第二十五集
　　康熙为了打击姚启圣的狂气，将他投进大牢，令大阿哥胤礻是前往福建前线，担任副将。姚启圣在牢内，康熙不准任何人跟他说话，把姚启圣憋得要命。康熙召集蒙古各族首领 ，进行安抚，群首领进言康熙剿灭葛尔丹。喀尔喀大汗力战不敌葛尔丹，临终前叮嘱女儿宝日龙梅向康熙请兵光复部族。宝日龙梅血刃冲出重围，千里迢迢奔向京城。康熙对私通葛尔丹的科尔沁部落首领恩威并用，叫他把收下的葛尔丹钱财运往京城，算是借用，又封丰腴之地与他，进行分化拉拢。胤礻是来到福建前线，急于建立军功，率军出征，起初把施琅打败。康熙收到捷报，大喜封赏，并准备把姚启圣逐出牢房回去养马。

第二十六集
　　康熙叫姚启圣坐到自己车上。姚启圣嗜书如命，偷了康熙一本书勤读。康熙斥责姚启圣张狂，轻视满清，并表示愿意与他讨论汉族文化。姚启圣自责，称康熙是圣君，学问可比一代宗师。康熙回到京城，把书赐给姚启圣，姚启圣感动不已。姚启圣被重用以后，详列收复台湾策略，并推荐了他的学生、台湾水师主将施琅，可以进行策反重用。康熙当着姚启圣的面，将顺治皇帝永不录用姚启圣的圣旨烧毁，并任命姚启圣为福建总督，主平台之事。台湾首领郑经与从将商议战事，施琅主张议和，而郑经却主张力在战，并对施琅掠夺东南五省税粮数目问题产生疑心。

第二十七集
　　孝庄希望能够满汉通婚，让阿哥、格格与汉族联姻，化敌为友。康熙误掀慧妃的牌子，发现后改去容妃处，慧妃满心不快，怨责太监李德全，但无奈只好半途回去。康熙让容妃回福建祭祖，以皇贵妃之尊，着汉服接触各界，做一恩服天下的女钦差。康熙爱女蓝齐儿也要求同母亲容妃一起去福建，康熙恩准。慧妃要儿子胤礻是建功立业，取皇太子胤〓而代之。姚启圣宣布近海三十里不住百姓，只住兵勇，百姓必须迁往内地，以绝台湾物资之需，福建沿海居民怨声载道。姚启圣又令广东、浙江迁界禁海，以围困台湾。但这同样影响了东南税赋收入，朝廷内部意见纷争，明珠等众权臣要求罢免姚启圣，康熙反而大力支持姚启圣的平台策略。明珠提出前往台湾招降。

第二十八集
　　康熙接到郑经要求谈判来函，令明珠赴台谈判，并定下剃发、称臣、登岸三个原则。明珠刚到福建，郑泰送来一信，表示愿意归附大清。姚启圣反对明珠与郑泰相谈，明珠斥责姚启圣，并宣旨节制平台事务。明珠前往金门，郑泰痛诉与郑经恩怨，并称已在台湾安排妥当。明珠向郑经提出三个归顺原则，双方唇枪舌剑，没想到郑泰下属不但没有刺杀郑经，反而将他和明珠抓了起来。在海崖上，郑经欲杀明珠和郑泰，施琅前来救助郑经，却被明珠说成奉旨前来剿贼。

第二十九集
　　施琅到京晋见康熙，康熙封他将军提督一职。施琅提出不愿与姚启圣为伍，康熙赏他一道密折。宝日龙梅来到京城，直闯王府，胤礻是怒打了前来追捕宝日龙梅的葛尔丹官兵。康熙不愿得罪葛尔丹，斥责胤礻是。明珠劝其妹妹慧妃不要为胤礻是争位而让康熙烦怒。宝日龙梅被安排在一个单独的住处中，与胤礻是相见，两人颇有好感。胤礻是向宝日龙梅表达感情，宝日龙梅说在未为父报仇前不谈此事。容妃和蓝齐儿来到福建，拜见姚启圣，被误会拒见，后见面，姚启圣陈述禁海之困难，并推荐了李光地。

第三十集
　　为了节约开支，容妃提议裁减后宫各项支出，请慧妃主持此事，康熙恩准。姚启圣在众将士面前给施琅树立威信。李光地被绑进京，与胤〓相见。李光地称不愿做官，请辞回乡。在半途中，被蓝齐儿率众格格拦住，容妃也赶到，李光地只好回京。康熙下旨修《明史》和《康熙字典》。李光地晋见康熙，被封为特派史，处理禁海遗留问题。蓝齐儿暗中爱慕李光地，康熙点破蓝齐儿。葛尔丹进京，偶遇蓝齐儿，一下子被其美貌所吸引。索额图禀报康熙葛尔丹的使者格隆在京购买各种物资。

