“妈妈，我们回家吧，不上这个学校也没什么。”卢武铉的中学生活从一开始就困难重重。由于中学并非义务教育，所以必须交纳入学金。母亲向校方请求：“先交书本费，等夏天卖了桃子再交入学金。”但校监拒绝道：“回家务农吧。”站在哭着请求的母亲面前，卢武铉撕毁了入学通知书。母亲走后，校监在后面说：“让那的孩子上学，只能成为流氓。”结果在第二天，大哥找到校监提出抗议，称要“追究非教育性言词”，并和校监展开了一番争论，这才使卢武铉参加了入学典礼。
卢武铉与学校的恶劣关系，在中学一年级末再次爆发。“3.15”不正当选举前夕的1960年2月，学校要求全校学生写出题为《我们的总统李承晚》，卢武铉站出来要求同学们“什么都不要写”，并着手组织了“白纸同盟”。卢武铉的行为触怒了校方，他被叫到老师办公室，要求写检讨书思过，但卢武铉拒绝承认自己的错误，也拒绝写检讨，结果他被停课一周。
卢武铉的固执让他父母伤心到了极点。卢武铉后来回忆道：“那时虽然年少，但认为这是不正当的。”
卢武铉在中学时期成绩优秀，但是在读3年级第一学期时，他突然提出休学。据卢武铉的朋友赵庸相回忆：“虽然对校方提出的休学理由是身体不好，实际上是因为他家里没有钱，交不起学费。”那个时候，由于大哥卢灵铉在上大学，家境甚为艰难，卢家卖掉房产后，只能借住在别人家的偏房里。
后来，卢武铉参加在全国只选拔35名的“金智泰（釜山日报社社长）奖学金”考试，自己开辟了复学之路，升入了釜山商业高中。
卢武铉曾经对拳击产生了兴趣。卢建平称，“拳击班的老师找到家里说他‘具有很好的拳击素质，大个子也不是他的对手，让他参加吧。’武铉似乎也很感兴趣，但由于大哥提出反对，‘成为打手，能成什么事？’所以不了了之。”
高中时的卢武铉非常“开朗”。同窗袁昌熙称：“武铉虽然个子小，但精力很充沛。去野游时，只要让他唱歌，他一次也不会逃避。”
