阿司法权由法院依照法律独立行使。法院体系包括宪法法院、最高法院、经济法院及各级普通和专门法院。宪法法院由9名法官组成，均由议会根据总统提名任命，现任宪法法院院长为法尔哈德·阿卜杜拉耶夫（Фархад АБДУЛАЕВ）。最高法院是阿最高审判机关，由23名法官组成，均由议会根据总统提名任命。现任最高法院院长为苏达芭·哈桑诺娃（Судаба ГАСАНОВА）。检察院依法独立行使检察权，最高检察机关为共和国总检察院，总检察长经议会同意由总统任免。现任总检察长扎基尔·加拉洛夫（Закир ГАРАЛОВ）。

1991年10月9日宣布成立武装力量，分陆、海、空三军。同年11月25日，阿最高苏维埃通过了共和国武装力量法，并成立国防部。共和国武装力量总司令由总统担任。现任国防部长萨法尔·阿比耶夫上将。实行义务兵役制，主要征召18～35岁公民，服役期为18个月。阿军现有兵力6万余人。