1939年10月，廖磊在立煌患脑溢血病死后，李品仙（原系第十一集团军总司令）接任安徽省主席，并接任第二十一集团军总司令；不久又发表为国民党安徽省党部主任委员。李品仙到任后，执行蒋介石的“积极反共消极抗日”的反动政策，在军事上重新作了布署。第七军调皖西负责大别山东北区防务，以所辖第一七一师（师长先是漆道澂后是曹茂琮）插入淮南铁路以东的巢、含、全、和、定、滁、肥东等县边界地区，以黄山附近的古河镇为中心，其主力面对滁定解放区新四军的罗炳辉部进行布防。第七军所辖的朱乃瑞第一七二师驻防六安、肥西、舒城一带，第七军军部从鄂东罗田滕家堡移驻六安的独山镇。他们与汪伪“心照不宣”，共同防共剿共。如第一七一师移防皖东，部队越过淮南路时，以及弹药补充的运输，都得到驻在淮南路附近的汪伪军团长陈 ~/ e/ F7 q( a) L
振之部队的庇护，来往无阻。第一七一师自插入皖东地区后，对日作战毫无进展，却多次进犯解放区。在战斗中，遭到了新四军的沉重打击，该师第五一二团团长蒙培琼，副团长谢尧先后被解放军俘虏。第七军这种积极反共行径，破坏了抗日民族统一战线，实际上帮了日本帝国主义的忙。
1944年冬，张淦调任第二十一集团军副总司令，以第二十一集团军参谋长钟纪接充第七军军长（第七任），副军长李本一，军参谋长马拔萃。1945年秋，抗战胜利后，第七军奉命开赴皖北蚌埠执行接收任务（实际是劫收）。他们接收了大批敌伪移交物资，大部分进入私囊。据说钟纪个人所得物资价值黄金数以千两计。钟大发这批洋财后，在南京建造公寓，耗资黄金多两，还派人在南京、上海大搞投机买卖。
1946年，第七军在蚌埠改为整编师（学美式部队编制）。不久蒋介石发动内战，该师在于是年冬开往鲁南临沂参加国民党对沂蒙解放区的进攻时，又恢复第七军番号，辖以张瑞生为师长的第一七一师和刘月鉴为师长的第一七二师（刘昉的一七三师撤销）。1947年春，国民党部队两个军在莱芜战役惨遭覆灭，新桂系部队的第四十六军于是役全部被歼，高级将领甘成城、杨赞模、海竞强、巢威等被俘，局势急转直下。第七军被迫从鲁南撤回武汉外围。该军在鲁南时，军部进行改组。据说钟纪一因劫收分赃不均受攻击，二因缺乏战场指挥经验故他调。遗第七军军长缺以副军长李本一升充（第八任），副军长以凌云上调充。1948年秋，军参谋长马拔萃调任整编第九十七师师长（后改为第五十六军），遗缺以邓达之接充。
1949年春，李宗仁代理总统，在酝酿和谈期间，将第七军和第五十六军收缩于武汉附近之宋埠、应城、云梦、孝感、花园之线。和谈破裂后，人民解放军渡长江，国民党部队望风披靡，白崇禧在仓皇中命令新桂系的第七军、第四十八军（属张淦第三兵团）掩护“华中长官部”向西南撤退，白崇禧原打算到达长沙后，力图挣扎一时，以待美援。不料陈明仁部在长沙起义，白的华中长官部被迫撤至衡阳。这时，白仍掌握有张淦、黄杰、鲁道源、宋希濂、刘嘉树等五个兵团的兵力（约 20万人）。为了“等待美援以图待机反攻”，白崇禧坚持华中长官部留在衡阳，并作保卫衡阳的军事布置，以阻止解放军。这样新桂系的第七军，就很自然的是担当这一任务的主力之一了。讵料衡宝一役，这个一向自吹战无不胜的钢军——第七军被英雄的人民解放军打得昏头转向。只经过一昼夜激战，所有新桂系部队，除第一三八师一部窜回广西外，其余都陷于各自为战，各被围歼，全军覆没的可耻下场。是役，第七军副军长凌云上、军参谋长邓达之，第一七一师师长张瑞生，第一七二师师长刘月鉴（以上属第七军），第一七六师师长李祖霖均被俘。其余官佐除伤亡外，均同时被俘。这是1949年10月上旬的事。
新桂系重要头目白崇禧经衡宝战役惨败后，仍不甘心。他逃回广西后，不几天便匆匆忙忙地在桂林召开军政会议（原则上专员以上的行政人员和部队将领均出席）。决定重整党、政、军阵营，妄图作困兽犹斗。在这种情景下，又把第七军这个僵尸抬出来，仍以李本一兼任军长，马展鸿为副军长，江棠为军参谋长，把广西几个保安团编入该军第一七一、第一七二两个师。该军在广西战役中（1949年12月上旬）又被英雄的人民解放军全歼。兼军长李本一、副军长马展鸿和第三兵团司令官张淦一起就擒。新桂系第七军至此寿终正寝
