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比较语言研究方法，令人信服地证明汉译佛经最初并不是直接译自梵文，而是转译自西域古代语言。季羡林也据此提醒国内运用音译梵字研究中国古音的音韵学家，在进行“华梵对勘”时，一定要注意原文是不是梵文这个大前提。
在中印文化关系史研究方面，以往国内外学者大多偏重研究佛教对中国文化的影响，甚至有论者据此认为中印文化关系是“单向贸易”
（one－way－traffic）。季羡林认为这种看法不符合文化交流的历史实际。因此，季羡林在研究中，一方面重视佛教对中国文化的影响，另一方面着力探讨为前人所忽视的中国文化输入印度的问题。他先后写成《中国纸和造纸法输入印度的时间和地点问题》（1954）、《中国蚕丝输入印度问题的初步研究》（1955）和《中国纸和造纸法最初是否是由海路传到印度去的？》（1957）等论文，以翔实的史料，考证了中国纸张、造纸法和蚕丝传入印度的过程。
与此同时，季羡林兼治梵文文学，翻译出版了印度古代寓言故事集《五卷书》（1959）、迦梨陀娑的剧本《沙恭达罗》（1956）和《优哩婆湿》（1962），并撰写有《印度文学在中国》、《印度寓言和童话的世界“旅行”》、《〈五卷书〉译本序》、《关于〈优哩婆湿〉》和《〈十王子〉浅论》等论文。
季羡林随着80年代进入古稀之年，但他学术生命仿佛进入了黄金时期。尽管行政事务和社会活动缠身，他依然故我，“咬定青山不放松”，抓紧一切可以利用的时间，潜心研究，勤奋写作。
季羡林认为，“文化交流是人类进步的主要动力之一。人类必须互相学习，取长补短，才能不断前进，而人类进步的最终目标必然是某一种形式的大同之域”。其实，季羡林近10年来积极参与国内东西方文化问题的讨论，也贯彻着这一思想。季羡林将人类文化分为四个体系：中国文化体系。印度文化体系，阿拉伯伊斯兰文化体系，自古希腊、罗马至今的欧美文化体系，而前三者共同组成东方文化体系，后一者为西方文化体系。季羡林为东方民族的振兴和东方文化的复兴呐喊，提出东西方文化的变迁是“三十年河东，三十年河西”，在国内引起强烈反响。季羡林表达的是一种历史的、宏观的看法，也是对长期以来统治世界的“欧洲中心主义”的积极反拨。
季羡林自1946年从德国回国，受聘北京大学，创建东方语文系，开拓中国东方学学术园地。在佛典语言、中印文化关系史、佛教史、印度史、印度文学和比较文学等领域，创获良多、著作等身，成为享誉海内外的东方学大师。中国东方学有季羡林这样一位学术大师，实为中国东方学之福祉。
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