与正面战场国民党军队败退的同时，坚持全面抗战的中国共产党，领导八路军和新四军放手发动群众，开展独立自主的游击战，迅速地开辟了敌后战场，建立了大小十余块抗日民主根据地，其中著名的有聂荣臻统率八路军一一五师创建的晋察冀边区，贺龙、关向应领导的八路军一二○师建立的晋绥边区，刘伯承、邓小平、徐向前统率的一二九师建立的晋冀鲁豫边区，及叶挺、项英、陈毅等率领的新四军开创的江南、江北根据地。此外，还有东北抗日联军和广东华南抗日游击队建立的根据地或游击区。从1938年7月至1941年5月，八路军和新四军对敌作战三万余次，毙伤日军十二万人，伪军八万余人。其中1940年，八路军发动百团大战，持续作战三个半月，毙伤敌伪军两万五千余人。至1940年，抗日根据地人口发展到一亿，军队近五十万。因此，敌后战场逐渐成为抗日战争的主要战场，吸引了侵华日军的主力和几乎全部的伪军。陕甘宁边区首府延安（中共中央所在地）成了全国抗日的中心。共产党在抗战中发展壮大，由抗战初期的约四万党员，增加到八十万，成为完全成熟的全国性的大党。1941年和1942年，由于日伪军的反复“扫荡”和华北地区严重的自然灾害，根据地范围缩小，人口和军队都有所减少。在极端困难的时期，中国共产党发动整风运动和大生产运动，普遍展开反扫荡斗争。至1943年底，根据地又恢复到1940年的规模，为实行战略反攻打下了基础。
对中国共产党领导的抗日民主力量的发展，国民党当局十分恐慌。1939年初，蒋介石在重庆召开国民党第五届中央委员会第五次会议，除表示要继续抗战外，最重要的议题是制定“溶共、防共、限共、反共”的反动政策。这次会议标志着国民党开始推行消极抗战和积极反共的方针。会后，国民党不仅公开叫嚷“取消共产党”、“取消陕甘宁边区政府”，还多次制造反共军事摩擦。1941年在安徽泾县茂林地区袭击新四军，制造了震惊中外的“皖南事变”。对于蒋介石国民党的反共活动，中国共产党人作了有力的回击，揭露其内战阴谋，迎击其军事进攻，但为了民族的利益，始终坚持抗日民族统一战线。
中国人民的抗日战争博得了全世界人民的同情，许多国家的人民自愿捐款或来华支援中国抗战。中国政府通过各种渠道努力争取欧美国家的财政和军事援助，但在1938年底之前，援助中国的只有苏联政府，美英等国政府主要是道义上的支援。1939年，美国政府废除《美日友好通商航海条约》后，开始向中国提供贷款。处境困难的中国基本上是独自抗击凶恶的日本帝国主义。1941年底太平洋战争爆发，中国对日正式宣战，中国战场与世界反法西斯战场联为一体，美、英与中国正式结盟，在重庆召开了“东亚军事会议”。蒋介石出任中国战区最高统帅，美国将军史迪威为总参谋长。中国远征军进入缅甸配合盟军作战，给日军以重创。1942年，中国从美、英国家得到大量贷款和军火物资援助。次年经过谈判，中国政府与美英等国签订新约，废除了不平等条款，取消了领事裁判权。中美英三国首脑举行开罗会议，商定了联合对日作战计划。此后作为世界四大国（美苏中英）之一的中国，积极参加组建联合国的活动。
抗战以来，国民党统治集团始终拒绝实行民主改革，顽固地坚持腐败的独裁制度。1943年8月林森逝世后，蒋介石接任国民政府主席，并兼行政院长，直接掌握党、政、军大权。他借口适应抗战需要，大力强化独裁统治，加紧反共宣传，鼓吹封建专制主义，摧残进步文化，广设集中营，迫害共产党人和爱国民主人士。同时，由于政府实行对金融和工业的垄断，对农民横征暴敛，使民族工业凋敝，农业经济衰败，物价上涨，人民生活日益困苦。这一切引起国民党统治区人民的普遍不满。中国民主政团同盟（1944年改为中国民主同盟）等党派团体不断要求结束一党专政，实行民主政治。中国共产党派驻重庆的、以周恩来为首的代表团，积极领导和支持国民党统治区人民要求民主的斗争，发展壮大了抗日民主力量。
1944年初，世界反法西斯战争进入大规模的战略反攻阶段。日本与南洋的海上交通线被美国切断。侵华日军集中五十一万兵力，发动豫湘桂战役，企图打通大陆交通线，并摧毁中国西南部的空军基地。在豫中、长（沙）衡（阳）、桂（林）柳（州）诸会战中，各地中国陆军在中美空军的支援下，
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