由最高司法会议、最高法院（包括法院法庭局、终审法院、行政法院、宪法法院、审计法院）、上诉法院、初审法院、县法院组成。最高司法会议由最高法院正副院长及2名法官、各上诉法院1名法官、各上诉法院辖区内的初审法院和县法院法官各1名组成，负责除最高法院正副院长外所有法官的任免、升迁等事宜。初审法院以上各级法院均设检察院,分为初审法院共和国检察院、上诉法院总检查院和终审法院总检查院三级。1994年内战使卢司法体系遭受严重破坏，直至1996年4月2日最高司法会议成立，司法系统全面恢复，法官由政府任命，但名义上独立。为加速审判1994年大屠杀在押犯（已关12.5万人），卢于2002年6月启动“民间传统司法”，现已进入终审阶段。最高法院院长阿洛伊西·基扬扎伊尔（Aloysie CYANZAYIRE），总检察长让·德迪厄·穆克约（Jean de Dieu MUCYO）。

卢武装力量原称卢旺达国民军（Armée Nationale Rwandaise），于1995年在原爱阵武装基础上组建。为实现军队国家化，2002年2月，卢军改称卢旺达国防军（Forces Rwandaises de Défense）。目前总兵力约4万人。最高军事机构是国防部，下设军队参谋部。此外还有由内政部管辖的国民警察10000人。2002年10月军队系统进行了大幅改组，总参谋长詹姆士·卡巴雷（James Kabarebe）。2002年国防预算约300亿卢朗，占国家总预算的31.1%。