公元1643年(崇德八年)八月初九日，皇太极在沈阳突然病故。八月二十六日，福临于沈阳笃恭殿即帝位。第二年改元顺治。1644年(顺治元年)四月，清军挥师人关，迅速占领北京。九月，福临在摄政王济尔哈朗及孝庄皇太后等护送下，从沈阳迁居北京。十月初一日，在北京再次举行即位典礼，诏告天下，正式宣布清王朝对全国实行统治。

福临承嗣帝业，是满洲贵族内部诸王争帝位互相妥协的结果。当时，年仅六岁的福临虽然继承了帝位，但大权却落在摄政王多尔衮之手。在他亲政前的几年内，这位少年天子因受摄政王多尔衮的阻碍，迟迟未曾择师受教，系统地受到一个帝王所应具备的文化素质教育，以至于当他亲政时，阅诸臣奏章，茫然不解。他与众满族少年一样，热心于骑马、射箭、围猎等活动。他的骑术甚精，弓法娴熟，能在奔驰的马上射中各种飞禽走兽。

公元1650年(顺治七年)十二月，多尔衮于行猎中落马跌伤，死于喀喇城。顺治帝对多尔衮擅权虽早已积怨于心，但当多尔衮柩车至京，他仍率亲王以下文武百官，缟服迎于东直门五里外，跪奠三爵。其丧仪依帝礼，并且给多尔衮追加尊号为义皇帝，庙号成宗。就在一片颂扬多尔衮声中，他即命大学士刚林等将摄政王府所有信符收贮内库；又命吏部侍郎索洪等取赏功册收人大内。多尔衮刚刚死后，其亲信英亲王阿济格联络两白旗阴谋夺权，而被告发。福临以其不尊重多尔衮的罪名，将阿济格幽禁。

公元1651年(顺治八年)正月十二日，福临在太和殿宣布亲政。此时他虽然年仅十四岁，但比同龄人要成熟。为了避免摄政王擅权历史的重演，他解除了济尔哈朗辅政大臣的职权，于顺治九年正月三十日上谕内三院：以后一应奏章悉进朕览，不必启和硕郑亲王，将皇权收归自己手中。

为加强阅读汉文奏章的能力，他发愤读书，除每晨至午处理军政大事外，往往苦读至晚。有时五更起读，至天宇空明，能够背诵，方始罢休。苦读九年，福临对先秦两汉时期的(左传)、(史记)、<庄子)、<离骚)等名著，无不涉猎。由于汉文化的熏陶，他深明文教治天下的道理。

福临亲政之初，统治集团内部，满洲旧势力十分强大，汉族官员反满情绪强烈，军事战争仍在进行，流民遍地，土地荒芜，财政拮据。面对这种形势，福临亲理政务，十分自信，有智慧；有胆识。他自知年幼，缺乏知人之明，也不可能事必躬亲，必须分清主次，小权分散，大权独揽。在母亲孝庄皇太后的大力支持下，他于亲政之日起，即采取了一系列改革措施。

首先严厉打击满洲贵族旧势力，解决统治集团内部的矛盾。福临在多尔衮病故之初，即将多尔衮的亲信英王阿济格治罪；亲政不久，正白旗大臣苏克萨哈等讦告多尔衮生前谋篡，福临于公元1651年三月(顺治八年二月)颁诏天下，追议多尔衮之罪状十四条，将其削封籍没，并以谄附多尔衮的罪名，惩治了刚林、祁充格等人。后又铲除满洲贵族保守势力的代表人物、一直追随多尔衮的内大臣冷僧机，以及巩阿岱、锡翰、席纳布库等人。

清初，宫廷内部事务管理，仍沿关外旧制，设内务府，渊源于满族之包衣制度。顺治帝亲政后，鉴于内廷事务专由满洲亲贵管理，易重蹈内大臣冷僧机等弄权的覆辙，形成对皇权的威胁，经再三权衡，决定撤消内务府，改立十三衙门。公元1653年(顺治十年)六月降谕曰：朕酌古因时，量为设置，首为乾清官执事官，次为司礼监、御用监……同时规定：寺人级不过四品，非奉差遣，不许擅出皇城。外官有与交结者，发觉一并论死。立下铁卷，永世遵守。顺治帝认为，这样做既可消除满洲亲贵对皇权的威胁，加强皇权对内廷的控制；又可避免出现像明朝宦官的专权局面。

福临的这一举措，曾遭到满、汉官员的谏罢，他死后又被列入遗诏，成为他亲政后十四条罪愆、过失之一；并将十三衙门裁撤，复设内务府。但福临立十三衙门的改革尝试，为终清一代内务府机构的完善打下了基础，设置国家正式品级命官，使宫廷内部管理走向制度化、正规化。

