1949年7月，孙科去广州参加国民党非常会议返回香港后，意气消沉，认为“大局已无法挽回”。12月10日，蒋介石由成都飞往台北，没有通知孙科赴台。1950年夏，蒋介石在台湾发起国民党改造运动，也未通知孙科参加，仅由洪兰友向其通报情况。孙科向洪兰友表示，国民党应当改造，但在改造之前应召集全体中央执行委员开会议决才算合法。不久，台湾的报纸便出现了攻击孙科的报道。也有小道消息传孙科将来台湾任“副总统”，于是有关方面对孙科来台便竭力防范。孙科意欲申请赴美，但台湾当局不给他发放护照，无奈中只得暂住香港。

　　中共方面曾通过相关人士与孙科联络，但孙科对中共及其领导的革命怀有很深的成见和对抗情绪，且对国民党政权的崩溃感到无限痛惜，为此，他断然拒绝了中共欢迎他前往北京的邀请。

　　孙科在香港居留期间，因国民党政权在大陆失败的刺激和国民党前途的黯淡，他对时局深感“悲观”，“情绪非常不好”，以致身心交瘁，对政治及一切事务均表倦怠。在他的宅邸，每天都有流寓在港的国民党军政人员叩门拜访，向孙科告贷。孙科每以10元港币打发这些昔日的军政人员，后因人数日益增多，乃改为5元，但前来借钱的人仍持续不断，只好决定尽速离开香港。孙科刚到香港时，即向港英当局申请出国护照，但在1949—1950年间，孙科却为一私人之事所困扰。广东籍某女子声称与孙有染，向台湾和香港两地法院同时控告遭孙科遗弃，要求孙支付一笔数目不菲的款项。此女子得到孙科政敌的支持，其目的是阻止孙科前往台湾。双方通过法律程序进行了诉讼，一时闹得沸沸扬扬。港英政府以诉讼未决不得离港为由，拒绝签发孙科的出国护照。直到1950年春，香港法院判决孙科胜诉，他才得以出国。

　　1950年秋，孙科携夫人经印度、希腊赴法国，抵达巴黎后，暂住老友、前驻苏大使傅秉常在巴黎郊外的别墅，开始了他晚年流亡海外的岁月，是年孙科60岁。孙科虽流亡海外，但起初生活还算优渥。1950年他寓居巴黎后，养病之余，经常游历欧洲各国，先后去过西班牙、意大利等国，下榻之处则非高级宾馆不住。绮丽的异国风光，丰盛的餐饮，似乎已渐渐洗去孙科多年从政的疲惫。

　　孙科在巴黎寓居两年后，决定转往美国。1952年7月，孙科夫人先行离开欧洲前往美国，12月下旬孙科才启程。孙科夫妇住其长女孙穗英家，次年迁居加州洛杉矶西部圣塔莫利卡，在此地居住四年，后迁至洛杉矶。

　　孙科在流寓美国期间，台湾的蒋介石对其不闻不问，偶尔有少许大陆时代的故旧前去探访。1961年，陈诚以“副总统”身份访美，也只给孙科打去一个电话而已，并没有专程前往探访，国民党驻美外交机构与孙科也无任何往来。

　　大陆中共方面仍惦记着孙科，1956年3月，周恩来在北京会见英国客人马坤，请与孙科有数十年私交之谊的马坤代向孙科致意。周恩来说，我们不能让孙中山先生的儿子长期流亡国外，中国政府仍然欢迎孙科先生返国。

　　然而，此时的孙科似乎已倦于政治，他对周恩来的口信没有作出回应。孙科深居息影，俨然“闲云野鹤”，在南加州乡间闭门读书，只是由于孙科过去不置产业，生活颇为清苦。已无任何固定收入的孙科夫妇与次子治强一家共同生活，依靠子女的小额接济，省吃俭用，一切自己动手。为了节省开支，他们自己种菜，其夫人陈淑英负责烹炊，孙科则收拾洗涮碗碟，洒扫庭除。甚至有一段时间，孙科夫妇因经济窘迫只能吃番薯充饥。然而，他每天仍到附近的图书馆看书，家中也堆满了书籍，完全过着一种普通老人的困窘生活。据说有一天他偶然在报上看到《清史》在台湾出版，非常高兴，马上写信给从前他任立法院院长时的秘书长梁寒操，托他代购一部。所幸《清史》的编纂者得悉此事，深为孙科的求知欲感动，决定赠送一部《清史》给他。这种久于淡泊、生活困苦的状况使他怀念旧的时光，同时也是年老之故，身躯中所流淌的中国人的血液使他更希望回归“祖国”。当然，自己的故土是回不去的。而能回去也只是那偏居一隅的台湾了。孙科已经70多岁高龄了，在他流亡海外的十几年间，台湾的蒋介石政权并没有对他表示出任何关心和重视，孙科也从未返回过台湾。1949年蒋介石败逃台湾后，大陆时代众多的国民党元老全被其“悬置”起来，而在历史上多次与蒋反目的孙科当然不能在台湾立足。但步入垂暮之年的孙科，蛰居海外，虽然清闲，生活也颇为清苦，有诸多不便。此时台湾在“山姆大叔”的庇护下，国民党不仅度过了最初败退台湾的惶急之势，经济也得到恢复发展，社会稳定，孙科于是渐生归台之意。

