元王朝除了政权更迭杂乱无章、内斗频仍这个大毛病之外，还有一个致命的问题：初期的统治者只知马上得天下，不知下马治天下，到后期的那些帝王更是马上马下都摸不着边，还人为地划分了等级制度，民族矛盾难以调和。因此元王朝的统治从一开始就已经问题不断、起义不断。但是最大最全面的起义，则是在元顺帝至正十一年（公元1351）爆发的。元顺帝和他的后妃太子亲信大臣们，似乎从来就没有把农民起义当成一回事，为了各自的小团体利益，他们一次又一次、有意无意地给予了起义军休整合并的机会，到后来更是军心涣散，不战自败了。终于，在各路义军中，朱元璋成为最后的赢家。在消灭整合了陈友谅张士诚等各路兵马之后，朱元璋，这个奇异的不世出天才正式建立了明王朝，并于至正二十七年（公元1367）下令麾下大将徐达发动北伐。1367年闰七月二十八日，明军在徐达的指挥下一路势如破竹，几乎没有遇到象样的抵抗，就一直打到了通州。而这时元王朝最后一支真正还有点战斗力的军队却随着扩廓贴木儿远在太原，根本无法解救大都城里的元顺帝。
元顺帝得到战报，立即在端明殿召集群臣，在一片哭叫劝谏的纷扰中，他做出了“ 绝不能重蹈北宋徽钦二帝覆辙”  的决定，打算不战先逃。当天晚上，元顺帝留下准王贴木尔不花“监国”，自己则带着奇氏等后妃、皇太子以及多数朝臣奔出建德门，趁着夜色过居庸关直奔北方茫茫草原上的上都开平；元顺帝逃得很是时候。八月二十日，徐达的军队便开进了大都，监国王爷贴木尔不花被处死，元王朝在中原的统治宣告终结。　
元顺帝与奇氏在上都也没能过几天安生日子。此后他们一直在游移不安中苟活。流亡宫廷在上都只呆了不到一年，常遇春、李文忠就带着明军追到，元顺帝只得又奔往应昌（赤峰市西北克什克腾旗）。明洪武三年（公元1370）5月，李文忠与赵庸率军攻打应昌，快到目的地的时候，他们抓到了几个北元骑兵，得知元王朝的末代皇帝妥懽贴睦尔已于四月二十八日去世了，死因是疟疾，时年51岁。
明史载：明军对出走的元顺帝有两种态度，一种以徐达为代表，主张放纵元顺帝回塞外；一种以常遇春为代表，主张对元顺帝穷追猛打。后来，在开平、应昌等地对元顺帝穷追猛打就是常遇春及其部属。而那时候的徐达则转而经略陕西，与常遇春分开了。常遇春与徐达在洪武二年（1369）分开之后，于六月攻克上都开平，元顺帝北走，七月，常遇春病死于军中，其部属由李文忠统领，洪武三年（1370）四月，元顺帝在应昌病死。五月，李文忠攻克应昌，一举歼灭北元汗廷，唯太子爱猷识理达腊带领数十骑逃脱。
同月，明军攻克应昌。除皇太子爱猷识腊达里和几十名左右随从骑马突围之外，包括皇太孙买的里八剌在内的所有后妃、宗王、官员、将士都成了明军的俘虏。同时流亡宫廷的玺印财物牛羊驼马也都成了明军的战利品。
爱猷识腊达里突围之后一直向北逃窜，直达蒙古汗国故都哈剌和林。1371年，他在和林登上了皇帝之位，继续使用元王朝的年号纪元，这个王朝被称为“北元”，爱猷识腊达里称必力克图汗，年号宣光，是为北元昭宗。在这样的局面下，爱猷识腊达里总算明白当初与扩廓贴木儿的内讧有多么得不偿失。此后他一直以扩廓贴木儿为臂膀，维持着北元的局面。
1370年六月，被北元昭宗甩下的元廷后妃皇孙都被解至南京。明太祖朱元璋没有举行献俘之礼，对被俘的元廷诸人采取怀柔政策。朱元璋认为元末帝妥懽huan 贴睦尔弃城出逃故里，是“知顺天命”的举动，给他加了一个“元顺帝”的称号。又封元皇太孙买的里八剌为“崇礼侯”，让元顺帝后妃穿本民族服装晋见马皇后，又在龙山给他们安排宅院居住。定居龙山的元朝后妃中是否有奇氏？那就不得而知了，她从此消失在茫茫史海之中。1374年的九月，朱元璋派人送北元皇太孙买的里八剌北归。买的里八剌北返后，易名为“脱古思贴木儿”。1375年（洪武八年）八月，北元王朝的擎天柱、扩廓贴木儿（即汉人王保保）病卒于合剌那海衙庭。
洪武十一年（公元1378）五月，北元昭宗爱猷识腊达里去世，脱古思贴木儿继皇帝位，称乌萨哈尔汗，以天元纪年，亦称天元帝。他没把明王朝的怀柔政策当回事，死心塌地与明王朝为敌。明王朝的怀柔政策宣告全面终结。
洪武二十一年（公元1388），明王朝派大将军蓝玉率十五万大军北上，一直深入腹地，在捕鱼儿海（贝加尔湖）寻获北元朝廷主力。在大漠风沙相伴中进行一场战斗之后，明军取得了压倒性大胜利。除了脱古思贴木儿及其太子天保奴、丞相失列门等数十骑之外，其余宗王嫔妃公主大臣军户近八万人都当了俘虏。
向西逃逸的脱古思贴木儿没有父亲那么好的运气。在土剌河（今土拉河，位于蒙古乌兰巴托以西）地方，他遭遇了元世祖忽必烈之四弟阿里不哥的后裔也速迭儿。一百多年前，阿里不哥因为与忽必烈争夺汗位失败，不明不白地丢掉了性命，他的后人和支持者一直在不断地寻仇，脱古思贴木儿此时遇上他当然没有什么好结果。被俘后，天元帝脱古思贴木儿被也速迭儿以弓弦绞死，太子天保奴等人同时被害。
也速迭儿终于完成了祖宗的心愿，得到了忽必烈后人的皇帝玺印，遂在和林自立为汗。他没有使用元王朝的汉文国号纪年，北元的汉字国号纪年彻底终结。此后的北元皇朝仍然在与元王朝传承同出一辙的不断争位内讧、与明王朝互相的对峙中延续了下去。从北元昭宗1371年称帝算起，后来的北元先后传了二十二任汗，计二百六十五年，直到最终投降清王朝。