福临是位很有作为的皇帝，他在执政期间，还做了几件有益于国家发展的大事，引得史家的好评。

在军事上，首先解决占据台湾、活动于东南沿海一带郑成功的反清势力。公元1653年至1660年(顺治十年至十七年)，采取剿抚兼施的政策，着手解决台湾问题，为康熙统一台湾奠定了基础。顺治十年正月，以贝勒吞齐为定远大将军，统征湖南军；以喀喀木为靖南将军，征剿广东李自成余部。1657年(顺治十四年)十一月，福临接到孙可望来降的奏报，立即命吴三桂为平西大将军，固山额真赵布泰为征南将军，同固山额真宗室罗托等统领三路大军，分别由四川、广西、湖南向贵州进军。略取贵州之后，又分兵三路挥师云南，向李定国发动最后的猛烈进攻。1659年(顺治十六年)正月，三路大军会师云南。至此，全国大规模的抗清武装力量，除地处东南一隅的郑芝龙之外，其余各地基本肃清。各占领区的百姓生活也逐渐趋于稳定。

在政治上，整顿吏治，严厉打击贪官污吏。公元1653年(顺治十年)正月降谕：朕自亲政以来，但见满臣奏事。大小臣工，皆朕腹心。嗣凡章疏，满汉侍郎、卿以上会同奏进，各除推诿，以昭一德。又谕：言官不得捃遮细务，朕一日万机，岂无未合天意、未顺人心之事。诸臣其直言无隐。当者必旌，戆者不罪。顺治帝认为，明太祖立法为历代帝王所不及，可垂永久。1652年(顺治十一年二月)谕曰：朕屡求直言，期遇基切。乃每阅章奏，实心为国者少，比党徇私者多，朕甚不取。福临比较重用汉宫，甚至打破各衙门汉宫不得掌印的旧规，规定受事在先者即著章印，不必分别满汉。这引起满洲勋贵的不满，遭到他们的反对。他对敢于直言无隐的汉宫格外宽容。一次，给事中朱之弼上疏：今日之病在六部，六部之病在尚书，尚书之病在推诿，推诿之病在皇上不择人，不久任，不责成效，不定赏罚。他将官署中种种弊端都归结于福临用人不当，赏罚不明。福临感到很难堪，但想到自己让人进谏，便表示接受。数年后，给事中姚延启上疏称颂福临文德武功，史不胜书，祈请仍加圣号，宣示中外，遭到福临的痛斥。

在经济上，福临注重清理财政，鼓励垦荒，实行屯田，发展农业生产。公元1653年(顺治十年)三月，分别蠲免蓟州、丰润、五台以及江西、湖南、福州等省、州、县的顺治六、八、九年粮赋；同年五月发布诏书，招抚流民，还乡垦荒。改折民间充解物料，行一条鞭法。

在民族关系方面，福临继续奉行其父对蒙古的笼络政策。他深知外藩蒙古惟喇嘛之言是听，因此，亲政后即敦请五世达赖来京，并在德胜门外建造黄寺，作为达赖留京期间的住处。当达赖从西藏起程后，福临便准备亲至边外迎接。但由于洪承畴、陈之遴等汉官竭力劝阻，未能成行。公元1652年(顺治九年)十二月达赖抵京后，福临在南苑隆重接见和宴请。次年正月，达赖因水土不服而患病，从人亦病，请告归。行前，福临馈赠他许多金银珠宝，颁赐金册、金印，封他为西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛。同时，福临还以封爵、通婚等手段，笼络蒙古各部王公，于1656年(顺治十三年)向漠南蒙古王公颁赐敕谕：尔等秉资忠直，当太祖、太宗开创之初，诚心归附，职效屏藩，朕世世为天子，尔等亦世世为王，享富贵于无穷，垂芳名于不朽，以此巩固与蒙古的政治联盟。福临还于1657年(顺治十四年)下令定外藩王、公、贝勒、贝子的俸银、缎匹数额。为进一步控制蒙古，1659年(顺治十六年)调整了盟旗制度，将佐领编制中原来的五十家为一牛录，改成每一百五十丁为一佐领，每六佐领设参领一人。

福临是位性格暴躁、感情脆弱、多愁善感的君主。公元1660年(顺治十七年)八月，宠妃董鄂氏突然病故，他痛不欲生，决心出家，在其母孝庄的力劝下，才消除了这一念头。福临虽然出家未成，但精神上受到严重创伤，免疫力急剧下降，不久即染患天花。1661年(顺治十八年)正月初七日夜，福临因天花病于养心殿病故，终年二十四岁。骨灰葬在孝陵，庙号世祖，谥号章皇帝。