在情况复杂、处境艰难的条件下，阎红彦牢牢记住坚持实事求是地对待一切问题。为此，他根据毛泽东“没有调查就没有发言权”的原则，于1960年2月至7月，1961年3月至5月，1963年下半年和1964年，1965年下半年和1966年春，先后四次深入边疆民族地区和内地，开展调查研究，提出一系列纠正“左”倾错误、调整所有制、放宽政策的意见、建议和办法。云南省委在贯彻中央指示精神的过程中，从实际出发，进行创造性思考，因地制宜地制定和放宽政策，不但顺利度过了困难时期，而且很快使云南的生产建设达到了一个新的高峰，除粮食、棉布外，放开数十种凭票供应的商品。1964年、1965年成为云南自新中国建立后最好的年份之一，云南各族人民至今仍把阎红彦主持云南省委工作的那几年称作“云南历史上的黄金时期之一”。
阎红彦不考虑个人得失，敢于在关系全局的原则性的和十分敏感的问题上，反映广大群众的意见和要求。1961年5月9日，他在调查途中从弥渡县给毛泽东写了一封长信，提出放宽政策的具体建议。
当时认为人民公社的优越性是“一大二公”，公共食堂是必须固守的社会主义阵地。阎红彦在信中提出：一、社队规模不是越大越好，要考虑居住条件、经济联系、民族关系，该大就大，该小就小。山区的公社有的可以以生产队为核算单位，而且应该基本上以村寨为单位划分生产队。在生产组织上，有的可以包产到组，有的可以包产到户。二、办不办公共食堂，还是根据群众自愿，不能有任何勉强。当然散也要有准备地散，避免发生混乱。三、关于分配问题，各地群众一致同意包五保户，照顾困难户，多数群众不主张实行部分供给制。四、耕牛、大牲畜归生产队所有，可以大大加强生产队的责任心和积极性，有利于大牲畜的发展。五、山村应分级管理，并应迅速确定林权，明确所有制。六、公社内部的集体与集体、个人与个人之间，要按工分分配，多劳多吃。
毛泽东看到此信很高兴，5月16日作了批示：“阎红彦同志此信写得很好。他的调查方法也是好的，普遍与个别相结合。发给各中央局，各省、市、区党委，供参考。”同日下午3时，毛泽东再次批示：“小平同志：此信请你阅后，用××××发去，另印发到会各同志。”(注：指1961年5月21日至6月12日在北京举行的中央工作会议)此信不仅在云南进行了贯彻，也推动了全国范围内解散公共食堂，调整社队规模和所有制关系，适应了生产力发展水平和管理水平。
三、敢实事求是对待阶级斗争
在1962年8月至9月召开的党的八届十中全会上，毛泽东作了阶级、形势、矛盾问题的讲话，会议决定按照以阶级斗争为纲的精神，在全国农村开展一次全面整顿的群众运动。阎红彦和省委书记、省长于一川一致认为，云南没有像其他地方那样刮起单干风，也不存在生产、生活和市场混乱的问题，因此不需要提以阶级斗争为纲的问题。阎红彦把这个意见报告邓小平，得到了同意和支持。邓小平说：“你们情况不同，就按你们的办。”后又得到省委常委会讨论同意和10月25日至11月29日召开的省委扩大的工作会议同意。与会人员普遍要求下发一个文件，以便大家放心地执行。省委接受了大家的意见。
12月21日，云南省委批转省委宣传部《关于今冬明春在农村中进行社会主义教育的意见》，文件提出“不需要以阶级斗争为纲去开展一次社会主义教育的群众运动”，“主要的和首先的是通过继续贯彻执行政策，改善经营管理，解决实际问题，把群众的生产运动组织起来，从中结合进行思想教育、启发诱导、分清是非、提高觉悟，进一步发扬社会主义积极性。”这是迄今发现的全国惟一一份提出“不需要以阶级斗争为纲”的省委文件。如今被认为“是云南历史中一个值得称颂的亮点”。
文件发出后，很快就受到西南局和中央的追查。阎红彦说：“没有饭吃，搞哪样阶级斗争!”云南急于解决的是老百姓的温饱和稳定，“如果谁能发明人可以不吃饭，我就天天搞运动。”
1963年5月，毛泽东在杭州会议上就这个文件点名批评阎红彦是大胆的主观主义的假设，小心的主观主义的求证。不久，西南局第一书记李井泉告诉阎红彦，要就此事在西南局会议上做个检讨，并由省委写出检查报告。阎红彦为检查定的口径是：省委的做法是符合云南实际的，但文件在文字处理上有不妥之处，造成了不好的影响，应该记取教训。5月29日，彭真受中央委托到云南检查处理此事。经过调查，他认为云南是紧密结合实际贯彻中央指示精神的，那个文件只是文字表述上欠妥，检讨了就行了。
省委没有向下传达有关这一事件的情况，更没有罪衍基层。在省委作检讨的同时，阎红彦说：“还是照我们的办法办，不要受干扰嘛!”“我们想把生产搞好些，也是为国家着想。”省委向各地委打招呼：工作要按省委的安排抓紧抓好，公开讲话和在文字上不要与“以阶级斗争为纲”发生矛盾。
四、敢于“不唯上”发表独立的见解
1965年1月14日，中央发出毛泽东主持制定的《农村社会主义教育运动中目前提出的一些问题》(即二十三条)，提出这次社教(即“四清”)运动的重点是“整党内那些走资本主义道路的当权派”。阎红彦对这个问题比较清醒和谨慎。
根据前两年亲自蹲点和云南各地试点的经验，他强调：“贯彻二十三条的中心是进一步组织农业生产高潮”，“四清搞得好不好，主要是看生产上、经营管理上、领导水平上是不是有了显著变化”，“无论点上、面上，都必须按二十三条办事，以生产为中心”，“解决一个好的领导班子，好的阶级队