　　1962年9月，为了参加第三十二届“中美文化基金委员会”会议，孙科特地从美国西海岸来到华盛顿。会议期间，他接受台北一家报纸驻美记者的采访，在交谈过程中，不时流露出对台湾的向往之情。

　　记者问：“你在会议中可曾发言？这次会议有什么新的成就么？”

　　孙科答道：“我们讨论的还是些例行性问题，然后是选举及决定下次开会的地点。”

　　记者又问下次开会的地点仍是在华府吗？

　　孙科马上答道：“不是的，下次开会将在台湾了。”接着大加赞赏台湾的文化水平很高，不过他对台湾学者的清苦生活有些不满，比如说一位大学教授，每月薪水听说只有50美元左右，维持四五口之家就比较困难了，可是今天的政府财力有限，如何来改善，是一件很值得研究的问题。

　　记者问：“对于这方面，孙先生有什么好的意见？”

　　孙科表示这是一个全方位的经济问题，并非三言两语能解决。

　　记者又转换话题问：“你对国内一般情形都了解么？”

　　孙科颇为自信地说：“我目前居住在美国乡下，快十年没回祖国了，当然谈不到了解太多，不过我每天能看到台湾报纸，也注意国内的一般情形，我知道在台湾，各方面都很安定，进步也很快，尤其在农工方面，有值得骄傲的成就。不过，我觉得在经济财政方面，似乎还得更进一步求发展，研究出一个好的方案出来？”

　　记者问：“你觉得这是一个问题么？”

　　孙科肯定地说：“当然是一个问题，其实我们可以借鉴其他国家的经验，比方说，战后的欧洲各国，在形体上等于已经破产，英、法、西、意诸国，在大战后呈现出空前未有的萧条，可是大家努力不过十年，一切都改善过来了，就连日本在这十五年也发生剧变，经济是立国之本，人家能够从残破中站起来，必有其因素所在。”

　　孙科虽蛰居美国乡下，但多年形成的政治敏感性令他非常关注国际形势。当记者问及他对时局的看法时，他并不回避，言谈中尽力吹捧蒋介石以及台湾所谓的建设成就，显露其“拥蒋反共”的政治倾向。他对记者说：“国际问题风云变幻，两个阵营对立的现象常有，但我相信十年生聚的教训，何为善恶是非，大家都明白了，若不是蒋先生支撑大局，中国的前途难以想象。”

　　孙科表示自己因为健康关系未能为蒋介石效力。但当记者问他目前的健康情形如何时，他却毫不谦虚：“现在的情形很好，十年隐居生活，在乡下深居简出，倒免了病痛的折磨。”

　　孙科十分感慨在美国时间过得很快，眨眼十多年过去了。当记者问及他在国外生活是否习惯，孙科明确表示，当然不如住在自己的国家好，常被思乡之情困扰。记者顺势问道：“有机会时就到台湾去看看吗？”孙科满怀期待地说：“当然，如果健康情形允许，如果有机会的话，我很想回台湾看看，比如说下次教育文化基金会在台北召开，我希望能去！”

　　这一段颇具政治背景的对话实际是孙科借台湾媒体向蒋介石表示“我很想到台湾看看”的愿望。

　　孙科向台湾当局表白到台心愿不久，1962年“双十”节前夕，中山县籍“立委”刘崇龄向“行政院”提出质询，他说：“哲生先生功在国家，过去担任过国民政府的副主席和行政院院长、立法院院长。最近孙先生于言词之间也怀念台湾的老朋友，同时表露出有思乡之感。”刘崇龄要求当局主动邀请孙科返台。对刘崇龄的质询，同属广东中山籍的“行政院”副院长王云五回答说：“政府非常欢迎哲生先生回国，而且在筹备中的第三次阳明山会谈，哲生先生也列入尽先邀请的名单。”孙科的故旧、国民党元老梁寒超等粤籍要人也积极活动，为孙科赴台进行各项具体安排。

　　事实上，早在孙科通过媒体表露返台心愿之前，其长子孙治平就已经在8月偕夫人返台观光了。孙治平夫妇的台湾之行是秘密进行的，只停留了一个星期，就匆匆返回美国。直到第三个星期，港台媒体才披露这一不同寻常的新闻。媒体对孙治平夫妇台湾之行众说纷纭，但有一点可以确定，那就是孙治平此次返台决非纯属个人私事，而是为其父到台作准备的。孙治平台湾之行不仅受到各方面的热烈欢迎，而且离台时携带了许多台湾当局要人赠送给孙科的礼品。原来，1962年10月16日是孙科71岁生日，夫人陈淑英也适逢七十大寿，恰好这年又是两人的金婚纪念，可谓三喜临门。因此收到各类礼品数十件，送礼者包括蒋介石、陈诚、于右任等，这无疑是以蒋介石为代表的台湾当局向孙科射出的友善之箭，也为后来孙科的谈话以及刘崇龄的质询埋下了伏笔。围绕选择何种适当的时机让孙科名正言顺地来台，最后双方约定在台湾各界庆祝孙中山百岁诞辰纪念时，以大会名义邀请孙科到台。

　　1964年4月，孙科在检查身体时发现血压偏高，小便有血球，担心是膀胱癌，遂入院动手术。三星期出院，接着又调养了三个月，方完全恢复。孙科在《八十述略

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