１９８０年８月，随着林彪、江青反革命集团主犯的罪行基本查清，两个集团在“文化大革命”中互相勾结、互相利用的犯罪事实被认定。鉴于此，彭真提出将“两案”作为一案处理，搞一个统一的起诉书。总起诉书是在“两案”起诉书的基础上进行的。经过对“两案”罪犯的询问和查证有关档案材料，最后确定林彪、江青反革命集团案的１６名主犯（其中林彪、康生、谢富治、叶群、林立果、周宇弛已死，只列入起诉书，不审判）犯有４大罪状、６０条罪行，形成了《公安部对林彪、江青反革命阴谋集团案起诉意见书》。
《起诉意见书》起草完成后，彭真又提出“三长”会审。“三长”即公安部部长赵苍壁、最高人民检察院检察长黄火青、最高人民法院院长江华。当时，“三长”会审的地点在公安部５号楼。起草组的同志，一条条地汇报，“三长”一条条地会审。
１９８０年９月初，中央“两案”审判指导委员会办公室召开会议，对起草的总起诉书逐条核实。这是向中央政治局汇报前，最后一遍讨论起诉书。彭真出席并主持会议，公安部副部长凌云、最高人民检察院检察长黄火青、最高人民法院院长江华都参加了。
据图们回忆：当时，从第一条开始，一条一条地过。执笔人汇报一条，如果有疑问，彭真就让停下来，叫大家讨论讨论，整整过了一天。最后对公安部预审认定的犯罪事实有增有减，经过调整合并，认定“两案”主犯犯有４大罪状，４８条罪行，形成《最高人民检察院特别检察厅起诉书》。这标志着将林彪、江青反革命集团案移交法庭审判的时机和各项准备工作日趋成熟。
对黄、吴、李、邱判刑可以轻一点，他们同江青不一样，历史上还做过一点好事，打过仗
按照１９８０年４月中央书记处最初的方案，６月初开始“两案”审判，７月底全国人大五届三次会议前结束。后来，彭真在听取“两案”工作人员汇报时，传达了邓小平的意见，７月至８月间完成审判。但由于中央一直没有最后确定“两案”审判方案，特别是在秘密审判还是公开审判等问题上有争论，致使审判一拖再拖。
１９８０年９月４日，中央书记处开会，重新制订出新的“两案”审判方案，并在当天和第二天两次进行讨论，准备提交中央政治局常委会审核。９月８日，中央政治局常委会在人民大会堂福建厅召开会议，听取彭真的汇报，并就“两案”总起诉书及审判方案进行讨论。
彭真在汇报中说：１０名主犯的罪行基本查清了。一边是黄、吴、李、邱加江腾蛟，一边是“四人帮”加陈伯达，共１０个人。送常委的起诉书（草稿），拟判１０个人。除江腾蛟外，９个都是举世瞩目的。其他人另外审判，由最高人民法院、地方法院和军事法院分批陆续审判，１０个人判了，其他人的问题就解决了。起诉书不涉及路线问题，工作上的错误包括党纪、军纪、政纪问题都不涉及。历史问题也不涉及。这次审判只审罪行。
彭真提出：林彪、江青集团的问题用法律手段来处理，我们还是现在审好。中央领导对外讲过多次，为什么总不审？人家无非认为是罪不够，或者内部意见不一致。何时审，请中央决定。他主张尽快审判。时间上一定要抓紧，９月至１０月间开庭！
彭真指出，林彪、江青两个集团没法分开。一案起诉好处理。黄、吴、李、邱由军人组成的第二法庭去审。这几个人一定要审，判刑可以轻一点，他们同江青不一样，历史上还做过一点好事，打过仗。
彭真认为，还是公开审判好。罪行、证据都公布，通过这一段时间的工作，证据完全能站得住脚。
不久，中央确定了对林彪、江青反革命集团案的审判方案：将“两案”合并为一案起诉；成立特别法庭，公开审判；争取９月至１０月间开庭。
１９８０年９月２２日，公安部对林彪、江青反革命集团案侦查预审终结，并根据《刑事诉讼法》第９３条第２款之规定，将《公安部对林彪、江青反革命阴谋集团案起诉意见书》连同案卷材料、证据，一并移交最高人民检察院审查决定。
９月２９日，五届全国人大常委会第十六次全体会议通过《关于成立最高人民检察院特别检察厅和最高人民法院特别法庭检察、审判林彪、江青反革命集团案主犯的决定》，决定：
一、成立最高人民检察院特别检察厅，对林彪、江青反革命集团案进行检察起诉。
二、成立最高人民法院特别法庭，审判林彪、江青反革命集团案主犯。特别法庭设两个审判庭。
三、特别法庭进行公开审判，各省、自治区、直辖市，各党派，各人民团体，国家机关，人民解放军派代表参加旁听。
四、特别法庭的判决为终审判决。
彭真非常重视特别检察厅、特别法庭的人员构成。据凌云回忆，彭真提出要吸收女同志参加。这样，在“两案”审判时，有三名女同志参加了审判工作，她们是检察员王耀青、审判员
