派系政治在民进党内表现得特别明显。从党外时期开始，就有“公政会”和“编联会”两股势力在较劲。民进党成立后，党内又形成“美丽岛系”和“新潮流系”两大派系。1996年3月“总统”大选失利后，“美丽岛系”逐渐没落瓦解。现在民进党内的主要派系有：“正义连线”，是陈水扁1992年初创立的，领军人物除陈水扁外，还有民进党政策会执行长沈富雄等人；“福利国连线”，谢长廷、张俊雄都属该派系；“新动力办公室”，许荣淑为龙头；“台独联盟”，是海外“台独联盟”1991年返台后集体加入民进党而形成的派系，目前负责人是李应元。(以上四个派系于去年组成一个松散的新组织，称为“主流联盟”)；“新潮流”系，该系以纪律严明而被称为党内“一支正步走的军队”，龙头人物有吴乃仁、邱义仁、“立法委员”洪其昌等人；“新世纪办公室”，以民进党大老张俊宏为首。民进党的派系斗争，主要表现在政治路线之争和党内资源的争夺。

　　民进党的“全国代表大会”为该党最高权力机构，每一年由中央执行委员会召集一次，必要时也可经中执委决定或全台5个以上县市党部书面提议召开。“全代会”的主要职责是修订党章，议定党纲，听取并审查中执委的报告，选举或罢免中执委委员等。而中执委作为常设的最高权力中枢，设置委员31人，并由除党主席(党主席为当然委员)外的30人互选出10人为常务执行委员。党主席由全体党员直接选举产生，任期2年，可连选连任1次。此外，民进党还设置一个由11名委员(委员由“全代会”选举产生)组成的中央评议委员会，其主要职权是对党的各项工作进行监督。民进党中央党部下设国际事务部、中国事务部、组织推广部、文化宣传部、社会发展部、妇女发展部、青年发展部等7个部，财务委员会、政策委员会等2个会，以及一个民意调查中心和一所“台湾民主学校”。民进党在各县市都设有地方党部，负责地方党务工作。

　　目前民进党党员超过四十一万，年轻党员所占比例是台湾各主要政党中较高的。在第六届“立法委员”选举中，民进党得票率超过国民党，取得89席次，成为“立法院”第一大党。但随着陈水扁执政无能的突显及民进党的快速腐化，在2005年12月3日举行的地方县市长选举中，民进党彻底失败，退守浊水溪以南。现在民进党只拥有7个县市长，执政版图也仅局限在南部地区。