺大喜，但明珠提出应节制周培公。周培公率军南下，吴三桂屡遭重创。吴三桂登基称皇，企图鼓舞士气。京城来旨，调周培公回京，把最后取胜吴三桂的机遇让给图海。经过五年奋战，康熙终于平定“三藩”。 　　

第二十四集
　　康熙接到福建军情危急汇报，心中十分忧虑。康熙与病危的周培公相见。康熙向周培公坦言把他贬到盛京缘由，并说这次出巡的目的之一是为了安抚蒙古各族首领，同时，想重用周培公攻打台湾。周培公称病重，向康熙推荐了姚启圣。康熙御览周培公积十年之功绘就的中华全图，十分激动。周培公向康熙陈述葛尔丹之隐患，不久离开人世，康熙为周培公亡灵守夜。朝政之上，康熙要求商议台湾问题，群臣意见分歧，索额图陈述姚启圣官越做越小的原因。康熙派太监寻找姚启圣。姚启圣与太监发生争执受辱，而又依理鞭打太监。