第三十一集
　　康熙称不让宝日龙梅留在身边是不想为任何人利用，但他一定会剿灭葛尔丹，并恩施宝日龙梅留在苏麻喇姑身边。胤礻是万分沮丧。蓝齐儿送李光地赴闽就任，又与葛尔丹相遇。葛尔丹把在京城所购丝绸等物全部烧毁，发誓重建元大都。胤〓在索府喜欢上了收留的孤女红玉。朝政之上，胤〓提出立即收复台湾，群臣附议。康熙封索额图为钦差大臣，前往福建督战。索额图来到福建，姚启圣、施琅、李光地均表示反对立即攻台，认为目前各方面条件并不成熟，但索额图力主战事，并以康熙相压，姚启圣对索额图称，明日一早相报最后决定。姚启圣仔细分析索额图意图，决定给康熙上折。

第三十二集
　　水师全军挫败，但施琅得胜归来。康熙下旨索额图回京。姚启圣上奏请罚，康熙准其回家丁忧。姚启圣离职之前，给康熙上了一折，称攻台之前曾给康熙上过三折，康熙并未收到，大为震怒，下旨彻底清查，兵部经办官员引咎自尽，保护了幕后主子。慧妃向康熙称赞胤礻是。康熙病中召胤礻是来见，胤礻是称兵部压制姚启圣三封奏折，乃是有意而为，目的是为了保护索额图，并说上次胤〓在朝政上率先提出力主攻台，也是索额图的意思。

第三十三集
　　明珠与郑经使者冯西范讨价还价，初步达成招抚条件，但最后冯西范提出郑经要三年以后才能登岸，得寸进尺，康熙下旨向郑经开战。姚启圣重被启用。姚启圣、施琅、李光地三人联名向康熙立下收台军令状。郑经巡视海防，进行部署安排。旗兵为了军备，又抢民财，与汉兵水师发生纠纷。姚启圣上奏康熙要求旗兵离闽，葛尔丹又兵犯蒙古各族，军力大增。康熙请明珠和索额图主持庭仪，康熙病恙回去休息。

第三十四集
　　蓝齐儿向孝庄皇太后哭诉，孝庄讲诉自己经历，称女人为了大清国必须做出牺牲。蓝齐儿说父皇一定会在今后消灭葛尔丹，她该如何对待。孝庄称女儿唯独不能有自己。姚启圣与施琅在具体攻台策略上发生矛盾，双方上折康熙，康熙下旨命施琅专权主持平台事务，姚启圣免职回家继续丁忧。康熙下旨给魏东亭，近日将出巡南京，就近督促平台战事，并核实三千万两饷银是否筹齐。魏东亭喜中有忧。江苏道台葛礼怀疑南京栖霞寺的应空和尚就是杨起隆，向他敲诈八百万两银子，杨起隆无奈只好同意。

第三十五集
　　康熙出巡南京，途中接到福建来报，请求攻台时间推迟一日，康熙下旨必须按原定日期收台。姚启圣称这是康熙为了重阳节那一天在明孝陵宣布平台，以便收服大明遗民之心。施琅出师攻台，群情振奋，姚启圣也要上船助战，施琅不允，说他不懂海事。姚启圣称他为了收台，祖坟都让人家挖了。施琅叫姚启圣拿出康熙密旨。姚启圣上船以后，施琅起锚出击。康熙在南京受到出击报告，甚为喜悦。康熙问魏东亭军饷筹备情况，魏东亭说尚不足，拟将家资也充入，康熙给他出了不少筹饷主意。魏东亭下令严搜紫金山和栖霞山，寻找三门大炮。葛礼向杨起隆索要八百万两银子。

第三十六集
　　葛礼亲自率兵到栖霞寺找寻银两，三门大炮也找到，魏东亭称也将栖霞寺银两作军饷，但杨起隆逃掉了。康熙因魏东亭渎职进行处罚，给他两条出路，魏东亭选择了去台澎当知县。康熙恩赏姚启圣、施琅、李光地三人，并对李光地期望很大。葛尔丹接走蓝齐儿，蓝齐儿向胤礻是反射一箭，称她已是葛尔丹的女人。葛尔丹继续扩张，并暗中得到沙俄支持，严重威胁大清皇权。葛尔丹东迁，逼近内地。葛尔丹和蓝齐儿有了孩子以后，恩爱和睦，葛尔丹专门为蓝齐儿建造了一座仿照北京的宫廷让她居住。蓝齐儿问葛尔丹东迁是否是为了攻打北京，葛尔丹明白无误称是。