只有足够的研究才能达成共识
但是，为什么分子生物学关于现代人起源的研究成果，与人类化石、旧石器和古环境资料存在矛盾呢？
吴新智说，用活人的DNA研究古代的历史不可避免地要建立几个基本的假设。
首先，假设从现生的人类分析得到的基因变异可以代表共同祖先全部后代中积累的全部基因变异。实际上，在人类进化的漫长过程中许多个体和群体没有机会生育子女，他们和上辈积累的基因变异自然就会丢失，没有机会传留到现在。因此，“现在能检测到的，进行分析研究的基因变异只能是共同祖先的后代积累的一部分，而不是全部”。
其次，假设基因变异的产生有恒定的速率。但是，实际上不同遗传位点的变异速率是不同的。人类的遗传基因在漫长的进化过程中很可能发生了许多我们现在并不知道的转移或其他变化,根据现生的人类的基因来研究古代人类的变化时，有许多未知的不确定的因素很难估计在内。此外，迄今所得的现代人起源的结论主要只导源于为数相对很少的一些基因，因此不能指望它们能够反映人类基因组整体的历史。
“每一个遗传位点只能捕捉人类历史的一个很小的片断，所以，根据各个位点研究人类历史可能结果不同，甚至冲突，只有通过足够的研究，才能对人类的历史达成一些共识。”吴新智说。
研究人类的起源与进化，看不见，摸不着，谁都无法经历和直接检验，那我们如何进行研究呢？吴新智说：“从多方面搜集证据和信息：化石，只要没有经过地层的挤压，基本就能反映当时当地的人的形态；石器，代表当时的生产水平；基因，现生人类的都是从古代慢慢积累和变化而来的，能看到古代的片断，但是其间的丢失、转移、交流等因素也要考虑。只有做了更多的工作，才能到达更高的共识。许多原始资料包括实验室结果往往可以作多种不同的解读,如何进行解读也是非常重要的。要尽可能地探索到能够与尽量多方面的原始信息协调，至少是不矛盾的假说,才可能逐渐向真实靠拢。”
