长征途中，张琴秋改任川陕省委妇女部长。其后，她在西路军任组织部长。在西路军远征新疆的征途中，她已临近分娩，仍负责指挥总部机关的直属部队，在担架上指挥战斗。在敌人骑兵的包围下，将孩子生在了戈壁滩上。西路军失败后，张琴秋因产后身体虚弱被俘。
抗战爆发后，经周恩来向国民党点名交涉，张琴秋被释放回延安。
在延安，她担任了抗日军政大学女生大队队长、女子大学教育长。解放战争期间，张琴秋在中央妇委长期担任秘书长，1948年曾与蔡畅一同率解放区妇女代表团赴东欧和苏联访问。
新中国成立后，张琴秋担任纺织工业部党组副书记、副部长，分管女工工作，是新中国第一位女部长。
1955年授衔时，张琴秋因早已到地方工作，而没有被授衔。但是无可否认的是，张琴秋是我党军队中最早的女性将领，“红军第一女将”当之无愧。
