美国最大的“台独”组织“台独联盟”迁回台湾以后便集体加入了民进党。1991年10月，民进党召开五大，公然将“建立主权独立自主的台湾共和国暨制定新宪法，应交由台湾人以公民投票方式选择决定”列入党纲。1992年5月，在李登辉的授意下，“立法院”修改“刑法”，废除“刑法第100条”和“国安法”，使鼓吹和从事非暴力的“台独”活动合法化。从此，台湾当局实际已不禁止“台独”活动。一些“台独”分子通过选举，有的进入了“国民大会”、“立法院”和省、市、县议会，有的掌握了一些县、市政权。各种“台独”组织进行名目繁多的分裂活动，主要有制定“台湾共和国宪法草案”、“新国旗”、“新国歌”和推行所谓“公民投票运动”，并且积极争取西方反华势力的支持，鼓吹以台湾名义加入联合国。1994年3月，民进党籍“立委”在“立法院”的专门委员会一读通过了“公投法草案”。

　　1995年6月至1996年3月中国人民的反分裂、反“台独”斗争，沉重地打击了“台独”势力，迫使民进党不得不淡化“台独”色彩。但是，在李登辉的纵容、支持下，该党并没有放弃追求“台独”的目标。一些极端的“台独”组织和分子于1996年10月组织了建国党。1997年夏天，“国民大会”进行第四次“修宪”时，民进党要求将以后可以办理公民投票写入所谓“宪法”(即“公投入宪”)，为通过公投决定台湾的地位和前途提供法源。国民党已经同意在下一次“修宪”时优先讨论“公投入宪”问题。