同年六七月间，阮啸仙赴天津任中央北方局组织部长，在白色恐怖下开展党的白区斗争。9月间，他到上海参加了党的六届三中全会，不久被派往东北指导满洲省委的工作。1931年9月18日，日本帝国主义侵占沈阳，满洲省委遭到破坏，阮啸仙幸而走脱，辗转扶病回到上海，但由于党中央机关转移，他和党暂时失去了联系。在这期间，他哮喘病复发，无钱无药，一日外出，痰壅气闭，倒于路上，不省人事，后被路人送往红十字会医院救治，始得复苏。病情稍缓，他即写信与家人联系，请求在经济上予以接济，以便继续寻找党组织。此举充分表现了他对无产阶级革命事业的坚定信念和无限忠诚。经过不懈的努力，他终于找到了党，被分配在上海互济总会任救援部长。在此期间，他的思想更趋成熟，不但积极把党分配给他的任务做好，而且对王明“左”倾冒险主义在白色恐怖严重笼罩下的上海搞公开集会和示威游行的做法不满，主张党在白区的工作一定要注意将非法与合法活动、政治斗争与经济斗争相结合，特别要把秘密工作放在首位，通过各种关系掩护自己，积蓄力量，有效地配合党在农村的武装斗争。
由于王明“左”倾机会主义的危害和破坏，中央红军在反击蒋介石的第五次军事“围剿”中接连失利，中央革命根据地逐渐缩小。1934年9月，阮啸仙受命组织赣南省委，担任省委书记兼省军区政治委员。10月，中央红军主力撤离中央苏区进行战略转移后，他留下来领导赣南省委、省军区坚持游击战争。翌年3月6日，阮啸仙率领部队突围时，在江西信丰、大余交界的马岭不幸中弹牺牲。时年仅三十七岁。
