对于特别法庭的开庭地点，彭真也很关心。凌云回忆：审判前，彭真问他，特别法庭设在哪里？凌云说，最高法院可以，但是礼堂太小。还是在公安部大礼堂。彭真问，新闻单位报道要说审判在什么地方，说在公安部不行。凌云说，可以说在正义路。彭真问，几号？凌云说，１号。其实，当时公安部的门牌号是正义路７号，凌云记错了。这样，在新闻报道中，关于特别法庭的开庭地点就给弄错了，以致好多外国人来找，都找不到。
１９８０年１１月７日，彭真针对国内外对审判“两案”提出的一些问题，采取对特别法庭旁听人员发表讲话的形式，提出了几点意见，主要是：
一、对“文化大革命”这一场浩劫，需要从两个方面作出总结：一是审判林彪、江青反革命集团，解决敌我性质的问题；一是全面地总结经验教训，并解决党的领导上是非功过问题。
二、“两案”审判的一条根本原则是，必须实事求是地区分好人犯错误与坏人办坏事，区分领导上所犯错误与林彪、江青反革命集团的罪行。特别法庭只审判林彪、江青反革命集团的罪行，不审理党内、人民内部的错误，包括路线错误，不解决党纪、军纪、政纪的问题。
三、处理党内政治错误、路线错误，应当实行“惩前毖后，治病救人”的方针，通过“团结——批评——团结”加以解决。
四、林彪、江青集团是反革命集团，是两个反革命集团的联盟。审判他们采取一案起诉、分庭审理、一案判决，比较容易搞清他们整个的反革命阴谋和罪行。
五、林彪、江青反革命集团的罪行和工作、政治上的错误是能够分得开的。
六、林彪、江青反革命集团是反革命两面派。他们凭借手中的地位和权力，采取合法的和非法的、公开的和秘密的、文的和武的各种手段，进行推翻人民民主专政政权的反革命活动。
七、审判林彪、江青反革命集团要严格依法办事。审判的原则：一条是以事实为根据，以法律为准绳；一条是法律面前人人平等。审判不能搞回避，否则我们这些受害人都不能审了。审判要公开审判，各地区、各部门、各方面选派代表旁听。
八、这次审判只审理１０名主犯。起诉书列的主犯有１６名，其中６人已经死亡，根据《刑事诉讼法》规定，对他们不再追究刑事责任，但起诉书要把他们的罪行列出来。
九、对１０名主犯的判刑，这是特别法庭最后决定的问题。审判没有终结，谁也无法作出最后断定。
１１月２０日下午３时，最高人民法院特别法庭在北京正义路７号公安部礼堂正式开庭审判林彪、江青反革命集团案１０名主犯。随后分庭审理：第一审判庭在公安部礼堂审判江青反革命集团，第二审判庭在空军俱乐部（现空军学院）审判林彪反革命集团。
在“两案”审判期间，彭真一直在后台指挥。据时任新华社社长的穆青回忆：审判“四人帮”的时候，前边在审，后边有一个录像，我们在看，彭真拉着我们几个人就在那里看，就在公安部礼堂后面。
对于“两案”审判，彭真更多地关注第一审判庭的审判。彭真对江青在自我辩护中总是咬定某某事是毛主席、周总理批的，非常气愤。他特别认真地观看了江青自我辩护的录像，边看边琢磨，并亲自组织班子为公诉人江文写辩词，目的是要驳倒江青。他在这篇辩词上下了很大工夫。他口授，身边的工作人员起草，最后由他亲自改定。这篇辩词用大量的事实，证明江青的反革命罪行并非如她所说是“代表毛主席”，是“按毛主席指示”办的，毛泽东早就揭露、驳斥过江青，从而把江青的犯罪和毛泽东的错误剥离开来，揭穿了江青的谎言和诡辩。后来，公诉人江文宣读辩词后，江青无言以对。
１９８１年１月２５日，最高人民法院特别法庭在查清林彪、江青反革命集团案１０名主犯犯罪事实的基础上，开庭宣判：判处江青、张春桥死刑，缓期两年执行，剥夺政治权利终身。判处王洪文无期徒刑，剥夺政治权利终身。姚文元、陈伯达、黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作、江腾蛟被分别判处有期徒刑２０年、１８年、１８年、１７年、１７年、１６年、１８年，均剥夺政治权利５年。
