司法权独立于立法权和行政权，由各级法院、法庭依法行使。主要司法机构包括最高法院、宪法法院、特别最高法院、上诉法院、审计院、商业法庭、劳动法庭、省级法院，及总检察院、地方检察院等。最高法院和宪法法院成员由总统任命。现任最高法院院长玛丽·安西拉·恩塔卡布里姆沃（女）（Marie Ancilla NTAKABURIMVO），宪法法院院长爱丽舍·恩达耶（Elysée NDAYE），总检察长让·博斯科·恩迪库马纳(Jean Bosco NDIKUMANA）。

1967年3月7日建军，由陆军、空军、湖军和宪兵组成。总统为武装部队统帅。军队总参谋部下设海军局和空军局分管湖军和空军。总参谋长萨缪埃尔·卡西罗少将（Samuel GAHIRO）。2003年11月，根据政府与FDD签署的比勒陀利亚议定书，FDD在军队总参谋部和各级军官中将占有40%的比例，副总参谋长一职由FDD人员出任。全国设1个卫戍区和5个军区，20个兵营。总兵力约4万人，其中陆军3.4万人，有步兵、装甲、机械、炮兵、通讯、工兵、建筑工程和侦察营等；空军近1000人，在布琼布拉和基特加设有空军基地，另有一伞兵营；湖军250人，宪兵5500人。士兵服役期为６年，军官为职业军人。国防开支一般占国家预算的20%，但近年来，由于战乱，军费开支增大，1999年达267.349亿布郎，约占当年预算的31.5％。从1997年开始征收国民战时捐助，工薪阶层每人每月交纳工资的6%（1999年降至3%），农民成年人每年交纳1000布郎。